书院的大发展在宋朝。宋朝的书院总数达到了700余所，是唐、五代时期书院总和的10倍以上。南、北宋时期书院的发展各有其特点，北宋强化了书院的教学功能，书院作为学校的一种，得到了社会的认同。一大批著名书院，如白鹿洞书院、应天府书院、岳麓书院、嵩阳书院就是在当时建立并发展起来的。吕祖谦在《鹿洞书院记》中说：“国初，斯民新脱五季锋镝之厄，学者尚寡。海内向平，文风日起，儒生往往依山林，即闲旷以讲授，大率多至数十百人。嵩阳、岳麓、睢阳及白鹿洞为尤著，天下所谓四书院者也。”[10]各书院的主持人和地方官吏努力经营书院，聚集藏书，北宋王朝也给一些书院颁赐了大量图书，通过赐书、赐田和召见长老方式，大力支持书院的发展。比如，“四大书院”之一的应天府书院，成立时就“建学舍百五十间，聚书千卷”。鹤山书院“堂之后为阁，家故一藏书，又得秘书之付而传录焉，与访寻于公私所板行者，凡得十万卷”。[11]这个藏书量已超过了当时国家书库。当时的岳麓、白鹿洞、石鼓等书院培养了众多人才，因获得御赐匾额、图书等而名扬天下。到北宋后期，统治者为了更直接地掌握人才，十分重视科举，大力振兴官学，冷落了书院。在这种背景下，书院开始衰落。
在书院的发展史上，南宋是一个重要的历史时期。一方面，书院在南宋时期数量激增，规模更大。据统计，南宋书院总数有400多所，是北宋的两倍。并且书院的建设规模比较大，形成了相对稳定的建筑格局，一般书院都具备祭祀、斋舍、讲堂、藏书楼和生活设施五部分。另一方面，文化教育制度在南宋得到完全确立，书院进入制度化的发展阶段，对书院的办学宗旨、人才培养目标及常规管理都有了明确规定。此外，南宋书院区别于北宋书院的一个显著特征是书院与理学的一体化以及书院学术化的不断加强。这时，以朱熹、陆九渊为代表的理学在社会上日益风行，理学家们的讲学活动活跃起来，于是又出现了一个大办书院的高潮。南宋的书院实际上是讲研理学的书院，理学对书院的教育理念产生了深刻的影响，书院以理学为基本内容，书院成为儒学研究的中心及重要传播基地。
元代统治者南下入主中原后，出于缓和阶级矛盾、进行文化控制的需要，十分重视文化教育，其表现之一便是注重扶持书院，还复书院房屋租产。“各处庙学、书院房舍里，不拣那个官人每、使臣每、军人每，休安下者，休断公事，休做筵会者，系官钱物，不拣甚休顿放者。属学校的田地、水土、贡士庄，不拣是谁，休争占侵犯者。”[12]在朝廷对书院的重视和保护下，无论是“远州下邑”，还是“深山穷谷”，书院“几遍天下”，因而书院在元代也得到了很大发展。但另一方面，官府对书院控制严密，自由讲学风气不浓，书院官学化初见端倪。
明代是书院发展的辉煌时期，书院数量庞大，分布范围更加广泛。明代初期，书院仍维持着元代的规模。到嘉靖年间，随着科举制度弊端丛生，官学日益腐败，一批士大夫提倡自由讲学，书院才又兴盛起来。当时著名理学家王守仁、湛若水先后在各地广收门徒，传道授业，兴办书院，将书院办成学术研究中心和讲学机构。为了宣传自己的学说，王守仁先后创办龙岗书院、文明书院、濂溪书院、稽山书院等。许多名儒与王、湛等以重建纲常、维系人心为己任，大办书院，将书院作为其研究、宣传自己学术思想的阵地。书院广招生徒，频繁讲会，声势浩大，书院建设进入了鼎盛时期。“自武宗朝王新建以良知之学行江浙两广间，而罗念庵、唐荆川诸公继之，于是东南景附，书院顿盛。”[13]从正德、嘉靖到万历年间，创建、修复了1000多所书院，约占整个明代书院的72%。[14]书院越来越多，一些著名的书院往往成为传播社会舆论的中心，针砭时事，评议政治。这样就遭到了当权者的猜忌，发动了四起禁毁书院的案件，其中以权宦魏忠贤迫害东林党人一案最为严重，天下的读书种子霎时好像都被剿灭尽了。东林案后，明代后期书院发展受挫。
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