原核中的-蛋白质相互作用

八、原核中的DNA-蛋白质相互作用

1.画出螺旋-转角-螺旋结构域与DNA双链螺旋相互作用的草图。

2.用实验证明哪些氨基酸在λ-likephage抑制物和它们的操纵区结合中很重要。给出两种研究抑制物和操纵区结合的方法。

3.如何解释λ抑制物和Cro对三个操纵区位点的偏好性不同？

4.谷氨酰氨和精氨酰氨的侧链与DNA易于形成什么键？

5.氨基酸上的甲基和亚甲基集团与DNA易于形成什么键？

6.当抑制物结合时，操纵子中的鸟嘌呤变得对甲基化更为敏感。什么实验可以证明该结论，结果又如何？DNA中的哪些变化可以解释该现象？如何发现这种变化是抑制物结合引起的？

7.DNA结合蛋白中的谷氨酰胺与DNA中的胞嘧啶之间形成一个重要的氢键。将谷氨酰胺替换成为丙氨酸会阻止氢键的形成，从而破坏DNA-蛋白质相互作用。若将胞嘧啶替换成胸苷嘧啶，则可使DNA恢复与突变蛋白质结合。给出一个假设解释上述现象。

8.在DNA-蛋白质相互作用中氢键网络(hydrogen-bondnetwork)的意思是什么？

9.在DNA-蛋白质相互作用中间接阅读(indirectreadout)的意思是什么？

10.你有如下实验假说：为了更好地结合到DNA结合蛋白质上，DNA靶位点需要更紧的扭曲，双螺旋窄沟(narrowgroove)压缩成4～5个碱基。设计实验证明你的假说。

11.画出“readinghead”模型草图，指出阻遏物和阻遏蛋白(aporepressor)对trp操纵区识别的不同螺旋位置。

12.画出“salamisandwich”模型草图，解释在trp阻遏物蛋白中添加色氨酸如何引起蛋白质构象的变化。

13.简要比较λ和trp阻遏物相对于各自操纵区的方向性(orientation)。

14.Sigler假说如何解释trp阻遏物与操纵区间绝大多数的间接相互作用？

15.参考关于A-T碱基对的图。基于该结构，画线指出DNA大小沟中氢键受体和供体基团的位置。用两条水平线表示碱基对的水平轴，用垂直线表示氢键受体和供体基团的水平位置，用垂直线长度表示受体和供体的相对垂直位置。在这个图上，蛋白质和碱基对相互作用的关系是什么？

16.lac启动子如何能弯曲90度结合CAP-cAMP复合体的？启动子的碱基序列如何利于弯曲？

17.解释现象：蛋白质寡聚体(二聚体或四聚体)比单体更容易结合DNA。

18.作图解释：DNA上两个独立的蛋白质结合位点上同时结合两个蛋白质后，DNA对DNase呈现出既有抗性又提高敏感性的交替模式。

19.用DNase足迹法证明：λ阻遏物二聚体可以协同性地结合到被整倍数DNA螺旋-转角隔开的两个操纵区上，而对于非整倍数隔开的DNA操纵区，则不能同时结合。

20.用电镜实验证明第19题中的问题。

21.σ⁵⁴是如何成为缺陷型的？

22.用两种不同的方法证明σ⁵⁴是缺陷型的。

23.什么物质可以提供σ⁵⁴所缺失的功能？

24.用实验证明DNA成环(looping)涉及E.coliglnA基因座的增强。

25.T4σ⁵⁵增强子与E.coliσ⁵⁴增强子作用方式有何不同？