十、真核中的转录因子
1.按顺序列出在体外形成II型前起始复合物的蛋白质。
2.用实验证明：TFIID是II型前起始复合物的基础(基本模块，fundamentalbuildingblock)。
3.通过实验找出TFIID结合在起始复合物上的位置。
4.用实验证明：TFIIF可以与聚合酶II结合，但两者都不能单独结合前起始复合物。
5.比较DAB和DABPolF复合体足迹试验结果的差异。基于这些差异可以得出什么结论？
6.用实验说明TATA框的突变对TBP结合的影响。
7.TBP中的哪部分负责结合DNA？设计一个实验进行证明。
8.用实验证明：转录因子Sp1与TFIID有作用，而与TBP没有作用。
9.将TATA框中dCs替换成dTs，dIs替换成dAs后(形成CICI框)，对TFIID的结合没有影响。给出一个假说解释该现象。
10.TBP的形状如何？TBP和TATA框相互作用的几何学特点是什么？
11.用实验证明：在三种启动子中，TBP是转录所必需的。
12.用实验证明：体外条件下，II型启动子与TFIID的作用比与TBP的作用更活跃。
13.用实验证明：TAFs能与含有一个TATA框、一个起始子和一个下游元件的II型启动子结合。
14.TAFⅡ250和TAFⅡ150与单独的TBP相比较而言，DNase足迹发生了怎样的延伸？
15.作图简述TBP(和其他因子)与TATA-less的II型启动子相互作用的模型。
16.用实验证明：含有GC框的II型启动子的转录激活依赖于Sp1和TAFⅡ110。
17.全基因组表达分析表明：酵母基因转录仅有16%需要TAFII145，而67%需要TAFⅡ17。对该现象进行解释。
18.举例：
a.II型前起始复合物中有可变TBP。
b.II型前起始复合物中缺失TAFⅡ。
c.II型前起始复合物中没有TBP或TBP样蛋白。
19.TFⅡA和TFIIB在转录中的作用是什么？
20.画出TBP-TFIIA-TFIIB三聚复合物结合DNA的草图，画出这些蛋白质的相对位置。这些蛋白质的位置与其功能有何联系？
21.用实验证明：是TFIIH因子，而非其他转录因子，将RNA聚合酶II的IIA形式磷酸化成为IIO形式，此外，其他转录因子对TFIIH该功能有协助作用。
22.用实验证明：TFIIH磷酸化RNA聚合酶II的CTD。
23.简述用DNA解旋酶实验证实TFIIH与解旋酶活性相关。
24.简述用G-less盒转录实验证实与TFIIH相关的RAD25DNA解旋酶活性在体外转录过程中是必需的。
25.用实验证明：IIS激活RNA聚合酶II的转录延伸。
26.用实验证明：IIS激活RNA聚合酶II的校正(proofreading)。
27.什么是RNA聚合酶II全酶？核心聚合酶II与全酶有什么不同？
28.用实验证明：对聚合酶I而言，SL1是具有某种特异性的转录因子。
29.在I型启动子中，哪个常规转录因子是装配因子？换言之，是哪个因子最先结合并协助其他结合的完成？设计一个DNase足迹实验进行证明，并说明最理想的结果，不需说出Tijan等人实验的所有内容，指出两个因子对DNase足迹的影响。
30.完成下面放射自显影图，标出I型启动子在不同条件下的体外转录水平。清楚地区分
下面几种可能：没有转录、弱转录和强转录(参考图)。
SL1和UBF激活rRNA启动子的转录
31.用纯化实验和免疫共沉淀实验证明：SLⅠ中含有TBP。
32.用实验证明：TAFs在SLⅠ中。
33.如何知道TFIIIA在转录5SrRNA时是必需的，而对tRNA则不是必需的？
34.Geiduschek等人用聚合酶III加上TFIIB、TFIIC和tRNA基因进行DNase足迹实验。分别说明下列情况的结果：(1)未加蛋白；(2)聚合酶和因子；(3)聚合酶，因子和任意三种NTPs。从实验结果中可以得出什么结论？
35.典型的III型启动子含内部启动子，然而，TFIIIB与TFIIIC协同在基因编码区上游呈现足迹。画出这两个转录因子结合DNA的图，并给出解释。
36.画图描述：当聚合酶III开始转录典型的III型基因(如rRNA基因)后，TFIIIB和TFIIIC发生的变化。为什么当转录因子不再结合到内部启动子上时，新的聚合酶III分子仍然可以转录基因？
37.用DNase足迹实验证明：当TFIIIB和TFIIIC在一起时才可以保护tRNA基因转录起始位点上游的区域，而单独的TFIIIC则不行。当用肝素去除TFIIIC时，足迹会有什么变化？
38.用5SrRNA体外转录实验证明：TFIIIB结合前起始复合物依赖于TFIIIA和TFIIIC与DNA的预先结合。
39.用实验证明：一旦TFIIIB结合到典型的III型基因上后，它支持转录的多重循环，甚至在TFIIIC(或者TFIIIC和TFIIIA一起)从启动子上脱落后仍然支持转录。
40.作图简述三种TATA-less启动子的前起始复合物。说出每种中的装配因子。
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