呼吸系统疾病的常用治疗手段包括内科和外科治疗方法，以及介入性治疗方法，主要包括以下几方面内容。
（1）抗菌药物治疗
在各种感染性疾病中，呼吸道感染位居首位。一般的细菌感染用一种抗生素就可以控制，不需要联合用药。对于复杂感染或伴有基础疾病、耐药菌感染风险等因素的患者，需采取联合抗生素治疗以起到协同作用，增加疗效。
（2）糖皮质激素应用
糖皮质激素在呼吸系统疾病的药物治疗中占有重要地位，在包括支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、外源性过敏性肺泡炎、结节病、急性肺损伤、肺间质疾病等疾病中都有应用；而在慢性气道疾病中，如慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘等，均主张长期使用糖皮质激素吸入制剂。
（3）支气管扩张药
支气管扩张药用于有支气管痉挛，伴有咳嗽、气喘的患者，如慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺部感染出现支气管痉挛的患者。
（4）呼吸机的应用
呼吸机的应用包括无创机械通气（面罩呼吸机）和有创机械通气（气管插管或气管切开）。呼吸机主要针对存在呼吸衰竭的患者，通过机械通气可以维持患者适当的通气量，改善气体交换，减少呼吸肌疲劳。此外，通过面罩呼吸机进行持续正压通气（CPAP），可用于治疗阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征。
（5）氧气疗法
对于存在严重缺氧的患者，可以通过氧气疗法增加吸氧浓度，提高肺泡氧分压。对于慢性阻塞性肺疾病患者选择低浓度吸氧，而对于呼吸窘迫综合征（ARDS）患者则可使用中高浓度吸氧。
（6）呼吸道湿化及雾化治疗
湿化治疗是通过装置产生水蒸气，提高吸入气中的水蒸气含量，使气道湿化、稀释分泌物，易于排出。雾化治疗是将药物或水分分散成微粒，通过雾化吸入药物到气道和肺泡内，发挥局部治疗的作用。
（7）介入治疗
介入治疗包括纤维支气管镜治疗及血管内介入治疗。经纤维支气管镜可以对肺泡蛋白沉积症进行肺泡灌洗，进行呼吸道肿瘤的内镜下治疗，以及放置支架治疗气道狭窄。支气管动脉栓塞术可以治疗大咯血。通过内科胸腔镜可以进行胸膜疾病的诊断及治疗。
（8）肺移植
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