由于本病病因不明，目前尚无特殊疗法。一般采用支持疗法和对症治疗。有活动性病变者，应卧床休息，给予合理的生活指导和精神鼓励，避免患者精神紧张、烦恼等不利因素，并注意适当加强营养、纠正代谢紊乱、改善贫血和低白蛋白血症。以前强调低脂肪、少渣饮食，但这种饮食反而影响久经折磨者的食欲；而可口美味的食品使体重不再下降，实际上更有益于身心健康，这与高营养、高维生素和易消化的原则并不矛盾。宜补充多种维生素、叶酸以及铁、钙等矿物质，有时还应补充锌、铜和硒等元素，这些物质是体内酶类和蛋白质的组成成分，具有保护细胞膜的御毒作用。
对于严重的病例，必要时可输血、血浆、白蛋白及复方氨基酸，甚至给予要素饮食或静脉内全营养。
解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也会有助于症状缓解。可以应用阿托品等抗胆碱能药物，但应警惕诱发肠梗阻的可能。复方苯乙哌啶、洛哌丁胺(易蒙停)有时亦可减轻腹泻。
近年来，常用以下方法治疗克罗恩病：
首先，在活动期口服水杨酸偶氮磺胺吡啶(SASP)2～6克/日，分4次服用，一般3～4周见效；维持量1～2克/日，一般口服1～2年。或口服5–氨基水杨酸(5–ASA)微颗粒，每次0.5克，每日3次，对结肠病变疗效尤佳。
此外，每天口服泼尼松30～60毫克，10～14天以后渐减量，直至每日5毫克维持。如用6–甲泼尼龙，开始每天给48毫克，逐步减至每日12毫克，维持2年。不能耐受口服者，急性期可用氢化可的松200～400毫克或肾上腺皮质激素(ACTH)120单位静滴，14日后改口服泼尼松维持。对直肠病变可用倍他米松5毫克或氢化可的松琥珀酸盐20～100毫克保留灌肠，还可与水杨酸偶氮磺胺吡啶、锡类散等药物一起合并灌肠。
其他药物如：硫唑嘌呤每日1.5毫克/千克体重，分次口服；也可口服6–巯基嘌呤，对慢性复发患者，疗程约为1年；尚可使用环饱菌素A及免疫增强剂如左旋咪唑、干扰素、转移因子、卡介苗及免疫球蛋白制剂。采用灭滴灵、广谱抗生素及抗结核治疗者也有报道，但疗效评价不一。
本病半数病例最终需作外科手术切除病变肠段，5～10年内有部分病例可能仍需再次手术。
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