五运六气，或说运气学说是传统中医之精华。不论是攻击中医者还是崇信中医者，都承认这一点。
20世纪末，有位老中医，据说是一位名医、专家、教授，对中医的所有理论都大加挞伐，他说：“五运六气，的的确确是中医的中心内容，而且昔者你不懂它你就无法成为高级中医。它在中医学的身份、地位、实用，完全和儒家（专业文化的学者）中的八股文一模一样，你不懂就根本无法进入儒门，它的身份、地位之高，不言可喻。但谈实用，老实说，比“卫生纸”更不如。……昔者有见识的大名医，早就否定这个五运六气了。
这位老先生的挞伐把古代运气说当作千古不易之理，当作不可动摇之金科玉律自有其理，但科学不是以谩骂和攻击来奠定其坚实基础的，过犹不及，其结果与过分推崇五运六气所致的后果没有什么两样。据说宋朝，朝廷每年公布次年“运历”，把四季之病，治疗用药都机械规定成为条款，让医生照章诊疗。这种做法，显然与医理又是不合，落入死记硬背、生搬硬套的教条主义窝臼，引来批判和攻击也在理中。
五运六气的理论主要存在于《黄帝内经·素问》的七篇大论之中。它们是：天元纪大论，五运行大论、六微旨大论、气交变大论、五常政大论、六元正纪大论和至真要大论。这七篇文章是唐朝名医王冰根据他老师的藏品，补正和注释的，从文字篇幅上看，它们占据《黄帝内经》全部文字的三分之一以上。历来对这七篇是否《黄帝内经》的原著争论很大。
但是，不管真假，也不管是反对还是赞成，对于五运六气学说是传统中医的重要理论基础或核心，大家都是承认的。
在1966年以前，五运六气的研究还属于比较深奥的问题。某些医史学者将运气学说作为历史加以探讨，追溯其源起和演变。其中以范行准先生《五运六气说的来源》一文影响较大，对运气学说的贬抑态度，称之为“近于宿命论”的“式占”之术。
1959年，对运气学说持肯定态度的学者任应秋先生出版了《五运六气》（上海科学技术出版社），是为现代第一本运气学说的入门之书。该书以《素问》七篇大论为本，系统讨论了运气学说的各有关问题。1962年，胡海天先生于《广东中医》发表连载文章，作“五运六气”的讲座，在中医界亦有一定的影响。
20世纪70年代末，运气学说才又重新得到重视。但这次运气学说的命运非同昔比，它不仅在中医界得到了很多人的青睐，而且也引起了某些其他学科人士的浓厚兴趣和重视。研究运气学说在70年代末以来异乎寻常地成为热门，有关研究的专著也陆续问世。
20世纪80年代以来，对运气学说持肯定态度的学者从理论文献和实际验证两方面来进行确立自己的观点。任应秋先生认为运气学说“是中医学在古代探讨气象运动规律的一门科学”，即中医气象学。方药中先生认为，运气推算的“干支格局”，是古人对天象、气候、物候、病候长期观测的总结。它吸取了当时天文、地理、历算、哲学知识，运用阴阳五行和干支的排列组合形式来加以表述。但是，运气推算只是部分内容，因此不能以现代气象验证的符合率来评价运气学说的价值。
当代传统中医研究者认为：“运气七篇对中医学的巨大贡献是无与伦比的。运气学说是中医理论的重要基础，作为运气学说的核心理论——气化，又是中医理论的精髓。因此，运气七篇对中医学最大的贡献是把中医理论上升到了一个更高的境界，即气化境界。”
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