人们通过口腔进食各种食物和饮料，通过鼻腔吸入空气，排出二氧化碳，以保证人体正常的物质和能量代谢需要，同时也不可避免地会带入外界有害物质。比如，细菌、病毒等致病微生物及毒物、尘埃、异物等有害物质均可随食物或呼吸进入体内，即所谓“病从口入”。咽部就是抵御这些有害物质的第一道关卡。那么，咽部是怎样发挥这一功能的呢？
咽部包含多种组织器官和丰富的血管、神经。咽的防御功能就是通过它们来实现的。咽壁黏膜层所含有的纤毛上皮、杯状细胞和黏液腺体虽然不如鼻腔黏膜多，但同样发挥着对空气加温、加湿及净化作用。在黏膜表面有一层由腺体分泌形成的“黏液毯”，空气中的尘埃、细菌等有害物质可以被有效地黏附，然后随着纤毛活动被推向口咽部排出。其中大部分细菌还可被黏液中的溶菌酶抑制或灭活，这种作用在鼻咽部最为显著。当携带着细菌、尘埃的黏液或从口误入的其他异物抵达口咽部时，刺激咽黏膜上分布的感觉神经末梢，随即产生一系列神经反射，将这些有害物质吐出或吞咽入胃，借胃酸进一步分解处理。在此，咽部的三组肌肉起着重要作用。例如，当异物进入咽部引起呕吐反射时，异物下方的咽肌收缩，使下段咽腔缩窄，阻止异物下行；而异物上方的咽肌松弛，咽腔扩大，便于吐出异物；同时，软腭上提，封闭鼻咽腔，使异物不致逆行入鼻腔。这些都是咽肌特有的防御保护功能。此外，从鼻腔、鼻窦、咽鼓管、中耳、喉、气管等处经纤毛运动被推向口咽部的分泌物和有害物质，也是通过咽反射而清除的。
咽部最重要的防御线当属丰富的淋巴组织网。它们富含吞噬细胞，可吞噬、消灭细菌和病毒，并产生抗体，参与增强人体的免疫功能。
有些患过鼻炎的人可能有过这样的体验。当从鼻腔滴入药液时，会向后下流入咽部，此时药液并没有接触到舌头，也能“尝”到苦味，将药吐出。这是什么道理呢？原来在喉咽部、会厌、杓状软骨等处的黏膜上也分布着许多味蕾，由迷走神经支配，尤其对苦味很敏感。这些味觉的神经末梢将信息传到大脑的味觉中枢，引起不同的咽反射，或吐出或咽下。因此，可以说咽部的味觉也是一种对进入物质的防御性检验措施。
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