杨振宁的父亲在厦门大学任教一年，便到清华大学任教。直到抗日战争爆发，他才带全家辗转到昆明，在西南联大任数学教授。那时，杨振宁刚念完高中二年级，便以同等学力考上西南联大物理系，从此矢志攻读物理科学。
杨振宁认为，对他一生的发展方向和取得的学术成就起决定性影响的时期是西南联大读书的六年，老师、父母给他最大最明显的影响，也是在那个时候。
父亲的影响，正如杨振宁自己所说的那样，主要是在学术上。1942年和1983年，杨振宁两次说到父亲给他的具体影响：
1942年，杨振宁为做学士学位论文找吴大猷当论文导师。吴先生拿出1936年那卷《现代物理评论》杂志，叫杨振宁读罗森塔尔和墨菲合写的一篇讨论群论和分子光谱关系的评论性论文，看看有什么心得。杨振宁从该文中首次了解到群论在物理学中的应用。
由于杨振宁父亲是数学教授，他念高中时就从父亲那里接触到了群论的初步知识。父亲书架上有一本斯派塞的关于有限群的书，其中的美丽插图也曾常常使他入迷。他虽然在大学没有学过群论，却也不觉得生疏。他把罗森塔尔和墨菲的论文拿给父亲看，想得到父亲的指导。他父亲虽然不是学物理的，但对群论却很了解。
父亲建议杨振宁读一读狄克逊所著的名叫《现代代数理论》的一本小书，以便从中学习“群的表示理论”。狄克逊是杨振宁父亲芝加哥大学时的老师，父亲介绍的书确实是一本好书，写得非常精要，没有废话，只用一章二十页的篇幅，就把群论中的“表示理论”非常完美地完全讲清楚了。杨振宁读起来，觉得非常适合自己的口味。
他回忆说：
“这一章又优美又有巨大动力的理论，使我认识了群论的无与伦比的美妙力量。”
“我学到了群论的美妙和他在物理中应用的深入，这对我后来的工作有决定性的影响。”
杨振宁后来一直将“对称原理”作为自己的两大研究领域之一，正是植根于吴先生和父亲当年这方面的指导。也正是吴先生和父亲当年这一指导，使他有可能在以后和李政道一起推翻宇称定律，从而获得1957年诺贝尔物理奖。
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