影响胚胎发育、造成唇腭裂畸形的因素，主要包括遗传因素及环境因素。
有20%左右的唇腭裂患儿显示存在遗传因素，在他们的直系或旁系血亲中，有类似的畸形存在，而这种遗传性，可以因生活条件的改变或新陈代谢的变异而发生变化，不是一成不变地遗传给后代。
营养不良在妊娠头3个月内，孕妇因妊娠反应、厌食、慢性疾病、消化吸收不良等造成营养失调，从而影响胎儿发育。
病毒感染在妊娠头3个月内患风疹的孕妇，出生的婴儿很多患有唇腭裂。除风疹病毒外，孕妇被其他病毒感染也可导致婴儿先天畸形。
妊娠期间胎儿受到创伤；孕妇在怀孕早期长期缺氧；孕妇服用某些影响代谢的药物。某些化学物质中毒也可导致胎儿先天畸形。
另外，还有精神因素，尤其是强烈的精神刺激，都可能导致胎儿畸形。
（1）加强孕期保健。在怀孕头3个月内尤为重要。孕妇除做好卫生保健及定期检查外，要保证摄取充足的营养，尤应注意补充维生素A、B1、B2、B6、C、D、E及钙、磷、铁等矿物质。但补充应适当，过量也会造成损害。如孕妇妊娠早期呕吐严重，可注射维生素B1、C等，以缓解症状及补充维生素。
（2）已婚女子及妊娠早期的孕妇，应注意身体的保健及孕期卫生保健，增强机体的抗病能力，以避免病毒性感染及疾病的发生。
（3）妊娠期妇女应避免强烈的精神刺激（尤其是妊娠早期）。
（4）有慢性疾病的妇女，如患有贫血、糖尿病、营养不良、甲状腺机能减退及妇科疾病等，应及时治疗，以免怀孕后影响胎儿的正常发育。
（5）妊娠早期应避免接触放射线及有害物质；应避免到高原地区或缺氧环境中生活，以免因机体缺氧而致胎儿畸形；避免服用影响代谢及对胎儿发育有影响的药物。
（6）直系或旁系血亲中有唇腭裂畸形的已婚女子，妊娠早期要服用适量的维生素A、B2、B6、C、D及补充钙、磷、铁等，有助于减少胎儿畸形的发生。
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