由于日本友人的帮忙，梁启超的生活得以安顿。
自居东以来，广搜日本书而读之，若行山阴道上，应接不暇，脑质为之改易，思想言论若出两人。
梁启超在艰难的逃亡日子里，如饥似渴地读着令他眼界大开、使他兴奋不已的日本书籍，他翻着、看着、思索着、酝酿着……
此时，“海外羁逐孤臣，君主被幽，同志惨戮”。社会空气紧张，维新志士四处逃难，清廷鹰爪密布，民众思想低落，前途一片黑暗，中国社会危机四伏。梁启超在日本四处奔走，希望能够解救光绪，挽救失败局面。然而，同志频频被捕，消息传来，如针刺般折磨着这位旷世才子。他心情失落，又不得不挺起精神为扭转乾坤作奋力一搏，内心承受着千斤重压。
10月26日，梁启超拜访志贺重昂（日外务大臣大隈重信的代表），并与之进行笔谈，陈言东亚之乱，中国之安危，牵动地球之全局，尤对日本影响重大。
盖东方之安危，全系乎敝邦之能自主与否，敝邦立则日本之边防、商务、工艺皆受其利，敝邦危则皆受其害。
梁启超幻想借助日本政府之力来复辟光绪帝位。然而，志贺重昂闪烁其辞，全无相助之心，只是暂留梁启超，便于日本以施后图，想把康、梁作为日后统治中国的工具而已。不过，这也使得梁启超看清了日本的真面目，改变了依靠英美等协助复国的想法，坚定了挽救中国的决心。
就在这时，日本报界对中国维新变法大加议论，批判中国变法过于急进而导致失败，言辞颇为激烈。梁启超看后异常愤怒，大发雷霆，静下心后，作书与品川弥二郎（日本友人），反驳日本媒体的说法，表示对不负责任、没有根据报导的深深遗憾：
近闻贵邦新报中议论，颇有目仆等为急激误大事者。然仆又闻之松阴先生之言矣。曰：观望持重，今正义人比比皆然，是为最大下策，何如轻快直率，打破局面，然后徐占地布石之为愈乎？又曰：天下之不见血久矣，一见血丹赤喷出，然后事可为也。仆等师友共持此义，方且日自责其和缓，而曾何急激之可言？敝邦数千年之疲软浇薄，视贵邦幕末时，又复过之，非用雷霆万钧之力，不能打破局面，自今日以往，或乃敝邦可以自强之时也。
梁在信中描述中国维新变法百转千回、风云诡谲。畅言有志之士为之前赴后继，抛头颅，洒热血。文字中跳动洋溢着梁启超那沸腾的激情。
随后，梁启超又作了一篇《新党某君上日本政府、会社论中国政变书》，陈述了戊戌变法失败的原由，极言中国改革成败与日本的利害关系。他再一次援请日政府设法营救光绪，重行新政。这引起了日本社会的广泛关注，掀起了研讨中国维新变法的高潮。
梁的求助仍然受挫，光绪复位无望，梁启超心境凄凉，尽管日本资产阶级运动汹涌澎湃，但也无法吸引他的关注。身在异乡，孑孑一身，孤独难耐，纵愤怒充盈于胸，也只是挥洒无处。梁启超于是潜心学术，研究学问，以期有所发现，有所受益。
当时梁启超为了避国内耳目，取了一个日本名字叫作“吉田晋”，因为他非常景仰日本人吉田松阴和高杉晋两先生。
1898年12月23日，梁启超于日本创办《清议报》，爱国华侨冯镜如、冯紫珊、林北泉出资相助。
《清议报》起于戊戌十月，其时正值政变之后。麦孟华、汤觉顿等人在报社任编辑，继续吹响民权自由的号角，宣传反满思想。《清议报》连续刊发了《戊戌政变记》《论变法必自平满汉之界始》《独立论》《自由书》等进步书籍，系统介绍西方政治理论及时事新闻。《清议报》成为中国民众了解西方、认识西方的主要报刊，不久，便营销海外。梁启超声名远扬，开始成为海内外爱国人士心中共同的丰碑，声望与日俱增，远远超越他的老师康有为，成了中国知识界最具影响力的人物之一。
《清议报》初出版时，梁启超曾撰写《清议报叙例》一篇，载该报第一期，讲述该报宗旨有四：
一、维持支那之清议，激发国民之正气。
二、增长支那人之学识。
三、交通支那、日本两国之声气，联其情谊。
四、发明东亚学术以保存亚粹。
《清议报》明目张胆攻击清政府，活跃了中国思想界，但同时也引起了中国政府的关注。清廷不断采取措施阻止该报的散发，严禁入口，断绝发行机关。而梁启超凭借《清议报》在海外一鸣惊人，并在思想上脱离了老师康有为的束缚。
10月25日，康有为化名“夏木森”抵达日本神户，随即奔往东京，与梁启超会合。师徒异乡相遇，又是流亡在外，见面后分外激动，二人相抱而泣，泪如泉涌，互相倾诉惊险的逃亡经历、心中的郁闷愁苦，以及未来的打算。
康、梁相见后，日本人宫崎、平山居中调停，欲使兴中会孙中山与康、梁相识，寻找两派联合的道路。当时，孙中山等流亡日本，坚持反清革命斗争。而康有为得清帝眷顾，视革命党人为大逆不道，恐为其所累，不肯相见。不久，经日本友人的撮合，梁启超与孙中山在日本文部大臣、进步党领袖犬养毅的家中相见。两人都曾饱读西方书籍，思想先进，又都是少年得意，意气风发。两人相见后，意气相投，彼此相视为知己。谈及商定合作方法，见面气氛十分和谐。
几天后，陈少白到访康有为，康避而不出，徐勤代为接见。正巧梁启超外出归来，引陈少白直接入见，康有为见无法躲避，不得不出来接待。陈少白向康、梁痛陈清廷政治腐败，极言非覆之不足以救中国，请康有为改弦易辙，共同完成振兴中华大业。可是，此时的康有为依然以帝师自居，力谋起兵勤王，为光绪鞠躬尽瘁，以报“知遇之恩”。陈少白与康有为争辩三个小时，二人都坚持己见，会见不欢而散。
此时，清政府得知康有为在日本策划复辟保皇活动，甚为震怒，向日本政府交涉，要求驱逐康有为、梁启超。日本政府考虑时局，又意识到康、梁在日本，影响政府的“亲华政策”，于是要求康、梁离开日本，梁启超断然拒绝。由于康有为坚持保皇，日本政府便迫使他离开日本，而鉴于梁启超的革命共和倾向，准其留在日本继续活动。
康有为走后，梁启超成为维新派在日本的首领。革命党人同梁启超接触逐渐频繁起来，特别是孙中山与其来往甚密。梁启超也渐有赞成革命共和的倾向，然而有碍于老师的阻力，梁启超在做决定时有所顾忌。最终，两党的合作也未有太大的成果。
两党在交流中，最重要的收获就是东京大同高等学校的创办。1899年8月，梁启超在华侨曾卓轩、郑席儒等人的帮助下，筹集资金，建设校舍，招收学生，聘请犬养毅的助手柏原文太郎为教务长，成立了东京大同学校。当时的学生都是来自横滨大同学校和上海南洋公学的高材生，他们聪颖好学，思想进步，吃苦耐劳。在学校里，几十个学生晚上同睡地铺，早上卷起被窝，每人一张小桌，念书写作。但是精神方面却异常快乐，平时师生高谈革命，旁征博引，常以卢梭、华盛顿等人相互激励。不久，梁启超又在神户建立同文学校，以为内地留学生预科之用。
梁启超还与孙中山合作创办了刊物《中国秘史》二期，宣传亡宋、亡明及洪秀全失败之痛苦，揭露列强的残酷迫害和侵略，以此激发国人的忧患意识和反抗精神。
孙、梁二人的合作甚至达到了要联合组党、共同革命的地步，然而由于康有为和徐勤的阻扰，最终只得不了了之。随后，革命派兴中会创办华侨学校，与大同学校对峙，两党关系渐渐转入低谷。
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