美国20世纪90年代开始实施高健康对虾和无特异病原虾的系统工程，同时将分子遗传标记技术应用于该项目之中，先后使用RFLP、RAPD、微卫星DNA技术对斑节对虾、凡纳滨对虾的遗传多样性及种群的遗传结构进行了调查和评估，指导了高健康虾的选育工作，已经培育出高健康虾和无特异病原虾品系（Carr et al，1994；Pruder，1995），并得到了这些品系的特征分子标记。Wolfus等（1997）还发现凡纳滨对虾的生长速度和抗病能力的下降与这些位点上遗传变异水平的降低有关。
目前，RAPD标记已经应用到群体遗传学研究中，检测种群内和种群间的遗传多样性，并为种群的识别提供可靠的遗传标记。澳大利亚利用RAPD技术分析斑节对虾不同地理群体间的遗传差异，并就其在虾类标记选育中的应用作了初步探讨（Garcia et al，1996）。显而易见，RAPD技术在海洋生物种质遗传学研究中有着很好的应用前景。特别是在海水虾类中同工酶所表达和揭示的种内水平的遗传变异水平非常低，而RAPD技术可以填补同工酶的技术空白。
我国的海水鱼、虾、贝等种类繁多，其中不少优良种类，如中国对虾、栉孔扇贝、鲍、刺参、真鲷和牙鲆等。近年来，我国又先后从国外引进了海湾扇贝、美洲凡纳滨对虾、红绿鲍等优良种类，进一步丰富了我国海水养殖的品种资源。但是，我国人工养殖用的苗种基本上没有经过系统的人工选育，其遗传基础还是野生型的，生长速度、抗病能力乃至品质质量还没有像种植业、畜牧业那样达到良种化程度。应用现代分子生物学技术，快速确定优良性状的分子标记，结合遗传学原理，可缩短良种选育周期，在3～5年内培育出优良品种。从野生种中选择生长快、抗病力强的家系，是我国实现集约化养殖的根本，也是人们不懈追求的目标。筛选与保存是高产不可缺少的重要环节。
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