利用NCBI BLASTP软件对中国对虾FcMKK4基因编码的氨基酸序列进行同源比对。发现该序列与肩突硬蜱（Ixodes Scapularis）的同源性最高，为80%。与其他无脊椎动物如印度跳蚁（Harpegnathossaltator）、大红斑蝶（Danaus plexippus）、佛罗里达弓背蚁（Camponotus floridanus）、意大利蜜蜂（Apismellifera）、切叶蚁（Acromyrmex echinatior）和埃及伊蚊（Aedes aegypti）的MKK4的同源性分别为78%、75%、74%、71%、68%和68%；与其他脊椎动物如非洲爪蟾（Xenopus laevis）、鲤（Cyprinus carpio）、绿头鸭（Anas platyrhynchos）、原鸽（Columba livia）、斑马鱼（Danio rerio）、裸鼢鼠（Heterocephalus glaber）和八齿鼠（Octodon degus）的MKK4的同源性分别为70%、69%、69%、69%、64%、64%和64%。
图35 利用MEGA4.1软件构建的基于MKK4氨基酸序列的NJ系统进化树
利用MEGA4.1软件进行系统进化分析表明，中国对虾FcMKK4和其他节肢动物MKK4聚为一支。将中国对虾FcMKK4基因编码的氨基酸序列与肩突硬蜱、意大利蜜蜂、埃及伊蚊、大红斑蝶、斑马鱼、非洲爪蟾和八齿鼠等动物的MKK4基因的氨基酸序列进行比对发现，GYDVRSDVWSLGTTL基因序列高度保守。
图36 中国对虾FcMKK4氨基酸序列与其他物种MKK4氨基酸序列比对
注：保守基序GYDVRSDVWSLGTTL以方框表示。
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