将图书馆馆藏的文字材料、声音和视频信息进行数字化转换和处理，并以计算机可以识别和处理的字符编码形式或图像形式、多媒体形式存贮在介质上，具备查阅、检索和复制等功能，就形成了数字图书馆的数字化信息资源。数字图书馆的知识组织是通过对社会客观知识的整序、加工以达到某种主观需要的过程。为更好地满足用户的需求，需要采取一定的组织方式对数字信息资源进行管理。目前，关于数字环境下网络信息资源组织的研究主要有：
1.自由文本组织方式
是用自然语言揭示文献中的知识单元，并按文献全文的自然状况直接设置检索点。它所组织的是所创造的或采集到的网络全文信息。它属于粗加工的一次文献组织方式，它是数字化图书馆提供信息服务的一种主要方式。它主要用于全文数据库建造。所谓全文数据库，就是将一部图书或一种杂志的全部文本都输入计算机，使之成为计算机可以阅读和处理的文本。其优点是大大节约馆藏面积，实现信息海量存储；管理和应用直观简便，便于用户直接访问，有选择地复制和传递信息资源，又能存储非结构化信息。缺点是由于只能反映信息之间的简单位置关系，因而对结构化信息的组织便显得软弱无力。
2.超媒体方式
它是超文本技术与多媒体技术相结合的产物。超文本技术是将文本信息存储在无数节点（node）上，每个节点成为一个相对独立的“信息块”，彼此链接形成信息网络。通过超文本方式将文字、表格、图像、音频和视频等多媒体信息组织起来，用户通过高度链接的网络结构在信息库中随意浏览，便可以找到所需要的信息资源。主要优点是超越了媒体类型对信息组织与检索的限制，具有良好的包容性和可扩充性；实现链接浏览的搜寻方式可避免检索语言的复杂性。缺点是采用浏览方式进行信息搜索，当超媒体网络过于庞大时，很难迅速准确地定位于需求信息的节点上，也难以避免造成用户“速航”现象。
3.数据库方式
数据库是相互关联的数据——知识和信息的数字化集合。即将所有获得的信息资源按照固定的记录格式存储组织，用户通过关键词及其组配词就可以找到所需要的信息线索，再连接到相应的网络资源。数据库技术利用严谨的数据模型对信息进行规范化处理，利用关系代数理论进行信息查询的优化。
数据库方式的优点是：
（1）可以快速有效地处理大量的结构化数据。极大地提高信息的有序性和完整性。
（2）管理效率也有明显提高，网络负载大大降低，对信息处理更加规范化。
数据库方式的缺点是：
（1）处理对象通常是结构型的和以数值形式为主的数据类型，对非结构化的信息处理难度较大。在一个决策支持系统中，对于事实型数据和离散型数据，目前尚无法达到令人满意的结果。
（2）不能提供数据之间的知识联系，不能有效处理结构复杂的信息单元。
（3）界面缺乏直观性和良好的人机交互性。
4.主题树方式
主题树方式是将所有获得的信息资源，经过甄别，分门别类地按照事先不确定的概念体系结构加以组织，建立主题类目和子类目。它实际上是提供一种界面机制，用户通过这个界面只与网络信息资源的主题目录进行交流，并通过主题目录间接地连接并使用多个实际数据资源。
主题树方式的优点在于：简单易用，屏蔽了网络信息资源系统对于用户的复杂性。其组织知识具有基于树浏览方式的检索界面，能按分类体系逐步查询，且具有良好的可扩充性和严密的系统性。
主题树方式的缺点也比较明显：利用主题树组织知识必须事先建立一套完整的主题目录分类体系。且体系结构不能过于复杂，每一类目下的信息索引条目也不宜过多，这就大大降低了其所能容纳的网络信息资源的数量。
5.指引库方式
它是一个由语义信息、文献信息、链接信息组成的语义——文献双层数据结构。其第一层由语义信息与语义链集合所构成；文献信息与结构链构成第二层。链接信息由不同语义节点的语义链，文献节点的结构链和链接于这些节点之间的链组成，穿行于这两层之间。该方式的优点是每条记录都经过严格挑选，具有较强的针对性和较高的可靠性。避免了搜索结果复杂，不利于用户选择利用的缺点。
6.搜索引擎方式
它是根据数据网络协议在网上漫游、发现新的网址、网页信息、抽取、排序、归纳并建立网络索引数据库。数据库按一定方式、结构存储，提供特定处理系统需要的相关信息，该方法的自动化程度高，更新速度快，并可提供位置、概念、截词、嵌套等多种检索和包括网址及相关描述性信息。但检索的结果是查准率低、返回量大，内容庞杂、实际有用的信息却很少。
从上述六种组织方式比较而言，自由文本方式虽然在一定范围内应用较多，但由于其固有的局限性使之不可能成为数字化信息资源类型的主流。主题树方式对于小型虚拟图书馆可行，但若数字图书馆包括大量复杂的某一领域的网络信息资源，这时就需依靠数据库组织方式。数据库方式是当前普遍使用的网络信息资源的组织方式。指引库方式常用于组织网上专题性强的二次信息。搜索引擎方式是依据计算机程序的运作，非人工构建的，是目前网上二次信息的主要方式之一。超媒体方式是网络信息组织未来的发展方向。总体评价可以认为，现代网络信息资源组织方式最好是数据库方式和超媒体方式的结合。这也是网络信息资源组织的未来发展趋势。
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