“鲸”这个汉字的造法明确地表示，古人认为鲸是一种大鱼，“鲸鱼”一词就更不用说了。我们不能责怪造字者缺乏生物学常识，因为包括鲸、海豚和鼠海豚(体形较小的海豚)在内的鲸类动物同鱼实在是太像了:长长的身体呈流线型，尾巴的形状像叶片，后肢退化缩小到没有，只在身体内部还能寻到一点残迹，这些都是适于水中生活的特征。
在古人看来，鲸鱼就是鱼类的一种。
科学家认为，哺乳动物大约与恐龙差不多同时登上进化的舞台，在巨大爬行动物横行的年代里生活得并不如意，直到一场大灭绝事件——通常认为是6500万年前一颗小行星撞上地球——毁灭了恐龙家族，才因祸得福地兴盛起来。在5000万～6500万年前，原本所有的哺乳动物都生活在陆地上，现代鲸类动物的祖先也不例外。由于某种原因，一些凭借四肢在大地上奔跑的动物，于始新世时期开始了向河流和海洋的回归之旅，在不足800万年的时间里，体形和生活习性都发生了巨大的改变。
这些发现特别是巴基斯坦古鲸已经足够让科学家们激动，因为它们是陆生哺乳动物与现代鲸类动物之间的过渡型，再次为进化论提供了充分证据。不过，这些过渡型化石更加偏向于鲸那一边，要么能够水陆两栖，要么完全适应在海洋生活。可现在有两个重要的问题还是不能解答:鲸类动物的陆地祖先——那些只会奔跑不会游泳的最原始的鲸类动物，是什么样子?世上现存的哺乳动物中，哪一种与鲸类的亲戚关系最近?
不同专业的科学家对于更详细地研究鲸类进化历程有不同的方法。根据化石的牙齿和耳朵特征，古生物学家倾向于认为，鲸与一种生活在第三纪、现已灭绝的有蹄动物mesonychians血缘最近。研究现存动物DNA特征的分子生物学家则比较偏爱河马，认为这种现代偶蹄动物才是鲸最近的亲戚。
英国的Thewissen于2013年9月20日在《自然》杂志上发表报告说，他的小组新发现了两种巴基斯坦古鲸化石，它们完全是陆生的。就在第二天，Gingerich在美国《科学》杂志上报告了另两种也是在巴基斯坦挖出来的古鲸化石，长着发育良好的后肢，两位大概有点竞争的意思。同时在两份地位对等的杂志上发表主题相同的报告，倒也颇为有趣。两人的新发现都表明，牛、河马、猪、骆驼和长颈鹿等偶蹄动物与鲸有着密切的亲缘关系。对Gingerich来说，提出这个观点也许稍微多费了一点工夫，因为他原先主张mesonychians是鲸的近亲。
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