进化模式认为，生命是在漫长的进化过程中，由无机物变成有机物，由有机物演化出氨基酸、蛋白质，然后演化为最简单的单细胞生物，最终进化出各种生命形态。那么，作为生命基础的细胞，是怎样形成的？揭开细胞的秘密是否就可以窥探生命的奥秘呢？
最初的生命如何出现在地球上？
面对这个问题，进化论声称，生命由偶然形成的细胞开始。根据这一假想，40亿年以前，在原始地球的大气层内，各种没有生机的化合物，在雷电和压力的影响下，促成了第一个活细胞。
在达尔文时期，人们并不知道活细胞的复杂结构，进化论者把生命归因于“偶然和自然事件”的说法就足有说服力了。20世纪的技术，已深入到生命最小粒子的研究，并且揭示细胞是人类所面临的最复杂的系统。今天，我们知道细胞包含生产细胞所用能源的发电厂；生产生命需要的濲和激素的工厂；记录全部待生产产品的数据库；运送原料和产品的复杂的运输和管道系统；把外部原料分解成可用部分的高级实验室和精炼厂，以及适用于控制细胞材料出入的专业化细胞膜蛋白。这些还只是这一令人难以置信的复杂系统的部分作用。
细胞的复杂性：细胞是人类已经见证的最为复杂、最为优化的系统。
分子的结构相当复杂，如何解释它在巧合中形成？活细胞又是怎样在偶然中形成的？为证明细胞曾是偶然形成的，进化论者们进行了无数次的实验、研究和调查。但是，每次努力只能更详细地说明了细胞的复杂设计。因此，更进一步反驳了进化论者的假说。
进化论不能解释细胞怎样产生的基本原因之一，是细胞“不能简化的复杂性”。活细胞的生存依靠许多协调合作的细胞器。这些细胞器缺一不可，否则细胞就不能存活。细胞的发育似乎不允许等待像自然选择或突变等无意识的机制。因此，进化论的质疑者提出，地球上的第一个细胞形成时，一定具备必需的全部细胞器和功能。
进化论甚至无法解释单个细胞的基本组件。在自然条件下，在构成细胞的数千种复杂的蛋白分子中，形成单个蛋白质的可能性很小。
美国生物化学家麦克·贝希（M.J.Behe）在谈到这个问题时，举了一个形象的例子，他认为，蛋白质绝对随机、自然地产生，就如同一个人指望把热水、鸡蛋、面粉、糖和可可粉随机放在一起就能产生一个巧克力蛋糕一样荒唐。
蛋白质是由叫作氨基酸的更小单位组成、按照一定数量和结构排列而成的庞大分子群。这些分子群组成活细胞的建筑群。最简单的蛋白质，由50种氨基酸组成；但有些蛋白质则由数千种氨基酸组成。更重要的是，在蛋白质内单个氨基酸的短缺、增加或移位元都会使蛋白质成为无用的分子堆。每一种氨基酸必须以合适的位置和顺序排列。
蛋白质功能的结构是否可能偶然产生，可以通过简单的概率来推算。一个平均形状的蛋白分子，是由12种不同类型的288种氨基酸组成的；这些蛋白分子可以用10300的不同方式排列。在所有这些可能的排列序列中，只有一种可能形成蛋白质分子的方式，即形成仅仅一个蛋白分子的可能性只有“1/10300”。
我们进一步观察生命的发育时，就会发现蛋白质对它本身毫无意义。我们所知道的最小的细菌之一支原菌H39（Mycoplasma Hominis），含有600种蛋白质。这样的话，我们必须重复对上面600种不同蛋白中的单个蛋白估计的概率了。
那么，这意味着什么呢？
如果连一个蛋白质都不可能偶然形成，那么大约100万个蛋白质偶然而适当地聚在一起，并且构成一个完整的人类细胞，其不可能性就高达数十亿倍。而且，细胞决不是由蛋白质堆组成的。除蛋白质以外，细胞还包括核酸、碳水化合物、类脂、维生素及许多别的化学成分，如在结构和功能方面按一定比例，和谐、精巧安排的电解液。每个蛋白在各种各样的细胞器里起着楼房单元或共同分子的作用。许多学者从概率上证明了现代进化论的错误。在贝希的《达尔文的黑匣子》（Darwin’s Black Box）一书中，他从生命结构的复杂精密性否定了进化的可能。作者根据突变机率计算进化产生新物种的概率：P＝（M·C·L·B·S）N，得出这一结果：P＝（10-3×10-2×10-1×10-3×10-2）10=10-110。按照一年繁殖10代，种群个体数为1000，相应的进化所需要的时间极为宽松的计算也需要10106年。目前科学认为，宇宙中所有基本粒子总数只有1070个，宇宙年龄只有200亿（2×1010年），进化一个新物种的时间，是宇宙年龄的自乘10亿次，足见进化是不可能的。
蛋白质是生物最重要的元素。它们不仅联合起来组成活细胞，而且在身体的化学变化中起着关键作用。从蛋白合成到荷尔蒙通讯，会看到活跃的蛋白质。
贝希的《达尔文的黑匣子》一书，掀起一场学术上的争论——生化理论对进化论的挑战。
贝希认为，“黑匣子是一个古怪的术语，指某些有一定功能的机器，但它内部的运作不明——或许看不见，或许它的机制根本无法理解”。如前所述，对达尔文时代的人来说，细胞就是一个黑匣子：因为当时没有适当的仪器和手段来探索其中的奥秘。那时的很多科学家都认为细胞结构很简单，只不过是一小团胶质而已。如今在细胞内的微观世界中找到很多生化的系统，包括血液凝结的链锁反应、细胞浆中的运输系统、免疫反应及人体和细菌的鞭毛等非常复杂的分子机器。它们都是由多种配件合成，缺一不可，并且必须同时到位组装起来才成为有功能的整体，不可能从每一部零件各自渐渐进化出来，然后逐一加添上去。
贝希由此认为，细胞机器就像人设计的机器，都具有一种“复杂又不能简化”（Irreducible Complexity）的特征，这是达尔文式的渐进论所不能解释的。贝希和一些科学家进一步推论，生命不可能偶然产生，更不可能是缓慢进化发展到现在的，生命应该是智慧设计的结果。
何谓“智慧设计”？持这种观点的人认为，动植物如此复杂和精妙的结构不可能是自然演进的结果，而是某种高智能设计师的杰作。智慧设计论支持者称，达尔文的自然选择论无法回答生命如何起源的问题，也不能完全解释在过去6亿年的过程中，地球物种如此纷繁多样的原因，因此必定有外界智慧起了引导作用。
科学家们认为智能设计并不反对进化本身、不反对物种内的进化或演变，但是反对全盘以达尔文进化论来解释所有物种的形成。
达尔文在《物种起源》中写道：“自然选择只有通过微小连续的变异来发挥作用。它不会发生巨大和突然的飞跃，但必须通过微小而可靠的，虽然是缓慢的步骤进行。”自然选择这个过程确有其事，并且能解释一些有限的变异和小规模的变化。但是它并不像达尔文所希望的那样，能够解释生命真正的复杂性：一方面是鸟嘴，一方面是鸟的本身，鸟嘴结构的微小变化，并不能解释这种生物的来源。这是两个不同层面的问题。
智能设计论其中一个主要概念是特定复杂性（Specified Complexity）。
以下的范氏图（Venn Diagram）能够帮助我们理解特定复杂性这一概念。当一件对象或事件是有着“复杂性”（Complexity，最少需要500位的数据去组成）而同时具有特定性（Specification，具有功能或符合特定型态的格式），它就可被称为具有特定复杂性。而智能设计论指出：只有智慧才可以引致具有复杂性和特定性的对象，只有智能才可引致具有特定复杂性对象的出现。
我们可以分辨有些对象具备复杂性但没有特定性，像很多天然的山坡；亦有些对象是具有特定性而没有复杂性的，如一双筷子。
不可简化的复杂性（Irreducible Complexity）这个词是由贝希在描述分子机器的时候提出来的。它的意思是说，在任何已知的机体或细胞系统中都有许多组成的部件，其中有些部件是它的功能所必须的，就是说，如果你去掉一个部件，系统就会失去功能。他在《达尔文的黑盒子》中曾指出，这个系统是不能用达尔文的天择或自然选择理论来解释的。
不可简化的复杂性的想法，可用一个非生物机器捕鼠器来加以说明。这种捕鼠器是由5个基本部件组成的：一个挂诱饵的钩子、一个强有力的弹簧、一个被称为锤子的细而弯的杆、一个用以固定锤子的固定棒、一个固定整个系统的平台，如果其中任何一个部件缺失或有缺陷，这个机械装置将不能工作。在这个不可简化的复杂系统里，所有部件必须同时存在才能发挥正常的功能——捕捉老鼠。
而细菌鞭毛推进器就是一个这样的系统。它是一个奇妙的微型机械摩打，用来推动细菌在水中运行，令它们更有效率地找寻食物。细菌鞭毛就像一般机器一样，需要各个错综复杂的零件，互相紧扣才可以运作；缺少任何一个零件，整台机器便失去它的功能；所以它是一个具有不可简化的复杂性的系统。
捕鼠器。
左图:细菌鞭毛。在某些菌体上附有细长并呈波状弯曲的丝状物，少则1—2根，多则可达数百根。这些丝状物称为鞭毛，是细菌的运动器官。
右图(a、b)：细菌鞭毛推进器工作原理图。它像一个奇妙的微型机械摩打。
贝希说：“这个系统是由40种不同的蛋白分子组成的，这些成份是必须的，如果缺少任何部件，鞭毛推进器就不能工作，如果缺少镰刀型的钩或者缺少传动轴等等，整个系统就不能在细胞里面组成了。”从进化论的角度来说，你必须解释怎么才能逐步建造这样的系统。这个系统只有在所有部件都组装好之后才能有功能。
它违背了天择理论。根据达尔文的学说，即使很复杂的生物结构，比如眼睛、耳朵和心脏，都可以随着时间以较小的步骤累积而逐渐地形成。然而，正如达尔文所阐述的随机遗传变异，只有有利于进化中的有机体生存的时候，自然选择才可以成功。
让我们想象一下这样的情景，在地球早期的历史时代里，一个进化中的细菌以某种方式发育出一条尾巴，也许还能固定在细胞壁上，然而由于缺少一个完整的发动机组，这个创新并不能给细胞带来任何优势，相反，拖着这个尾巴，既不能动也没有用，因此不会被自然选择所保留。自然选择只会选择那些有利于生存的变化。
自然选择的逻辑是很严格的，除非鞭毛系统组装完成而且能够发挥作用，否则自然选择无法保留鞭毛系统，因此它不能够传给下一代。鞭毛能够入选的唯一办法是要它发挥作用，这意味着发动机组的全部部件必须最初就要到位。所以自然选择不会给你鞭毛，只有当鞭毛已经存在并能运作，自然选择才起作用。
达尔文式的理论在怎样创造复杂的分子机器上仍然没有作出解释。生命的奥秘我们只是窥探了一二，生命神秘的面纱，究竟何时才能揭开？
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