【摘要】：根据蛋白质组成成分，可分成单纯蛋白质和结合蛋白质。绝大多数辅基是通过共价键与蛋白质部分相连。免疫球蛋白是一类糖蛋白，作为辅基的数支寡糖链通过共价键与蛋白质部分连接。蛋白质还可根据其形状分为纤维状蛋白质和球状蛋白质两大类。纤维状蛋白质分子长轴的长度比短轴长10倍以上。人们通过对蛋白质家族成员的比较，可得到许多物种进化的重要证据。
根据蛋白质组成成分，可分成单纯蛋白质和结合蛋白质。前者只含氨基酸；后者还含有非氨基酸组分，称为辅基（prothetic group），为蛋白质的生物学活性或代谢所依赖（表1－2）。绝大多数辅基是通过共价键与蛋白质部分相连。常见的辅基有色素、寡糖、脂质、磷酸、金属离子甚至分子量较大的核酸。细胞色素C是含有色素的结合蛋白质，其铁卟啉环上的乙烯基侧链与蛋白质部分的半胱氨酸残基以硫醚键相连，铁卟啉中的铁离子是细胞色素C的重要功能位点。免疫球蛋白是一类糖蛋白，作为辅基的数支寡糖链通过共价键与蛋白质部分连接。
表1－2 结合蛋白质及其辅基
蛋白质还可根据其形状分为纤维状蛋白质和球状蛋白质两大类。纤维状蛋白质分子长轴的长度比短轴长10倍以上。纤维状蛋白质多数为结构蛋白质，较难溶于水，作为细胞坚实的支架或连接各细胞、组织和器官，如胶原蛋白、弹性蛋白、角蛋白等。球状蛋白质的形状近似于球形或椭球形，多数可溶于水，许多具有生理学功能的蛋白质如酶、转运蛋白、蛋白质类激素、代谢调节蛋白质、基因表达调节蛋白质及免疫球蛋白等都属于球状蛋白质。
随着蛋白质结构与功能研究的不断深入，发现体内氨基酸序列相似且空间结构与功能也十分相近的蛋白质有若干，即产生了“蛋白质家族（protein family）”新的分类概念。人们通过对蛋白质家族成员的比较，可得到许多物种进化的重要证据。在体内还发现2个或2个以上的蛋白质家族之间，氨基酸序列相似性并不高，但含有发挥相似作用的同一模体或结构域等结构，通常将这些蛋白质家族归类为超家族（superfamily），如锌指结构蛋白质、PDZ结构域蛋白质等。
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