自从与玻尔散步谈话以后，海森伯有了一个强烈的愿望：到哥本哈根去。那儿有一大群从世界各地来的物理学家，个个精明、能干、年轻和朝气蓬勃，他们正在玻尔教授的引导下，对原子物理学里激动人心的问题进行研究。那里是原子理论研究的一座灯塔！到那儿去，海森伯可以投入到紧张而有成效的研究中去。可惜他暂时不能去，他的学习还没有结束，他必须先在慕尼黑大学拿到博士学位。
索末菲虽然很喜欢他的这位高足，但他总觉得海森伯缺乏系统知识的训练。海森伯只喜欢学习他所喜欢的课程，尤其是原子物理的理论问题。索末菲认为这样不好，就对海森伯说：“你不能只研究原子物理，你还应该加强基础训练，否则以后要吃亏！你的博士论文题目我选好了，是关于水流中的涡旋问题。”
另外，由于维恩教授对海森伯一直很恼火，因此索末菲又说：“维恩教授对你有些看法，你要选修中级物理实验这门课。今后你对实验要认真一点，否则会遇到麻烦的。”
海森伯忧郁地说：“他大概不会给我及格分的。”
索末菲为了鼓励海森伯，说：“不能说死了，关键是你要改变一下态度，不能再对别人说做实验是浪费时间。”
当时的规定是：物理考试既要考理论，也要考实验，两方面合起来算一个成绩。理论考试由索末菲负责，当第一考试人；实验则由维恩负责，当第二考试人。如果维恩不给海森伯及格，海森伯就要倒霉，不能毕业！没办法，海森伯只好到中级物理实验室去，按维恩的要求做实验。可是，他怎么也做不好，也提不起精神。过了不久，他又在实验室里偷偷研究起理论物理，把实验撂在一边。
1923年7月23日，博士考试的日子终于来临了，海森伯心情十分紧张。维恩教授的这一关，恐怕凶多吉少。考试开始，维恩问了一个很容易的光学中的分辨率问题，但海森伯没有回答出来。维恩有些恼火了：“这么一个简单而重要的问题，你都回答不出来，恐怕我们真是在‘浪费时间’吧？”
维恩特别把“浪费时间”几个字说得重重的，那意思海森伯当然心领神会。
“我不想为难你，”维恩又说，“我再问你一个最简单的问题，铅板蓄电池是怎么工作的？”
这个问题的确够简单的，恐怕汽车司机都可以回答。可是真要命，海森伯从来没有关心过这类简单的问题，还是回答不出来。
维恩教授板着脸，气呼呼地说：“好了，我的问题问完了。”
海森伯出了考场，见了任何人都不搭腔，一脸晦气，心想：“完了！博士帽戴不成了。”
幸亏他的理论文章写得好极了，索末菲颇为得意地对人说：“这篇论文难度很高，只有海森伯可以做出来。”
维恩的意见完全相反，他根本不同意让海森伯毕业。但索末菲自有办法，他终于说服了维恩，让他高抬贵手，给了一个最低的及格分数。好险呀，差一点不能得到博士学位！海森伯终于毕业了。
1923年10月，海森伯来到哥廷根，被玻恩私人出资聘为助教。
1924年3月15日—17日，他迫不及待地到哥本哈根去会见玻尔。此后，海森伯多次来往于哥廷根和哥本哈根之间。
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