各种数据库和网络资源

2.5.1 核苷酸序列数据库

目前世界上最大的核苷酸序列数据库是美国的Gen Bank、欧洲的EMBL（Eu-ropean Molecular Biology Laboratory）和日本的DDBJ（DNAData Bankof Japan）三家组成的网络数据库。

Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）建立和维护的。EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所（EBI）维护的核酸序列数据构成，Genbank每天都会与EMBL数据库和DDBJ数据库交换数据，使这三个数据库的数据同步。

2003年年底，Gen Bank收录了6万多个物种，3000多万条纪录，超过400亿碱基的记录，每隔大约10个月数据就翻番。Nucleic Acids Research每年的第一期为数据库专刊，不难看出数据库对于生物医学领域应用的重要性。

Gen Bank：http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/。

EMBL：http：//www.ebi.ac.uk/embl.html。

DDBJ：http：//www.ddbj.nig.ac.jp。

2.5.2 蛋白质序列和结构数据库

（1）Swiss-Prot蛋白序列数据库和Tr EMBL，SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由瑞士生物信息学研究所维护。

Swiss-Prot：http：//www.ebi.ac.uk/swissprot/。

Tr EMBL：http：//www.expasy.org/sprot/。

（2）国际蛋白质序列数据库（PSD）是由蛋白质信息资源（Protein Information Resource，PIR）、慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）共同维护的最大的公共蛋白质序列数据库。

PSD和PIR：http：//www.pir.georgetown.edu。

（3）蛋白质三维结构数据库（Protein Data Bank，PDB）是美国Brookhaven国家实验室建立的国际上重要的生物大分子结构数据库。

PDB：http：//www.pdb.org。

（4）蛋白质结构分类数据库（Structural Classificationof Proteins，SCOP）详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。将蛋白质分为Root（根）、Class（类）、Fold（折叠）、Superfamily（超家族）、Family（家族）、Protein（蛋白）、Species（种）7个层次。

SCOP：http：//scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

（5）PROSITE数据库收集了对生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式信息，并能根据这些位点和模式快速、可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。

PROSITE：http：//www.expasy.ch/prosite/。

2.5.3 基因组数据库

（1）NCBI的基因组数据库GDB：http：//www.gdb.org。

（2）鼠基因组数据库MGD：http：//www.informatics.jax.org/。

（3）酵母基因组数据库SGD：http：//genome-www.stanford.edu/Saccharo-myces/。

（4）基因组注释系统Ensembl：http：//www.ensembl.org/。

2.5.4 药物分子数据库

（1）药物分子数据库Drugbank：http：//www.drugbank.ca/downloads/。

（2）美国国家医学图书馆化学身份证（CHEMIDPLUS）数据库：http：//chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/。

（3）美国国家癌症研究所（NCI）抗癌药药物词典：http：//www.cancer.gov/dictionary/。

（4）药物合成数据库（drugsynthesisdatabase）：http：//www.drugfuture. com。