正如同人类向太空进军时必须建立基地一样，外星人来地球时，也要设置自己的基地。
基地可以是临时性的，也可以是永久性的；可以是陆上的，可以是水下的，也可以是空中的。
最典型的陆上飞碟基地，是美国境内新墨西哥州和科罗拉多州交界处的阿拉达山区。根据日本飞碟研究专家矢追纯一在《外星人的秘密》一书中披露，早在50年代，美国政府就制定了一个与外星人合作的绝密计划——宝瓶座计划。在这个计划的附加条件中有这么一段话：
“到1959年，美利坚合众国根据这一计划成功地与外星人建立了良好的基本性联系。到1964年4月25日，美空军情报官在预定的新墨西哥州沙漠上，正式会见了两个外星人，会见时间约有3小时。”
会见之后，外星人在霍罗曼军事基地留下了名叫克利尔（KRILL）的大使，与代表美国政府的MJ-12签署了秘密协议。秘密协议的内容据知情者利亚透露：“首先是分享他们具有的非常先进的科学技术。但是，作为交换必须同意三个条件：第一、目前飞碟和外星人的事，必须向一般大众保密。第二、被称作‘残害牛事件’的牛活体实验，实际上是外星人干的，也要隐瞒。第三，为了进行遗传因子调查研究，外星人将抓走一定数量的人，在飞碟上进行实验，此事也要予以默认。”
UFO在月球上的基地是这样的吗？
根据这秘密协议，外星人在阿尔奇拉达山区建立了基地。之所以自60年代以来，美国的飞碟事件特别多，原因也即为此。
巴西也有个飞碟基地。有个业余考古学家在塞拉多萨卡道尔地区原始森林中，经30多年考察，发现一块开凿出来的几公顷大的石头平台。在平台所在的深幽峡谷中，经常有圆盘似的飞碟盘旋，且看到过身高两米多的白色人。这些白色人像神话中的仙人一样会突然隐没，只留歌声。他还率领28名志愿者考察了山谷中的直径达3米、深不知底的隧道。在这些隧道中，有一股异香，越往里走越浓，使人产生失重感，进入了几百米，连脚都抬不起，只好爬出。更为奇怪的是，他三次撰写关于这方面的书稿，三次不翼而飞。由此他得出结论，这里有一个秘密的飞碟基地。
英国柴郡维伏河畔的“魔鬼花园”，俄国的彼尔姆，及中国的神农架，飞碟时常出没，据推测，这些地区应当是外星人的临时基地。巴西的纳斯卡平原，被一些人认为，则是外星人废弃的基地，而那些只有在空中才能看清楚的巨大地画，是飞碟着陆的导航图。
水下的飞碟基地，跟陆上的同样多。
空中的外星人航空基地，目前所发现的还不多。自60年代到80年代，法国和前苏联的天文学家先后探测到了一颗奇怪的近地卫星，命名为“黑色骑士”。它跟所有人造卫星不同，逆地球自转方向飞行。法国的亚历山大·洛吉埃在《UFO初探》中指出，“种种迹象表明，在离地球约40万公里的轨道上运行着一个UFO轨道基地。”
1983年美国的红外线天文卫星在北部天空扫描时，发现在猎户座方向有一个轨道不变的神秘新天体。有人认为，这是从宇宙深处飞来的UFO基地。
土卫六是天文学界较为公认的飞碟基地。前苏联著名天体物理学家塞尔基·波斯希日说：“我相信，来自另一个星球的人类已选土卫六作为太空站……这种令人难以置信的追踪工作，是使用新式高度精密的追踪设备进行的，它们分布在苏联境内和南极洲。苏联的太空卫星参与了这项工作。这些不明飞行物被查明是飞往土星的。我们曾在彼得罗托沃茨克上空发现了94起，皮耶迪科斯克上空发现了18起，尼舒尔·塔吉尔上空发现了23起，爱沙尼亚上空发现了44起，基辅上空发现了36起。”
他又说，“我们得到了他们来自土卫六的证据。我们断定它们离开地球的大气层时，是利用强大的垂直冲力起飞的，然后便沿着最短的抛物线轨道，笔直朝土卫六飞去。有一次，我们的电脑追踪仪证实，这些太空船选择了最短的航线飞向土卫六。这些不明飞行物的速度远远超过了地球上的任何宇宙飞船的速度。这些外星人只需几天时间就可以飞完地球与土卫六之间遥远的航程。”
然而，为什么外星人要选择土卫六作为太空站呢？美国核子物理学家斯坦顿·弗里德曼解释道：“土卫六是太空往来的外星人特别感兴趣的地方，因为该地早已有了许多可供太空飞行的燃料。这些燃料，包括同位素氢、氦，外星人可以用它们作飞向地球的燃料。”
除此之外，美国工程物理学家蒙蒂斯揭示指出，土卫六“是一个把我们太阳系视为一个整体来研究的理想之地。”
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