1795年，59岁的瓦特宣告退出了工厂，他的儿子詹姆斯和博尔顿的儿子罗宾逊继续共同经营这个庞大的事业，并由默多克担任两个年轻人的事业顾问。
瓦特一辈子的兴趣就是发明，即使到了晚年，他依然努力地继续从事发明。晚年的瓦特，一改从前的沉默害羞，变得很喜欢社交。有时候，他出席有关的俱乐部，还会用带着他那浓重的苏格兰乡下口音说上一些笑话，让气氛变得极为轻松热闹。他还加入了当时英国由科学家成立的最为著名的协会——圆月学社，并发现了用氯作为漂白的方法，这就是日后“漂白粉”的前身。
1800年，瓦特的蒸汽机专利权的期限一到，他们就不能再像以往那样收到蒸汽机的使用费了，所以他们打算提高蒸汽机的质量和效率，增加设备，制造出更优秀的蒸汽机，和其他的蒸汽机业者竞争。于是，瓦特和博尔顿便开始着手建设新的工厂。
新工厂位于连接伯明翰和瓦尔巴·汗普顿运河的一个交通要地，运输十分便利，离塞荷制造厂只有几千米远。
瓦特的发明给伯明翰带来了迅速的发展，而他的家——一座古老的寓所已经陷于郊区建筑物的包围之中。逐渐老去的瓦特已经很不习惯这样热闹的地方，他向往清净和安详。
于是，他便搬到了希思菲尔德修建的那所新居。这里的房子是1790年由赛缪斯·怀亚特设计的。房子周围40多英亩的荒地都是他特地买下来的，他在那里栽了一些树，还盖起了门房和温室，还有一个围墙的菜园。如今，这些树都长成了大树。曾经是荒凉的地方，如今成为美丽的田园风景，让人心旷神怡。
这段日子，是瓦特一生中最幸福的时光。但是平静的晚年中，使他始料不及的是他一连失去一双儿女。1794年，瓦特15岁的女儿珍妮特死于肺结核。1804年的10月，珍妮特的哥哥格雷戈里也因感染肺结核病逝，年仅27岁。
痛失亲人的悲伤，一直吞噬着晚年的瓦特。为了排解内心的痛苦，瓦特便埋头于新的发明中，这个新发明是专门为了治疗肺病而设计的一种吸入气体的装置。
在希思菲尔德修建的寓所里，瓦特一直都没有放下他的发明研究。在厨房侧厅的顶层，是一个由一道窄楼梯通上去的低屋顶阁楼，这个阁楼成了他的工作间。
一架复制雕像的机械消磨了瓦特悠长的晚年岁月。那是他在巴黎时所发现的东西，法国人称为赏牌旋盘，英国人称为肖像旋盘。一回到英国，瓦特马上着手完成这个工作。雕像复制机的发明就是在阁楼上进行的。
1807年，瓦特完成了雕像复制机的制造。以前的复制机，只是可以复制同样大小的机械。而瓦特发明的这个，却是可以任意缩小，而复制出更为完全的形象出来。
为了用自己发明的雕像复制机来复制实物的肖像，瓦特还从有名的雕刻家那里借来了亚里士多德、苏格拉底等的肖像。瓦特如痴如醉地钻研着肖像的复印，有时候，他甚至把自己关在阁楼里整整40个小时。
1809年8月19日，81岁的博尔顿离开了人世。听到博尔顿去世的噩耗后，瓦特立刻写了一封哀悼信，他在信中写道：“具有他那种才能者为数不多，而像他那样发挥自己才能的人更是很少。像他那种对人豁达大度和满腔热情的品质的人，是很难找出第二个来的。”
晚年的瓦特获得了许多荣誉。他曾在1784年当选为爱丁堡皇家学会会员。1785年，当选为英国皇家学会会员。1806年，格拉斯哥大学授予他法学博士荣誉学位。1814年，被法国科学院接纳为8名外籍会员之一。
财富给瓦特带来的是更加平静的心境，而荣誉对他来说，只是带来了尊严。当蒸汽机正在影响改变着人们的生活时，这样的荣誉和财富是他应该得到的。在这位让人肃然起敬的老人身上，我们再也找不到他的怯懦和忧郁，相反的，他的头脑却更加敏锐和充满活力。
1819年8月19日，83岁的瓦特被疾病所困，在希思菲尔德郡的家里去世，遗体埋葬在汉德沃尔斯郊区的教堂里。
瓦特为蒸汽机的发明及推广使用作出了不可磨灭的贡献，有力地推动了社会的前进。恩格斯在《自然辩证法》中这样写道：“蒸汽机是第一个真正国际性的发明……瓦特给它加上了一个分离的冷凝器，这就使蒸汽机在原则上达到了现在的水平。”
后人为了纪念这位伟大的发明家，把功率的单位定为“瓦特”。
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