1794年，法国“共和历”热月9日这一天，雅各宾派的反对派突然发动政变，逮捕了罗伯斯庇尔及其弟奥古斯丁等一些雅各宾领袖。第二天未经审判，便将这些雅各宾派领袖处死。维护大资产阶级的热月党人掌握了政权。拿破仑由于和罗伯斯庇尔兄弟关系紧密而被捕，后经审讯，无罪释放。
拿破仑虽未被送上断头台，但他顺利的前程却因此中断了。拿破仑出狱后，当权者仍以不信任的眼光看着他，他的抱负得不到施展，心情非常压抑。
1795年5月，拿破仑来到巴黎，希望获得新的任命。救国委员会命他去旺代镇压叛乱，但不是作为炮兵指挥，而是担任步兵指挥，拿破仑愤怒地拒绝了，他认为把他从炮兵调到步兵是对他的侮辱。他同救国委员会里负责军事的人大吵了一场，救国委员会因此免去了他少将、炮兵旅长的职衔。
拿破仑又开始了穷困潦倒、无所事事的生活。他心情沉闷地在巴黎度过了1794年的冬天和1795年艰难的春天。
没多久，法国错综复杂的政治斗争又一次把拿破仑推上了巴黎政治舞台，让他扮演了一个极为重要的角色。
热月党人战胜了雅各宾之后，解散了巴黎公社和各地的革命委员会，新兴资产阶级投机倒把的活动空前地猖獗起来。国民公会派军队对饥饿的群众进行了血腥镇压，把许多人送上了断头台。
这时，保王党人认为波旁王朝复辟的机会来了，他们发动叛乱，实行白色恐怖，并拥立路易十六的弟弟普罗旺斯伯爵为路易十八。热月党国民公会派奥什将军前去镇压，击溃了叛乱队伍，并将被俘的750名叛乱者全部处死。
1795年8月，热月党人通过了一部宪法。新宪法引起了广泛的不满，保王党分子趁机又活跃起来，9月下旬，法国中部地区开始出现了动乱。在巴黎，保王党分子组织了一个中央委员会，他们决定在10月5日（即葡月13日）举行暴动。热月7月12日，大部分地区落入暴动者之手。暴乱分子在巴黎已达到约4万人，而忠于国民公会的兵力却只有5000人左右，热月党人的倒行逆施使得国民公会失去了群众的支持，热月党人的统治岌岌可危。
这天夜里，热月党的国民公会决定任命巴拉斯为巴黎武装部队司令。巴拉斯曾参与围攻土伦，是热月政变的一个策划者。巴拉斯想起了曾几次找他帮忙的拿破仑，并命人将拿破仑找来平息叛乱。
这时，巴黎的情形十分危急。巴黎的大部分地区失去控制，陷于叛乱队伍的包围之中，拿破仑迅速地重新部署了国民公会的防卫。作为一名出色的炮兵，拿破仑首先想了如何使用大炮，他计划使用炮火猛攻叛乱队伍。
装备良好的叛军已经控制了巴黎的主要街道，拿破仑用大炮进行猛烈轰击，使得叛军措手不及，很快就溃散了，战斗只持续了一个多小时便结束了。第二天早上，叛军总部宣布投降，热月党的国民公会得救了。
巴拉斯和其他领导人非常钦佩拿破仑的勇敢果断。因为在拿破仑看来，既然要打仗，那就不管付出多大代价，即使血流成河，也要争取到胜利。此后的拿破仑，一直毫无例外地遵循着这个原则。在战斗中毫不留情，这也是拿破仑的一大特点。他曾经这样说自己：“我是两个不同的人：有头脑的人和有良心的人，不要以为我没有像别人那样的多情善感的心，我是相当善良的人。但是，我从少年时代起，就尽力使这条心弦静止下来，以至现在它不发出一点声响。”
热月党的国民工会得救了，穷困潦倒的拿破仑一夜之间成为军界和政界无人不晓的大人物。他荣升为陆军中将兼巴黎卫戍司令，搬进了旺多姆广场旁的高级旅馆，成了巴黎上层社会的人物。
在巴黎沙龙里，拿破仑受到豪富和显贵的热情欢迎，他爱上了一个名叫约瑟芬·德·博阿尔内的寡妇，一时沉浸在甜蜜的爱情中。
然而，拿破仑并不满足于巴黎的豪华生活，更不甘愿做一个驯服的助手，他想要施展自己的军事才能，他想要成为伟大的统帅，他想要轰轰烈烈地干一番大事业。
为了彻底打败欧洲的第一次反法联盟，完全解除外来的军事威胁，法国督政府决定展开积极的军事行动。1796年3月2日，26岁的拿破仑被任命为法兰西共和国意大利方面军总司令。3月9日，拿破仑和博阿尔内举行了婚礼。新婚后两天，即3月11日，拿破仑就与妻子告别，匆匆赶赴意大利军团上任。从此，拿破仑开始了独立作战的生涯。
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