在完成《查拉图斯特拉如是说》后，尼采仍然笔耕不辍。但他经常会感到孤独，尤其是看到那些成双成对的夫妇们的时候。再加上《查拉图斯特拉如是说》发表后，许多朋友与他疏远了，而《善与恶的超越》一书出版后，也只卖出了100多本，从而更加深了尼采的孤独。
之后，尼采又换了个地方，并开始创作《道德的谱系》一书。写完《道德的谱系》一书后，尼采又开始计划写一本《一切价值的重估》，他想以这本书对以前未表达的思想再作一点补充。
这个时期，尼采认为自己的哲学体系已经完全建立起来了，他自信自己必将在哲学史上占有一席之地。在给朋友的信中，尼采对自己做了如下评价：“我有一句话只能在咱们三个人中说，那就是人们将会理解我是这个时代最主要的哲学家，甚至可能还不至于此，我也许就是负着重大使命的一座沟通两千年历史的桥梁。”也正是在这个时候，尼采觉得一种比以前更为严重的孤独正向他席卷而来。
1888年的夏天，尼采感到自己的身体已因写作而被完全拖垮了。尼采忍着病痛，顽强地创作了《偶像的黄昏》。他把自己的全部精力投入到该书中，不到3个月时间，这本书就顺利完成了。《瞧！这个人》是在1888年11月完成的。之后，尼采开始整理《尼采对瓦格纳》一书，这本文集选收了尼采自己以前所写的有关瓦格纳的各种文章。尼采认为，通过编写这本文集，他彻底解决了有关瓦格纳的所有问题。
1889年1月3日，对于尼采来说是不幸的。这一天的早晨，尼采正在街上漫步，这时他看见一个马车夫正在残暴地抽打一匹马。尼采又哭又喊起来，他猛地扑上前去，抱住马的脖子，结果他被重重地摔倒在地上。房东费诺发现他后，把他送回房间，尼采在沙发上昏睡了两天两夜。醒来之后，尼采开始出现神经错乱的症状。
数日后，他的朋友奥维贝克赶来都灵，把他带回到柏林。尼采进入了生命的最后十年。他先是住在耶拿大学精神病院，后来母亲把他接到家中照料。母亲去世后，尼采就由妹妹照顾。在尼采的一生中，他的家庭始终是他温暖的避风港。1900年8月25日，这位生不逢时的思想大师与世长辞了，就像他自己在诗中说的那样：“银白的，轻捷地，像一条鱼，我的小舟驶向远方。”
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