1519年9月20日晨，在西班牙塞维利亚城的桑卢卡尔港，隆隆的炮声送走了人类有史以来最奇异的远航。
舰队中最大一艘船是载重量为120吨的“圣安东尼奥”号，麦哲伦将此船交给卡尔塔海纳指挥；而船长的旗舰则选中了“特立尼达”号，这艘船的载重量比“圣安东尼奥”号少10吨。其余的船只按大小排列是：载重量90吨的“康塞普逊”号由凯萨达担任船长；载重量85吨的“维多利亚”号由缅多萨指挥；载重量75吨的“圣地亚哥”号由茹安·谢兰指挥。麦哲伦坚持用各种不同类型的船只组成舰队，其中最小的船只可用作先遣侦察。不过这只舰队在茫茫大海上都要求航海技能很高的人员驾驶。265名船员怀着同样虔诚的心情注视着主宰着他们命运的麦哲伦。
起航后的第六天，舰队抵达加纳利群岛。在这里，5艘船只接受了最后一次检验，装载了最后一批粮食。不久，麦哲伦的岳父迪奥古·巴尔波查来信告诉女婿：他从可靠方面得知，西班牙船长秘密策划途中破坏誓言，反对麦哲伦。搞阴谋的头子就是卡尔塔海纳。麦哲伦没有理由怀疑这一警告的真实性，面对这种显而易见的危险，麦哲伦只有更加坚定沉着。他复函巴尔波查，自豪地回答说：“不论发生什么事情，他将誓死效忠国王。”
远航之中困难重重，在茫茫无际的大海上，5艘船保持队形并非易事，好在他们在出发前就征得西班牙王室的同意，制定了保持各船之间经常联系的特别制度，那就是在大洋上对他们起作用的仅是这样一道命令：跟随领队的旗舰“特立尼达”号成单纵队前进。
几天来，船员们都紧紧跟随着旗舰前进。然而他们沉默、矜持且难以接近的上将在到了应该去往巴西的航线上时，突然改变了航向，朝着大大偏南的方向驶去，沿着非洲海岸直至几内亚。至于什么原因迫使麦哲伦改变航行路线？我们不得而知，也许是因为他想在那里碰上信风，或许是为了躲避葡萄牙船只，因为当时谣传葡萄牙伊曼纽尔国王已派兵船去巴西截击麦哲伦的舰队。总之，在傍晚时分，当5位船长碰面时，卡尔塔海纳开门见山地问：“为什么违背原来指令改变航向？”
卡尔塔海纳就是由国王任命作为舰队督察的那个人，他是舰队里最大船只的船长，也是西班牙王国的官吏，按说由他来询问上将为什么会改变既定航向，也是合情合理的。但麦哲伦为了他的威信，没有做何解释。他们俩现在都有权拿国王的旨令做依据。麦哲伦依靠“他是舰队唯一的最高统帅”的协定，对卡尔塔海纳提的第一个问题粗鲁地回答说，大家都应该跟随他前进，谁也无权要求他解释。
麦哲伦的一意孤行，使得整个航行损失了两周的时间，卡尔塔海纳终于忍无可忍，他要让全舰队看看，麦哲伦不听劝告，不接受批评，他卡尔塔海纳并没把这个庸碌无能的航海家放在眼里。
当晚，卡尔塔海纳的“圣安东尼奥”号照常驶近“特立尼达”号做报告，听取麦哲伦当天的指示。但他第一次破例没有登上甲板，而是派了个水手长代表自己，借此向其他各船表示反对葡萄牙指挥官的独断专行。
这位西班牙骑士公开向葡萄牙人提出坚决挑战。其实麦哲伦已在准备反攻。但他考虑到在茫茫大海上不能贸然撤掉比旗舰还要大的船只的船长职务，所以必须忍耐，寻找合适的机会。
一次，由于一个水手犯了严重的道德败坏罪，麦哲伦破天荒地第一次将4位船长都请到自己船上来议事。卡尔塔海纳又借机问麦哲伦为什么改变航线的事情，麦哲伦立刻运用国王给予他的权力，抓住卡尔塔海纳的肩膀说了声“您已是我的俘虏了”，命令自己的卫兵逮捕了这个叛乱分子。
其他船长都被麦哲伦这一举动吓呆了。卡尔塔海纳此时虽然需要他们的帮助，但他们连抬眼瞧一瞧这个身材矮小体格健状的人的勇气都没有。后来有一名船长要求不要给卡尔塔海纳带镣铐，身边留个看守人。麦哲伦采纳了这一建议，事情就这样结束了。一小时后，“圣安东尼奥”号的指挥官已换成了另一个西班牙军官——安东尼奥·德·科卡。
11月29日，桅楼上传来了欢呼声：巴西海岸已经在望。他们不停地往前航行，舰队在12月30日经过11周航行驶入里约热内卢湾。按规定，麦哲伦不应当在那里靠岸。那时这个海湾已属葡萄牙管辖。但葡萄牙人尚未在这里设立海外商站，实际上还是块“无主的土地”。西班牙船只可以无所顾忌地来往航行，任意在这里抛锚停泊，还和当地的土著人进行实物交易。每当他们在海岸上举行庄严的宗教仪式时，土著居民就来到岸边，好奇地看到这些白人跪在矗立的十字架前合手祈祷，后来他们也随着这些白人跪倒在地，笃信宗教的西班牙人把这看成是土著居民在不知不觉中接受了基督的圣礼。
站在南美海岸，麦哲伦久久遥望着那没有尽头的蛮荒的海岸线，苦苦思索着那条神秘的海峡，他确信海峡就在南美的某个地方，他似乎听到了神秘海峡的召唤，于是他毫不犹豫地起航沿南美海岸南行。然而船队一连走了几个月，所到之处仍然是坚固的陆地，根本没有海峡的影子。而麦哲伦的固执简直不可理喻，他命令船队放慢速度贴着海岸航行，不放过任何一个海湾，并且对每一个海湾都要进行仔细勘测。1520年1月7日，探险队在一望无际的平原上看见了一座不高的小山（即蒙得维的亚山）。随之避开了猛烈的风暴，驶入一个辽阔无垠向西无限伸展的海湾。当时船上所有的人见到这大浪滔滔的水路之后，都一致断定他们发现了渴望已久的海峡。然而随着船队在海湾中的前进，发现海水变成了淡水，原来此处只是一个宽广的河口，这就是今天乌拉圭的拉普拉塔河的入海口。
2月24日舰队又驶进了辽阔无垠的圣马提阿斯湾，令他们失望的是这仍是一个封闭的海湾。此时的南半球与北半球的季节刚好相反，3月的南美洲已临近冬季，吼叫的寒风连同刺骨的大浪一起击打着舰船，海岸荒凉得不见一只野兽。舰队顶着恶劣的气候继续向南行驶，船员们几乎每天都同飓风搏斗，渐渐厌倦了在海上漂泊的日子，流露出不安的情绪，但麦哲伦对此依然不做声，依然按着他的计划命令舰队前行。到了3月底，船队在荒凉的海岸上又发现了一个海湾。麦哲伦一见，心中不免涌现出一丝希望，不知这海湾是不是直接通向大洋？然而现实仍旧让他失望了，这仍是一个封闭的海湾，一个不缺淡水和鱼的地方。
在这个南纬49度无人知晓的地方。船长命令在此抛锚，在圣胡立安海湾营扎寨准备过冬。大家为止惊讶，甚至感到这是一个令人恐惧的地方。而此时麦哲伦又做出一个大胆的决定：下令节约粮食储备。这使得紧张的气氛更加凝重，而这种气氛总有一天会演变成狂暴的叛乱。
麦哲伦决定采取友好态度改变这种局面，他正式邀请其他船长们同他一起做复活节的晨祷，然后请他们在旗舰上共进午餐。但这一邀请被贵族们彬彬有礼地谢绝了。除了他自己任命的一个船长外。其他三位船长用拒不赴宴的方式公开发起挑战，大声向他宣告：“弦已绷紧了！你要当心，要不然就改变主意！”
此时，埋伏在船队中的奸细认为时机已到，便四处煽动起来，说麦哲伦找这条海峡，就像哥伦布在大西洋里找中国和印度一样荒唐可笑。面对众多的反对声，麦哲伦坚定地回答：“我绝不会后退半步，除非我死了，我一定要找到通往大南海的海峡，到达香料群岛。”
一个漆黑的夜晚，一场叛乱开始了，麦哲伦方寸未乱，他凭着军人的果敢和机智迅速平定了叛乱。他将为首的叛乱分子或处死，或驱逐，但宽恕了参与叛乱的水手们。如此一番整治，船队里再没有谁反对他了。
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