严冬刚过，麦哲伦就派遣忠实可靠的谢兰船长所指挥的“圣地亚哥”号去侦察。船只去探查时遇难，没能按时返回。但从死里逃生的谢兰船长口中得知他们发现了圣克鲁斯河。那次他们损失了一艘最适于侦察用的快速船！
1520年8月24日，寒冷的冬季迫使舰队在圣胡利安湾停留了将近5个月。 整整一年的时光一事无成。舰队驶离圣胡利安湾时，所有人都默默无言，不知前方等待着他们的是什么。而麦哲伦也第一次给自己留了退路，第一次对自己的船长们承认他们寻找的这个海峡可能根本不存在，也许在南极水域。当时麦哲伦的处境恐怕是历史上最捉弄人、最令人难堪的了。
两天之后，舰队停在了谢兰船长发现的圣克鲁斯河口附近，他们又得在这儿进行两个月的修整。其实这一天麦哲伦已经到达了目的，但命运又跟他开了一个天大的玩笑。当麦哲伦在这漫长的两个月中苦苦思索着他是否能找到“海峡”的时候，那个使他名垂青史的海峡离他却只有2天的路程。
10月18日麦哲伦下令起锚。举行了隆重的弥撒，全体船员进过圣餐，然后扬帆起航向南驶去。不久，眼前出现了一个很深的海湾，麦哲伦下令“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号进入海湾深处进行勘察，并且需在5天内返回。旗舰和“维多利亚”号则留下勘查濒临大海的海湾，这是他为最后一次尝试尚能投下的最后一个赌注。
一个伟大而富于戏剧性的时刻到来了。5天过去了，两艘船一艘也没有回来。而且还一次又一次地放着礼炮，要知道他们平时把一小撮火药都视如珍宝。麦哲伦简直不敢相信自己的耳朵。这是在向他们报告胜利的消息。
麦哲伦命令他的两艘舰船向神秘莫测的海域挺进！他们沿着迂回曲折的水路，迅速前进！越来越多的迹象表明这是一条通往汪洋大海的航路。他们征服了一个个峡谷、一个个隘路，胜利就在眼前。
麦哲伦派出了一只小艇做初步侦察，要求在3天之内返回。果然在第3天，他派出的小艇按时返回。他们终于找到了海峡的出口，他们还亲眼看见了海峡连接的那个大海——“大南海”！
这一刻是麦哲伦一生中的最伟大的时刻，是最高兴的时刻，也是一个人一生中只能享受一次的时刻。一切都将如愿以偿，他实现了向国王许下的诺言，实现了无数前人梦寐以求的梦想：他找到了通向另一个前人不知的海洋的航路。由于发现海峡的那天恰好是万圣节，因此麦哲伦把海峡命名为“万圣海峡”。 后人为了纪念麦哲伦这次探航的功绩，把这条海峡命名为“麦哲伦海峡”。如果你打开世界地图，就可以在南美洲的南端，南纬52度的地方找到它？
不久，忠实的谢兰率领的“康塞普逊”号也回来了，但最大的那艘“圣安东尼奥”号却没有回来，关于“圣安东尼奥”号的消息他们无法得知，不知是遇难了还是发生了其他什么事情（其实是逃跑回国了）。麦哲伦在征得大家同意的情况下，于1520年11月22日，率领三艘舰船缓缓驶出沙丁鱼河口，数日后穿过了麦哲伦海峡，进入这个完全陌生的大洋！这是欧洲人从未涉足的地球上的另一个洋，也是最大最古老的洋。哥伦布升起西班牙国旗，向着大洋鸣礼炮致意。从这一天起，人类终于弄清了自己星球的模样，在这颗星球上，大洋都是相连的，陆地不能也不可能分割它们。
麦哲伦的船队驶入了一望无际、一无所知的大洋，海面上是那么的风平浪宁，麦哲伦于是亲切地将这片大南海称为“太平洋”。这便是太平洋名称的由来。
船队在这片大洋中航行了3个多月，数月以来船员们备尝艰辛，已经虚弱不堪。他们面临着饥饿和苦难的威胁，好几个月未见过酒、新鲜的肉和面包。他们一无地图，二无测量数据，在死一般的寂静中，在永远不变的单调生活中煎熬着，这对人是一种多么残酷的刑罚啊！在这漫长的航行中，粮食储备越来越少，处境十分困难。司务长每天发给船员的食物，早已像粪便一样臭气熏天。就连淡水，也由于日光的曝晒，早已在肮脏的皮囊和水桶里变了味。这些可怜的人为了润一润冒烟的嗓子，一天也就只能捏着鼻子喝一口。面包干早已变成灰色，其中蛆虫糜集，还掺杂着老鼠屎。为了辘辘饥肠，船员们甚至会把可憎的老鼠生吞下去。船员中患坏血病的人日益增加，很多人相继死去。
孤独的舰队在茫茫大海上漂泊了整整3个月零20天，船员们受尽了人们难以想象的一切苦难，包括人间最可怕的痛苦：绝望的痛苦。
1521年3月6日，桅楼上又发出了欢呼声：“陆地！陆地！”这是3个多月来他们首次见到陆地。船队在马里亚纳群岛中的关岛首次登陆，100多天以来第一次弄到了新鲜食品。3月9日，船队继续起航，向西南方向进发。最后在今菲律宾群岛的马萨瓦登陆，面对岸上聚集的大量土著人，麦哲伦命令自己的马来亚奴仆亨利先上岸去打探一下情况，亨利走到土人中间，这是海洋探险史上最激动人心的时刻：亨利竟然听懂了岛民们的话语，那是他本民族的语言，这些土人都是他的同胞，亨利扬起头，泪水在他的面颊上流淌，从多年前离开苏门答腊，跟随麦哲伦从印度到欧洲，从大西洋到太平洋，他整整绕了地球一周，终于又回到了家乡。
4月7日，舰队驶进宿务岛。外交事宜办妥之后，开始了正式的礼仪往来和商品交换。在此期间，麦哲伦始终试图通过和平途径促使这些地区归属西班牙。4月17日这一天，在刚刚劝服宿务岛酋长皈依天主教后麦哲伦踌躇满志地登上不远处的麦克坦岛，希望同样能说服此处的土著。但岛上的土王西拉布拉布早就对宿务岛的统治者不服，麦哲伦本不想真正使用武力，希望和那个土王讲和，但是土王不服，最后麦哲伦只有付诸武力。
4月27日，在准备一个小小的军事行动的过程中，麦哲伦有生以来第一次忽略了他自己最大的特点:谨慎细致和深谋远虑。一次轻率的冒险活动，使这位上将丢掉了性命。船员们看着岛上的土著居民将他们的上将打倒在地，并用长矛刺向他的心脏，就这样杀死了他们的心中的明镜，他们的光明，他们的安慰，他们的首领。
这位历史上最伟大的航海家，在自己最荣耀的时刻，在同一群赤身裸体的岛民的小冲突中，毫无意义地牺牲了。而且最后也无人知道麦哲伦的遗体是怎样被处理的。这个探索出茫茫大洋最后一个秘密的人的踪迹，就这样神秘地湮没无闻了。
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