1990年2月27日，中国吸烟与健康协会正式成立。吴阶平副委员长任首届协会会长，卫生部副部长曹荣桂兼任第二届协会会长。协会成立以后，在组织建设、学术研究、控烟健康教育活动和对外交流等多个领域中取得重大进展。协会下设办公室、组织宣传部、学术联络部、青少年控烟工作部；成立了中国控烟保健品专业委员会和青少年控烟专业委员会，出版《中国吸烟与健康通讯》。
1990年－2000年，全国有31个省、自治区、直辖市、计划单列市先后建立了吸烟与健康协会，许多市（县、区）也建立了相应的组织。
2000年12月，中国吸烟与健康协会主办的《中国吸烟与健康通讯》10年来共印发40期，为国内外互通信息、交流控烟工作经验、指导各地开展控烟健康教育工作，发挥了积极作用。此外，该协会还编印了《保持不吸烟者免受烟害》《吸烟有害健康》《世界各国控烟立法》和《中国控制吸烟有关法规汇编》等宣传教育资料。
为进一步加强我国的烟草危害控制工作，遏制烟草流行所造成的健康和经济损害，保障人民群众身体健康，促进国民经济和社会发展，卫生部于2002年成立国家控烟办公室（National Tobacco Control Office），挂靠在中国CDC慢性非传染性疾病预防控制中心。它是卫生部领导下的国家级烟草危害控制专业机构，是烟草危害控制的全国业务技术指导中心。
2002年11月28日，中国吸烟与健康协会青少年控烟专业委员会、医院控烟专业委员会，经民政部批准正式成立。
2003年8月18日，中国吸烟与健康协会媒体与演艺界专业委员会，经民政部批准登记成立。
为了积极有效地履行《烟草控制框架公约》，2007年4月，国务院批准成立由发改委、卫生部、外交部、财政部、海关总署、工商总局、质检总局和烟草局等8个部门组成《烟草控制框架公约》履约工作部际协调领导小组，负责协调全国的控烟履约工作。
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