低分子肝素使用固定剂量预防血栓形成，或根据总体重确定剂量发挥治疗作用，通常不需要实验室监测。不过，临床试验不包括肾功能衰竭和严重肥胖的特殊人群，在这类人群中，应监测。已经有一些实验室方法用于监测，如测定抗Xa因子活性和更全面的检测，例如Heptest。色谱法检测抗Xa活性是最常用的，美国病理学会推荐使用该方法。
抗Xa因子水平和临床效果的关系还不清楚。抗Xa因子水平与血栓进展和血栓症的发展负性相关，但最低有效水平未知。1项关于静脉滴注达肝素的研究表明，当稳态抗Xa因子水平＞0．8U／ml，出血的危险增加。不过，其他关于使用常规剂量低分子肝素皮下注射的研究并未发现抗Xa因子水平和出血的相关性。1项达肝素治疗静脉血栓栓塞的随机对照研究比较监测和未监测情况下的疗效，显示监测治疗并未增加益处。因此，不需要常规监测抗Xa因子水平。对特定人群（例如肥胖或肾功能衰竭）应监测抗Xa因子水平，因为使用根据体重确定剂量的低分子肝素时，容易过量。
皮下注射根据体重确定剂量的低分子肝素后，抗Xa因子水平在4h达高峰，这是推荐的监测时间。由于药动学的不同，给相同的抗Xa因子剂量，不同的低分子肝素达到抗Xa因子水平高峰的时间不同。对于依诺肝素和那曲肝素每日2次给药治疗静脉血栓栓塞，其保守的治疗范围为0．6～1．0U／ml。为了避免出血的增加，如果对严重肥胖或肾功能损害的患者，合适的剂量有疑问，应避免＞1．0U／ml。对于日一次给药的低分子肝素，其抗Xa因子水平峰值未知，但对依诺肝素，可能＞1．0U／ml。对静脉血栓栓塞的患者，在给药后4h测得的平均目标抗Ⅹa水平一日一次的亭扎肝素剂量为0．85U／ml，那曲肝素为1．3U／ml，达肝素为1．05U／ml。
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