20世纪90年代中期以前，已经有研究者开始关注秘书学的学科体系问题。80年代后期至90年代初，廖雄军提出了对秘书科学三个分支学科体系的构想[48]，董少非提出了秘书学的结构体系应由理论秘书学、应用秘书学、历史秘书学及技术秘书学四大部分组成。[49]后者对秘书学的分支学科作了较为合理的构想，所以得到了很多人的认可。
进入90年代中后期以来，秘书学界在总结前期的研究成果的基础上对秘书学的学科体系作了更进一步的探索，其代表性的研究成果有：
一、董继超在总结前期研究成果的基础上构架了秘书学的研究内容[50]
董继超认为秘书学的研究内容由四个部分构成：分别是秘书史（包括秘书通史、国别秘书史、断代秘书史、专项秘书史、秘书思想史）、秘书理论（包括基础秘书理论、应用秘书理论、交叉秘书理论）、秘书业务（如文字工作、文书工作、信息工作等）、秘书技术（包括秘书工作方法、秘书办公手段、秘书办公场所）。
二、郝文勉构架了微观秘书学和宏观秘书学[51]
郝文勉认为微观秘书学的学科体系可以按以下六方面考虑：研究秘书的地位、环境、性质及作用；研究秘书的基本职能；研究秘书机构的原则；研究秘书方法的理论；研究秘书的管理；研究秘书应具备的素质、才能、作风。宏观秘书学的学科体系也可以从六个方面考虑：专业秘书学，如司法秘书学、党政秘书学等；理论秘书学，如秘书学概论等；历史秘书学，如中国秘书史等；管理秘书学，如会议学、调研学等；基础秘书学。
三、傅西路认为应该从五方面来构建秘书学的学科体系[52]
傅西路提出，秘书学乃是关于秘书工作及其活动规律的科学，若将这一命题展开，秘书学涉及的范围，首先应研究秘书工作的综合理论，如秘书工作的对象、职能、特征、规律、原则、方法、关系等；其次是秘书工作的日常业务，如信息调研、督促检查、协调综合、公文处理、领导活动安排等日常工作运转；其三是秘书工作的专项业务，如档案管理、机要保密、信访接待、行政管理等；其四是秘书工作的高新技能，如办公自动化、通讯现代化等；其五是秘书工作纵横，如秘书工作的历史与发展、国外秘书工作的比较与借鉴等。
四、方国雄提出了按分支发展论、机理论、史论、工作管理论构建秘书学学科体系的意见[53]
方国雄在《谈秘书学学科体系》一文中对秘书学的学科体系作了全面构想，并把它编入2003年出版的由其主编的普通高等教育“十五”国家级规划教材《秘书学》中，进一步扩大了其研究成果的影响。[54]方国雄认为，我国当代秘书学学科体系是一个开放系统。随着时代和社会实践的发展，其内涵不断丰富，外延不断拓展；当代秘书学学科体系可以从多角度多层次的角度来构建：从分支发展论的角度出发，可以从秘书各项业务内容发展出分支学科，如会议组织学、秘书写作、秘书协调学等；可以从社会各行业秘书理论与实践发展出分支学科，如党政秘书学、商务秘书学、司法秘书学等；可以多学科融合发展出分支学科，如秘书心理学、管理秘书学等；也可以从不同研究方法发展出分支学科。从秘书史论的角度出发，可以构建中国秘书发展史和外国秘书发展史。从秘书工作管理论的角度出发，可以有秘书机理论（包括秘书工作原则、秘书工作规律、秘书工作特征、秘书及其机构等）、秘书环境论（包括秘书与领导的关系、宏观社会环境、中观组织环境、微观人际环境等）、秘书职能论（包括秘书事务辅助、秘书参谋辅助等）、秘书方法论（秘书思维方法、秘书工作方法）。
五、钱世荣在按基础理论、技术理论、应用理论构架的“三层次分布论”的基础上，又按照《学科分类与代码》的编制原则和编码方法提出了秘书学（即钱世荣所提的辅助学，以下同）的一、二级及部分三级学科的设想[55]
钱世荣把秘书学定位为一级学科，秘书史、普通秘书学、比较秘书学、秘书社会学、秘书伦理学、秘书法学、秘书思维学、秘书心理学、秘书语言学、秘书行为学、秘书人才学、秘书未来学、技术秘书学、应用秘书学、部门秘书学、专项秘书学、秘书学其他学科等为二级学科。其中部分二级学科下面还构建三级学科，如秘书史下有秘书活动史、秘书思想史、秘书学史等三级学科；专项秘书学下有公文写作、信息管理、文书管理、档案管理、会务管理、信访管理、办公室管理等三级学科。钱世荣呼吁理论研究者应加大对秘书学学科体系研究的投入，在管理学大框架中营构秘书学学科体系，并特别注意秘书活动与领导活动、秘书学与领导学的内在联系。
六、陈荣在“小秘书学”（即单一的课程）的基础上提出了“大秘书学论”，并设想了大秘书学的理论框架[56]
陈荣认为大秘书学可以由理论秘书学、应用秘书学和秘书史学构成。理论秘书学包括秘书学概论、秘书法学、秘书哲学、秘书社会学、秘书人才学、秘书文艺学、秘书心理学等学科；应用秘书学包括秘书写作学、秘书调研学、秘书关系学、督查学、保密学、信访学、会议学、秘书保健学等学科；秘书史学包括中国秘书史、外国秘书史。陈荣指出，秘书学的研究趋势是以由以归纳法综合秘书工作经验转向以演绎法把邻近学科的原理与方法移植于秘书学研究之中，引导秘书学向纵深发展，并建立起秘书学分支学科的理论框架。
七、宋斌提出了秘书学系统理论体系——“五大系统”的构想[57]
宋斌认为，秘书学理论体系应按“系统”划分，包括专门理论系统、环境与人才资源系统、普通理论系统、秘书工作系统、信息与档案管理系统五类。
八、秦莲红论证了秘书是秘书学理论体系的逻辑起点，并对秘书学理论体系作了宏观构想[58]
秦莲红认为以秘书为逻辑起点而形成的秘书与领导的主客体矛盾和秘书同自身实践的对象的矛盾关系是秘书学的基本矛盾，是建构秘书学理论体系的依据。以该依据构建的秘书学学科体系的框架包括三个部分的内容。第一部分，从领导与秘书这一主客体矛盾关系上看，领导是矛盾的主要方面，它规定着秘书的产生和历史发展、秘书的作用、秘书的基本职能及秘书性质的多样性和层次性等基本内容。它从历史的角度揭示了秘书的产生、发展是受社会生产力、经济基础制约的客观规律。第二部分，从秘书和秘书实践对象这一主客体矛盾关系上看，秘书（主体）是矛盾的主要方面，在秘书学中两者之间的关系内容涉及秘书实践的基本对象、秘书实践的基本内容、秘书实践的基本形式、秘书实践的价值、秘书实践的基本原则、秘书实践的基本方法等。它是对秘书实践活动的总概括，既体现着秘书实践活动中内在的、本质的、必然的联系，又体现着理论与实践的统一。第三部分，从领导、秘书、实践对象之间相互关系的总体上看，这三者的相互关系涉及秘书人员的基本素质，秘书人员的培养和管理，秘书学的研究的对象、方法、作用，当代科技进步和秘书学的发展前景的关系等内容。
九、孙建明认为我国秘书学学科已经形成了一个以秘书学为中心、科目门类多样、内容涵盖丰富并有自己的组织结构的学科体系，形成了一个初具规模的秘书学学科群，初步确立了秘书学发展的基本框架[59]
孙建明认为秘书学学科群包含五个层面。一是运用元科学理论研究秘书学的元秘书学，元学科理论是以学科自身作为研究对象，对学科本身进行历史的、哲学的、具有社会意义的全方位的综合阐述，是一种系统的、对学科理论作整体性反思的科学理论。二是从应用理论角度来研究秘书学的应用秘书学，这类学科研究往往根据秘书工作不同行业的应用需要，对秘书学进行行业分类研究，这是秘书学研究的重头部分，其研究领域十分广阔。三是秘书学与其他学科相结合而产生的交叉学科，这类学科主要研究秘书学与其他学科相互渗透产生的边缘学科理论，如秘书学与管理学交叉而产生的管理秘书学等。四是着眼于秘书实用技术的技术秘书学，如协调学、会议学等。五是中外秘书学的比较研究。
十、谢世洋提出了秘书学的“九大子学科体系论”[60]
谢世洋认为，一门完整的社会科学必须包含史、论、应用三大部分。秘书学也应由史、论、应用三大内容组成。这三大内容应融入作为一级学科的秘书学所属九个二级学科的各个层面之中，可简称为“九大子学科体系论”。九大子学科体系论包括：行政秘书的史、论、应用；司法秘书的史、论、应用；企业秘书的史、论、应用；商务秘书的史、论、应用；财经秘书的史、论、应用；科教秘书的史、论、应用；军事秘书的史、论、应用；涉外秘书的史、论、应用；私人秘书的史、论、应用。
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