秘书学科创建二十多年以来，在秘书学学科体系的研究上取得了一定的成绩，上述十种就是秘书学学科体系的研究成果的集中体现。但是，秘书学学科体系究竟应该如何构建，秘书学界并无定论，或者说，秘书学学科体系只停留在设想上，如杨剑宇指出“体系尚未形成”[61]。秘书学学科体系建设任重而道远，就现状而言，以下问题不得不面对：
一、混淆了秘书学学科体系和秘书专业课程体系的关系
有些学者在确立秘书学学科体系时混淆了秘书学学科体系和秘书专业课程体系的关系，将有些不属于秘书学学科体系，但属于秘书专业课程体系的课程放入秘书学学科体系之中。如郝文勉所提出的宏观秘书学与秘书学专业体系是不做区分的，“秘书专业究竟包括哪些内容，秘书要学到什么知识才算合格，这是宏观秘书学所要解决的问题。宏观秘书学体系的建立也要有一个基点，这个基点就是建立在秘书学学科理论上的，按照现代秘书的要求而设置的体系。”在这一体系中，作者所提出的“基础秘书学”是指秘书应具备的基础知识如经济学、法律、汉语、文学等，这显然不属于秘书学的学科体系。如果说这种区分还是比较明显的话，被许多人列入技术秘书学体系的速记学，以及秘书学界曾普遍认为的“秘书学的分支学科”——档案学[62]，这些学科是否属于秘书学的学科体系呢？事实上，秘书学学科体系中的分支学科与秘书学专业中的课程（甚至专业课程）是两个有着密切联系的不同的概念。秘书专业中的基础课程如英语、汉语、文学固然不属于秘书学的学科体系，专业课程也不一定是秘书学的分支学科，档案学作为二级学科肯定不是秘书学的分支学科，即使是档案管理学也不宜视作秘书学的分支学科。虽然档案管理与秘书工作有着密切的关系，但是其研究对象的独立性是非常明显的。这一点，比秘书学发展得更为成熟的档案学可以给我们以启迪，如文书学以前曾被视作档案学的分支学科，但由于其研究对象和知识体系与档案学科的差异，“不管与档案学的关系密切到何种程度，就其本质而言，仍然不是档案学的一员”。[63]
二、学科体系过于庞杂
从二十多年的特别是近十年的研究成果中，我们发现不少研究者对秘书学的框架提出了设想，有的学者还提出过相当细化的规划，但是起步不久的秘书学要细化到如此程度，“是可想而不可及的”[64]。就以秘书学分支学科的数量来看，学者们设想的属于秘书学框架体系中的有二三十门课程。笔者以为，追求一种体系完美的学科设想固然无可非议，但更重要的应该是正视秘书学发展的现实，从学科的研究对象出发，由二三十门分支学科构成的秘书学学科体系无疑是比较庞杂的。秘书学是以秘书工作和秘书活动规律为研究对象的，秘书学的每一门分支学科都必须以秘书工作或秘书活动规律的某一方面作为研究对象，而且还必须形成自己的知识体系，秘书信息学、秘书协调学、秘书伦理学等所谓的分支学科与秘书学研究对象存在比较密切的关系，但目前大多还停留在一个抽象的名称上。至于服务学、口才学[65]等“学科”本身与秘书学的学科对象有一定的距离，也不宜列入秘书学的学科体系之中。一门分支学科的诞生并不是设想出来的，它必须具备一定的必要性和可能性，它必须具备丰富充实的知识体系。
三、学科发展的不平衡性
伴随着大秘书学观念的确立，秘书学陆续出现了一些分支学科，应该说秘书学的各门分支学科的形成时间和成熟程度是不一致的，如秘书学概论、秘书实务、中国秘书史等就是较早出现的而且知识体系较为稳定的秘书学分支学科。20世纪90年代前后，这些学科就已经进入了高等院校，上海大学文学院等学校的秘书专业都开设过这些课程，这些学科的教材也层出不穷，应该说已经获得了大家的一致认可。甚至其中某些分支如秘书实务本身又出现了分叉，如秘书写作学、会议组织学等。另外一些分支学科特别是与其他学科交叉而形成的边缘性分支学科，如秘书语言学、秘书心理学和一些应用秘书学如党政秘书学、企业秘书学、商务秘书学、军队秘书学等也已经有一定数量的教材和专著出现，但是由于这些学科的主体性不够强，对相关学科的理论借鉴比较直接，其理论的独立性还有待于进一步强化，在秘书学的分支学科体系中，处于这种状态的分支学科从数量上来看应该说是最多的。还有一些分支学科，如有些学者提出的秘书思想史、秘书督促检查、秘书服务学、秘书保健学、秘书文艺学等，有些只有一个名称并无实在的理论体系，有些虽然有初步的设想但还没有系统化，有些则根本不能算是一门学科。由此可见，秘书学分支学科发展的参差性是显而易见的。
四、学科分类的不稳定性
秘书学本身属于新兴学科，其分支学科的创建更是处于起步阶段，因此不稳定性也是本阶段秘书学分支学科体系的一个主要特征。目前，人们对分支学科体系的描述往往是各具己见，认识的角度和程度不同，对秘书学分支学科的认识也各不相同，迄今为止，尚未有一个公认的秘书学分支学科体系。从整体上看，学科体系尚处于摸索、磨合和调整之中，从局部分析，大部分分支学科的知识体系也尚未完全定型。同时，对某些学科归属问题的认识也是各抒己见，难有定论。比如文书学，秘书学界大多都把它视作秘书学的分支学科，但是，档案学界却有人认为文书学属于档案学的分支学科，或者更多的人认为文书学是一门独立的学科。同样被有关学者列入秘书学分支学科体系的档案管理、信息学、调研学也都存在类似问题。
五、学科体系构建标准的多样性
从现状分析，秘书学体系建构的标准是不统一的。有人认为：“一般的学科体系，划分为论、史、应用三大块。秘书学也应据此划分，目前没有必要，也不可能另辟蹊径。”[66]也有人提出：“科学学理论认为，从分布方式上看，科学分为基础科学、技术科学、应用科学三个层次，每个层次又都由理论和技术这两部分组成。这种‘三阶两部式’结构，全息缩影般地呈现于含有众多子学科的学科内部，秘书学的内部结构即如此。”[67]另外，有人提出按基础理论、分支理论、操作理论构架的“三层次论”的秘书学学科体系；有人提出从静态、动态两个方面构建秘书学的学科体系的设想，等等。
总之，在秘书学学科体系及分支学科的构建过程中急于求成的现象比较突出，有些研究者对有关问题还未进行深入系统的研究，看到一点表面现象，就以为抓住了事物的本质，并贸然冠上“学”字样；有些学者热衷于为秘书学分支学科设计蓝图，篇章结构虽堪称严谨完整，但其构成成分却经不起推敲；也有些研究者则以为有多少种专门的秘书工作，就会产生多少门分支学科。诸种问题值得我们重视。
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