（一）清洁生产促进工作的主管部门及其职能
《清洁生产促进法》第5条第1款规定：“国务院清洁生产综合协调部门负责组织、协调全国的清洁生产促进工作。国务院环境保护、工业、科学技术、财政部门和其他有关部门，按照各自的职责，负责有关的清洁生产促进工作。”根据法条的规定，并没有必要出现一个新的职能部门，环境保护行政主管部门负责组织、协调清洁生产促进工作即可，环境保护行政主管部门负责实现《清洁生产促进法》的立法目标；而且按照该款规定，县级以上地方人民政府确定的清洁生产综合协调部门也是环境保护部门。
《环境保护法》规定环境保护行政主管部门对环境保护工作实施统一监督管理，而《清洁生产促进法》规定清洁生产综合协调部门的职能是“组织、协调”，这是由我国的清洁生产法律制度的促进法特点决定的。但是按照我国《循环经济促进法》第5条的规定，循环经济发展工作主管部门的职能是“组织协调、监督管理”，与同样是促进法的《清洁生产促进法》中清洁生产促进工作的主管部门的职能相比多了一个“监督管理”。《清洁生产促进法》应当与《循环经济促进法》保持一致，清洁生产工作的主管部门的职能不应只是“组织、协调”，而是“组织协调、监督管理”。《清洁生产促进法》修改为《清洁生产法》时更应当如此规定。
（二）修改《反垄断法》
在《反垄断法》第15条第1款[60]中增加一项：“为废旧产品回收利用、综合利用的和其他废弃物回收利用、综合利用的。”这种类型的垄断协议适用合理原则，以鼓励、促进清洁生产。
（三）完善关于“矿产资源的勘查、开采”的规定
《清洁生产促进法》第25条规定：“矿产资源的勘查、开采，应当采用有利于合理利用资源、保护环境和防止污染的勘查、开采方法和工艺技术，提高资源利用水平。”该条规定可以借鉴我国《循环经济促进法》的规定[61]加以完善，规定“采矿许可证颁发机关应当对申请人提交的开发利用方案中的生产工艺与装备要求、资源能源利用指标、产品指标、污染物产生指标（末端处理前）、废物回收利用指标和环境管理要求等指标依法进行审查；审查不合格的，不予颁发采矿许可证。”
（四）强化法律责任，进一步增强法律的操作性和强制性
应当强化政府编制和组织实施清洁生产推行规划的责任，强化对企业实施清洁生产的监督责任。明确规定实施清洁生产企业的比例，并规划逐步增长的目标，在法律中明确国家职能部门以及地方政府的责任制、考核制、奖惩制。强化法律关于企业实施清洁生产的有关规定、强化企业实施清洁生产推行规划的法律责任，促进企业达到清洁生产标准。
《清洁生产促进法》是一部具有鼓励性特点的法律，即通过鼓励性措施促进企业实施清洁生产，因此，应当增加奖励性条款[62]，以引导企业积极主动地开展清洁生产。
（五）应当、禁止术语如何使用？
《清洁生产促进法》第13条规定：“国务院有关部门可以根据需要批准设立节能、节水、废物再生利用等环境与资源保护方面的产品标志，并按照国家规定制定相应标准。”这一条规定在第2章“清洁生产的推行”中。第2章“清洁生产的推行”规定促进清洁生产的政府职能，11个条款中只有该条使用了“可以[63]”术语，应当把该条中的“可以”改为“应当”。第3章“清洁生产的实施”是指企业如何实施清洁生产，22个条款中，应当追究行政责任的有5个条款，其中1个条款使用了“必须”术语，4个条款使用了“应当”术语，既然这四种行为都属于行政违法行为，都追究行政责任，就不应当有“必须”与“应当”的区别，应当把这两个“应当”改为“必须”，这样还可以与本章中的用“应当”术语的指导性规范相区别。
《清洁生产促进法》第22条第1款规定：“农业生产者应当科学地使用化肥、农药、农用薄膜和饲料添加剂，改进种植和养殖技术，实现农产品的优质、无害和农业生产废物的资源化，防止农业环境污染。”第2款规定：“禁止将有毒、有害废物用作肥料或者用于造田。”第24条第1款规定：“建筑工程应当采用节能、节水等有利于环境与资源保护的建筑设计方案、建筑和装修材料、建筑构配件及设备。”第2款规定：“建筑和装修材料必须符合国家标准。禁止生产、销售和使用有毒、有害物质超过国家标准的建筑和装修材料。”第38条规定：“违反本法第24条第2款规定，生产、销售有毒、有害物质超过国家标准的建筑和装修材料的，依照产品质量法和有关民事、刑事法律的规定，追究行政、民事、刑事法律责任。”与第24条第2款的规定相类似，第22条第2款的规定也使用了“禁止”一词，但是法律并没有为违反第22条第2款的行为规定法律责任，而为违反第38条第2款的行为规定了法律责任，为什么有这样的区别？法律应当为违反第22条第2款的行为规定相应的法律责任。
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