普陀山的兴衰，在明朝表现得最为曲折。
这与汤和的一个报告有关。
洪武二十年（1387），明朝虽然已经建立20年了，但是东南海上仍然不是很太平，各方面的反明势力残余都在海上活动，于是朱元璋特地派出了他非常信任的信国公汤和，负责东南沿海的治安。在那段时间里，汤和一直在海上巡视。在巡视舟山群岛路过岱山的秀山岛的时候，目睹了一起岛民的械斗事件。汤和发现参与械斗的岛民很是彪悍，其所持的武器，也不像是普通民众所有，而且经过调查审问后，汤和还发现，这些岛民，有很多是“乱民”（指元末农民起义领袖方国珍残部）残余，这就引起了汤和的高度警惕。因此他马上向朱元璋报告了这些，同时还以昌国“悬居海岛，易生寇害”为由，奏请朝廷，建议对舟山群岛等实行“清野之策，而墟其地”。朝廷采纳了汤和的建议，废除了昌国县的建置，强行把所有岛民迁移于内地。
舟山群岛顿时哀鸿一片，普陀山当然也无法独善其身，被朝廷派来的人烧毁“殿宇三百余间”，僧侣被赶走，连观音大士的造像也被强制迁请到了宁波市东的栖心寺，还把栖心寺改名为“补陀寺”，以此表示这里就是新的观音道场了。普陀山的观音道场没有必要存在了，因此这次毁山，做得非常彻底，据万历《普陀山志》记载，当时整个普陀山中，“仅留铁瓦殿一所，使一僧一介守奉香火”。
从此开始，普陀山的劫难接踵而来。明朝实行海禁后，正规的居民被迁走了，而那些倭寇、海盗则长期窃踞舟山各岛，经常骚扰普陀山，致使普陀山“寺残僧散，荡为荒烟蔓草者百余年”。一直到了永乐年间（1403 1424），随着郑和下西洋，朝廷对海洋的态度才有很大的转变，普陀山也一度有所“弛禁”。一些僧侣悄悄回来了，开始修建被毁坏的寺院，连当时的江南释教总裁祖芳也于永乐初亲临普陀山弘扬禅宗，从而带动“四方缁素，纷纷上山”。观音宝象又重新供奉起来了。嘉靖六年（1527），朝廷要员还赐琉璃瓦，来建造新殿宇，普陀山一度迎来了兴旺的曙光。
然而明朝的“海禁”国策其实并没有完全放弃。所以这样的好景仅仅维持了20多年，到了嘉靖三十二年（1553）这一年，由于抗倭斗争的需要，或者一些寺院可能已经成为倭寇的联络点，或者一些倭寇干脆就是潜伏在寺院中，朝廷于是再次派人上了普陀山，徙僧毁寺，并告示“不许一人一船登山采樵及倡为耕种……如违，本犯照例充军”。
普陀山好不容易聚拢起来的一点点生气，就这样又被糟蹋得荡然无存。
当然，这种不正常的现象不可能长久存在下去，因为无论从哪个方面来说，普陀山观音道场的存在，对于朝廷和民间都是一件好事。所以当抗倭的形势趋向好转时，普陀山的希望又再次出现了。
直接推动了这一好转的是抗倭名将俞大猷。
那时候，俞大猷率领明军在舟山的金塘岛沥港大破倭寇和海盗。现今普陀山潮音洞旁的石壁上，尚留存有“明嘉靖癸丑（即嘉靖三十二年）季秋，副使李文进、参将俞大酉（猷）、都司刘恩致督兵灭寇于此”的28个大字摩崖石刻。
第二年，又有一群倭寇和海盗哨聚于普陀山外的莲花洋，却很快遭到了官军战船团团包围，遭到了致命的打击，从此倭寇再也不敢对普陀山有任何的妄想。
指挥这两场战斗的都是参将俞大猷。由于这两次战役都发生在普陀山周围，加之俞大猷对观音有很深的敬仰，所以在将普陀山大捷上报朝廷的时候，他故意将胜利与观音联系在一起，说这两场歼倭战斗之所以能够取得大捷，乃是由于得到普陀山观世音菩萨佑护的缘故。如此的神灵不能被忽视，特奏请朝廷重修普陀山寺庙。当时，由于社会动荡，民生凋零，民心非常不稳，朝廷极其需要一种精神力量来抚慰民心，观音信仰正是最合适的调节心理的力量，于是朝廷不但立即批准了俞大猷的奏请，还一次就下拨黄金千两，用于兴修寺庙，恢复观世音道场。
也就是从这个时候开始，明朝的政策开始出现大逆转。到明神宗万历年间，普陀观世音道场达到了史无前例的兴旺时期，万历皇帝于万历八年（1580）、十四年（1586）、二十二年（1594）、二十七年（1599）、三十三年（1605）、三十四年（1606）等先后6次差遣内宫宦官到普陀进香，赐金6000余两，钦赐藏经1350多函，御赐金佛4尊、玉带1条。裹经绣包袱678件，钦赐“护国永寿普陀禅寺”“护国永寿镇海禅寺”御匾两块。镇海禅寺即为现在的法雨寺。从此，普陀山迎来了自己的第一次中兴，史称“万历中兴”。
但是令人感叹的是普陀山的厄难，后来竟然又一次降临了。清军入关后，舟山群岛成了南明政权抗清最久的根据地之一，多次大战在舟山海面爆发，普陀山又遭到了战火的摧残。不仅于此，康熙元年（1662），被郑成功赶出台湾的荷兰殖民主义者，流窜至我国大陆各沿海进行抢劫。康熙四年（1665）五月，两艘荷兰“红夷”，强登普陀山，他们手执短枪利斧，到处乱抢，还肆意捣毁佛像，将历代御赐的金佛、银钵、玉环等抢掠一空，“两寺及山中静室皆然，无一免者。”由是“僧藏尽空，宝地残毁”。
同年八月，“红夷”复来，又一次大肆抢掠而去。僧尼和当地群众实在忍无可忍，眼见朝廷不能及时提供保护，于是自己组织起来，奋起抗击，打得荷兰殖民者从此再也不敢登岸。康熙八年（1669），普陀山还遭到了海寇的突击，寺多毁坏。
但是与后来的大清政府的海禁政策相比，这些灾难其实还算是小灾难。康熙十年（1671），在消灭了南明抗清的在舟山的最后一支武装之后，朝廷决定沿袭明朝政府当年的措施，再次实行海禁，尽徙居民于内地。普陀山顿时“殿宇残毁，如洪武时”。幸亏后来随着天下太平，康熙及时修改了自己的海禁政策。康熙二十六年（1687），他接受大臣建议，决定展复舟山，重设县治，取“风波永定”之义，赐名“定海县”。为避同名，又改原宁波的定海县为“镇海县”。
从此，普陀山开始进入了第二个中兴时期。
因为从那以后，清朝政府对于普陀山的发展，的确是大力扶持的，尤其在康熙、雍正和乾隆三个时代。
康熙二十八年（1689），康熙皇帝批准了定海总兵黄大来的奏章，拨款重建普陀（普济）、镇海（法雨）两寺。三十八年（1699），康熙南巡杭州，又赐金银继续扩建这两大寺，并赐护国永寿普陀禅寺“普济群灵”额，改名为“普济禅寺”；赐护国镇海禅寺“天花法雨”额，改名为“法雨禅寺”。四十三年（1704），又将御制碑文二道，先后分赐法雨、普济两寺。
雍正九年（1731），朝廷又赐金“重建前后二寺殿宇”。十二年（1734），复赐前后二寺御制碑文各一道。从此普济、法雨两寺殿堂巍峨，佛像庄严，成为普陀山的核心寺庙。
乾隆五十八年（1793），朝廷再一次拨出巨款，在佛顶山将原慧济庵扩建为寺。
光绪三十三年（1907），又大加建造，成了现在的慧济寺格局。于是以普济、法雨、慧济三大禅寺为中心的寺庵体系，最终形成。同时普陀山的发展也臻于全盛。全岛除三大禅寺外，还有庵院八十八，茅棚一百二十八，僧尼多达数千，成为名副其实的“海天佛国”。
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