科学理论的重要意义在于它能指导人们的行动。辞海对“理论”二字的解释如下：概念、原理的体系，是系统化了的理论认识。科学的理论是在社会实践基础上产生并经过社会实践的检验和证明的理论，是客观事物的本质、规律性的正确反映；它是在同错误理论不断斗争中发展起来的（辞海，1989年版）。
海洋恢复生态学在理论体系的建设方面，应当充分借鉴陆地恢复生态学的理论研究成果，结合海洋生态系统的特点，先建立理论体系的框架，然后再逐步充实、完善海洋恢复生态学的理论体系。
目前，陆地恢复生态学的理论体系也尚在构建中，不同学者看法也不一。
例如，盛连喜（2002）在其《环境生态学导论》书中，提出恢复生态学的基本理论包括自我与人为设计理论、生态学理论、生态恢复理论，其中生态恢复理论包括生态恢复的原则、生态恢复的机理、生态恢复的标准等。彭少麟（2003）在《热带亚热带恢复生态学研究与实践》书中，表述的恢复生态学的基础理论包括退化生态系统的恢复、退化生态系统的脆弱性理论，相关生态学理论在生态恢复中的应用（与物质、能量、空间、时间、多样性有关的生态原理的应用），生态恢复的动态理论（自我设计与人为设计理论）和演替理论四个方面。
黄铭洪（2003）在《环境污染与生态修复》书中指出，生态学的基本理论无论是现在还是将来都是恢复生态学的主要理论基础。其中，处于核心地位的则是自我演替（succession）理论和集合规则（assembly rule）理论。恢复生态学的发展也形成了自我设计与人为设计理论（self-design versus design theory）和生态系统退化的临界阀值或类似的系统转换阀值（restoration threshold）理论等。
董世魁等（2009）在《恢复生态学》一书中将基础理论分为以下几方面：恢复生态学的基本理论，包括传统生态学的理论基础（演替理论等）；现代生态学的理论基础（干扰、稳定性理论、阈值理论）和恢复生态学自身的基本理论（自我设计与人为设计理论）；与恢复生态学发展密切相关的前沿科学理论（生态系统服务与健康管理、全球变化与响应对策、可持续发展与生态环境保护）。书中还提出了恢复生态学的主要研究内容（表4-1）。
要建立海洋恢复生态学的理论体系，有几条途径：一是借鉴陆地恢复生态学的理论；二是借鉴密切相关学科的理论；三是吸收最新的思维、理念和成果；四是从大量海洋生态实践中加以提炼。尤其是随着恢复生态学的迅速发展，一些新的思维、理念不断涌现，应当加以吸收和采纳。
例如，恢复生态的模式，已从实践和理论相结合的模式，开始向科学与艺术相结合的模式转变。正如有的学者指出，我们永远不可能详细地了解历史上的生态系统是什么样子，也不可能了解未来生态系统又会变成什么样子。在过去适用的生态学规则可能并不适用于未来。我们必须意识到，即使我们非常努力，我们也不可能准确地复制过去。据此，有些学者提出了“修复未来”的构思，承认生态系统的变化，以及考虑全球变化可能带来的影响是有益的（Temperton，2007）。
表4-1 恢复生态学的主要研究内容（引自董世魁等，2009）
在探索海洋生态系统退化的原因时，如何区分自然因素和人类活动的影响；判断生态系统变化，如何区分生态系统自身的周期性变异和人类活动导致的变异；不同类型的海洋生态系统对外界干扰的耐受力、恢复力有较大的差异，衡量系统的退化标准是什么，关键因素、关键种群各是什么；海洋是流动的水体，在进行生态恢复时，如何确定时空范围的尺度；采用生物修复或对某个种群资源的恢复，对生态系统整体的功能发挥是有益还是有害；该如何判断海洋生态恢复的效果；海洋生态恢复与陆地和河、湖的生态恢复，有哪些共同点，有哪些不同点；全球气候变化和潜在的气候变化可能会导致重要的生物和生态系统区域产生变化（Harris，2006），尤其是对珊瑚礁生态系统的影响机制是什么等问题，都值得思考。
Bennett等（2009）强调了对生态过程认识的重要性，指出应考虑的几个重要因素：第一，生态系统在时、空尺度上是动态的，但我们在制订生态保护计划时往往却是静态的；第二，生态系统中各组分之间是以复杂且多样的方式进行交互和保持生物多样性，对这一复杂情况我们往往估计不足；第三，生态过程可以作为选择性的力量对特殊物种不断进行调控。
de Jonge等（2002）根据荷兰修复沿海生态系统和生态环境的实践，也着重指出，物理、化学和生物的过程构筑了沿海生态环境的基石，对这些过程的了解极为重要。沿海生态系统是由大、小规模过程相互间复杂作用的结果。而生态恢复主要是通过影响这些基本过程来实现的。因此，一般而言，海岸的生态恢复应该把重点放在通过改变特定的过程参数使过程朝着人们期望的状态转变。
除上述之外，海洋恢复生态学如何在我国正在探索的、与海洋经济和社会目标相协调的生态环境保护新道路上，以及在建设海洋生态文明远大目标中发挥应有的作用，更是一个值得思考的问题。
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