部门预算是部门依据国家有关政策规定及其行使职能的需要，由基层预算单位编制，逐级上报、审核、汇总，经财政部门审核后提交立法机关依法批准的涵盖部门各项收支的综合财政计划。主要包括：收入、基本支出和项目预算等内容。
（1）收入预算的编制。
部门应根据历年收入情况和下一年度收入增减变动因素，测算本部门取得的各项收入（不含国家税收）来源。收入预算要按收入类别逐项测算、编制，其中部门自行组织的行政性收费和预算外收入，要列明具体的单位和项目。
（2）基本支出预算的编制。
各部门要根据国家现有的经费政策和规定测算本部门的人员经费和公用经费；要按照预算年度所有因素和事项，分轻重缓急测算每一级科目支出需求。基本支出预算包括人员经费支出预算和公用经费支出预算。
人员经费包括基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费和社会保障费等。人员经费预算应按机构编制主管部门批准的编制内的人员的实有人数和国家规定的工资、津贴、补贴标准测算。
公用经费包括公务费、小型设备购置费和修缮费、业务费和业务招待费等。各部门和单位应根据现有的公共资源情况和业务工作性质，按照财政部核定的公用经费单项定额标准和调整系数测算、编制。
（3）项目预算的编制。
项目预算包括：行政事业单位公用经费中的大型修缮费、购置费等；列入部门预算中的国家专门设立的事业发展项目支出；基本建设、挖潜改造、科技三项费用、支援农村生产性支出等建设性专项支出。
部门申报项目时要进行可行性论证，对提出的项目从技术、财务、成本费用、组织机构、社会效益等方面进行分析，并列入项目备选库，财政部根据各部门事业发展需要和国家财力状况统筹安排。
国家财政对事业单位实行“核定收支”，就是指事业单位要将全部收入包括财政补助收入和各项非财政补助收入与支出统一编制预算，报经主管部门和财政部门核定。
“定额或者定项补助”是对非财政补助收入不能满足支出的事业单位实行的办法。所谓“定额补助”就是根据事业单位收支情况，按照一定的标准确定一个补助数额；所谓“定项补助”就是根据事业单位收支情况，确定对某些支出项目进行补助。定额或定项补助可以为零。
“超支不补、结余留用”是指事业单位预算在经主管部门和财政部门核定后，严格按预算执行，单位自求平衡，超支的部分主管部门和财政部门不再追加经费，结余的留归单位继续使用。
上述预算管理办法，是事业单位财务管理上的一项重大改革，它符合建立社会主义市场经济体制的需要，保持并发扬了我国事业单位财务管理体制的基本特色，具有重大的现实意义。首先，有利于全面加强事业单位收支管理，掌握和控制事业单位收支的总体规模，保证事业单位各项资金合理使用。其次，进一步明确了国家与事业单位的关系，有利于改变国家包办事业的传统观念。再次，强化了预算的约束性，进一步增强了事业单位的预算管理责任。
事业单位预算是指事业单位根据事业发展计划和任务编制的年度财务收支计划，是事业单位财务工作的基本依据，它反映了事业单位在一个会计年度财务收支的规模。
事业单位预算由收入预算和支出预算组成。收入预算包括：财政补助收入、上级补助收入、拨入专款、事业收入、经营收入、附属单位缴款、其他收入等；支出预算包括：拨出经费、拨出专款、专款支出、事业支出、经营支出、成本费用、销售税金、对附属单位补助、上缴上级支出、结转自筹基建等。
（1）政策性原则。
事业单位编制预算要正确体现和贯彻国家有关方针、政策和规章制度，在坚持适度从紧财政政策的前提下，既要保证国家确定的重点，又要兼顾一般。
（2）可靠性原则。
事业单位编制预算要稳妥可靠，量入为出，收支平衡，并略有结余。收入预算要留有余地，对没有把握的收入项目和数额，不能打入收入预算；必要的支出预算要打紧打足，不能预留硬缺口。
（3）合理性原则。
事业单位编制预算要做到合理安排各项资金，尤其是要合理安排各项支出项目。人员工资等刚性支出，必要的公务费、业务费和设备购置支出，必须优先予以保证。
（4）完整性原则。
在编制预算时，必须将单位的一切财务收支全部反映在预算中，不得打埋伏或在预算之外另留收支项目。
（5）统一性原则。
各类事业单位在编制预算时，要按照国家统一设置的预算表格、口径、科目、程序和计算依据，填列有关收支数字指标。
收入预算编制的方法和要求是：财政补助收入数根据财政部门核定的定额和补助标准编列；事业收入根据上年完成情况及本年增收因素编列，其中从财政专户核拨的预算外资金和部分经核准后上缴财政专户管理的预算外资金，可参照上年上缴数、核拨数和留用数编列。经营收入按本年经营业务计划及产品销售情况编列。
支出预算编制的方法和要求是：事业支出中的人员支出按有关标准和编制人数或在编的实有人数等计算编列；公用支出有定额的按定额计算编列，没有定额的根据实际情况测算编列；经营支出可按定额成本、上年成本和有关“增减建议数”测算编列。
收支预算编列的程序是：单位提出建议数；财政部门下达预算控制数；事业单位依据预算控制数编报正式预算；财政部门正式批复预算。事业单位在预算执行过程中，国家对财政补助收入和从财政专户核拨的预算外资金一般不予调整。
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