我国高等教育的改革与发展近年来确已取得了巨大成就。但是，局部上仍存在不平衡的情况，有些方面进展较慢，某些领域甚至还处于艰难的探索阶段。比如，高考制度的改革、人事分配制度改革和结构调整就相对滞后，管理体制机制的改革等一时还难有突破。要破解这些难题，就必须深入贯彻落实科学发展观。
第一，以人为本是高等教育科学发展的精神内核。高等教育是培养人的事业，以人为本、促进人的全面发展是高等教育的天职。因此，高等教育科学发展的核心是坚持“以人为本”，把人置于高等教育改革与发展的核心，把人的全面发展作为高等教育改革与发展的目标。
第二，全面协调是高等教育科学发展的重要保证。首先，高等教育在改革发展过程中既要遵循自身的发展规律，又要适应经济社会发展的客观要求。因此，高等教育的结构与经济社会结构要相衔接，高等教育的规模与经济社会的实际需求要相适应，高等教育改革发展要与经济社会文明进步相互促进。其次，高等教育内部要做到规模、质量、结构、效益协调发展，各级、各类、各种形式的高等教育也要协调发展，全国性高等教育和区域性高等教育同样要协调发展。
第三，可持续发展是高等教育科学发展的基本战略。其一，高等教育要树立人的可持续发展的理念，着力构建可持续发展的人才培养方案与培养机制，使培养的人才具备较强的社会适应能力和自主学习提高能力。其二，高等教育要树立整体可持续发展的理念，着力构建我国高等教育可持续发展的体制机制，并以长远眼光合理安排高等教育的发展节奏，营造适度竞争的环境，不断拓展高等教育可持续发展的空间。
第四，统筹兼顾是高等教育科学发展的根本方法。高等教育要统筹改革、发展与稳定的关系，规模、质量、结构、效益的关系，人才培养、知识创新和社会服务的关系，效率与公平的关系，特色发展与整体发展的关系，自主理性发展与对外开放服务的关系等等。只有统筹协调好这些关系，高等教育科学发展才能真正实现。
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