北京市在推进农村集体产权制度改革过程中，不断加强集体经济组织建设，探索完善基层组织治理结构。一是建立健全农村集体经济组织。20世纪90年代初，北京市要求以行政村为单位设立村经济合作社，以乡为单位设立乡合作经济联合社，在行政主管部门登记后，取得法人资格。二是通过改革建立新型社区股份合作经济组织。在产权制度改革中，本着“一村一策”原则，在原有村合作社的基础上，采取存量资产量化、“资源+资本”以及社员投资入股等多种方式进行股份合作制改革，建立新型社区股份合作经济组织。三是理顺农村基层组织间的职责及关系。2012年，《北京市实施〈中华人民共和国村民委员会组织法〉的若干规定》对集体经济组织和村委会的职责、关系进行了区分和明确，村委会主要负责村内公共事务，并支持集体经济组织开展经营管理活动。四是健全运行管理机制。北京市新型集体经济组织普遍建立健全了股东（代表）大会、董事会、监事会的“三会”组织架构，并基本能够按照组织章程运行。
在新型集体经济组织管理方面，2013年，海淀区政府下发了《关于加强股份经济合作社管理指导和服务的意见》。该文件再次强调“股份经济合作社是农村集体经济组织通过产权制度改革整体改建而成的新型集体经济组织，是农村集体经济新的实现形式，仍然是集体资产的所有者代表和经营管理主体，其农村集体所有制的性质不变”。建立了备案、审核、实地检查等制度，将需要行政监管的具体事项一一列举。规定了股份经济合作社应就股本变更、因故不能执行章程规定、修改章程、整体改建为公司制企业法人等事项向区级主管部门进行请示，经核准后方可实施。借鉴海淀区的做法，农村集体产权制度改革要区分不同地区的资产状况和经济发展水平，分类指导，有序推进，应针对广大农区、经济发达地区以及村改居地区等不同情况，探索实施适合本地区发展水平及经济特征的法人形式。同时，应及时将新型集体经济组织纳入备案、审核范围，明确行政监管的具体事项，完善登记注册办法，创造条件赋予其市场法人地位。
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