内部控制是指新型农村集体经济组织各级管理层，为了保护其经济资源的安全、完整，确保经济和会计信息的正确可靠，协调经济行为，控制经济活动，利用单位内部分工而产生的相互制约、相互联系的关系，形成一系列具有控制职能的方法、措施、程序，并予以规范化、系统化，使之成为一个严密的、较为完整的体系。建立内部控制制度要遵循的原则包括：相互牵制原则、协调配合原则、程序定位原则、成本效益原则。
新型农村集体经济组织的内控制度包括以下八个方面的内容：
（1）结构控制。内部控制制度的建设及有效运行，有赖于企业内部良好的法人治理结构。现代企业的所有权与经营权的分离，使得客观上需要明确股东会、董事会、监事会和经理层的职责，以保障有关各方的合法权益。董事会维护出资人权益，对股东大会负责，对公司的发展目标和重大经营活动作出决策；监事会对董事会、公司的财务工作及经营者执行法律和公司章程情况进行监督；同时还应设立满足企业监控需要的职能机构如审计部、稽查部，对董事会负责并在业务上受监事会指导。推行职务不兼容制度，杜绝高层管理人员交叉任职，形成各负其责、协调运转、有效制衡的法人治理结构，保证企业的正常运转。
（2）授权批准控制。授权批准是指新型农村集体经济组织在处理经济业务时，必须以授权批准来进行控制。新型农村集体经济组织一般由股东会授权给董事会，然后再由董事会授权给企业的总经理和有关管理人员。企业每一层次的管理人员既是上级管理人员的授权客体，又是对下级管理人员授权的主体。单位内部某个部门或某个职员在处理经济业务时，必须经过授权批准才能进行，否则就无权审批。授权批准有一般授权和特定授权两种形式。授权批准控制的基本要求是：首先，要明确一般授权与特定授权的界限和责任；其次，要明确每类经济业务的授权批准程序；再次，要建立必要的检查制度，以保证经授权后所处理的经济业务的工作质量。实践证明，权力应受到制约，失去制约的权力极易导致腐败。
（3）会计系统控制。会计系统控制是企业内部控制的核心。企业应依据会计法和国家统一的会计控制规范，制定适合本企业的会计制度，明确会计凭证、会计账簿和会计报表的处理程序，建立和完善会计档案保管和会计交接办法，实行会计人员岗位责任制，以充分发挥会计的反映和监督职能。
（4）资产保护控制。资产保护控制是对企业实物的采购、保管、发货及销售等各个环节进行限制接近、定期盘点、记录保护、账实核对、财产保险等控制。在实际工作中，现金、银行存款、其他货币资金、有价证券和存货等变现能力较强的资产必须限制无关人员直接接触，货币资金的收支管理只能限于特定的出纳员。支票等重要票据的签发，必须是单位指定的负责人。存货等实物保护可以由专职的仓库保管员控制。对一些特殊的存货还应采取一些必要的其他保护措施，达到保护单位资产的安全完整性，防止资产流失。
（5）职工素质控制。企业内控制度能否得到有效落实以及落实程度的好坏与否，取决于执行者。职工素质控制是执行企业内部控制制度的保证。单位在招聘、使用、培养、奖惩等方面对职工素质要进行控制。招聘是重要环节，单位的人事部门和用人部门应共同对应聘人员的素质、水平、能力等有关情况进行全面的测试、调查，以确保受聘人员能够适应工作的要求。同时，应注重人力资源的合理配置，打破平均主义的分配制度，推行优胜劣汰的用人机制，充分调动劳动者的积极性，使企业充满生机和活力。
（6）预算控制。预算控制是保证内部控制结构运行质量的监督手段。预算管理是将企业的目标及其资源的配置方式以预算方式加以量化，并使之得以实现的企业内部控制活动或过程的总称。预算管理由预算编制、预算执行、预算控制、预算考评等环节构成。预算控制的内容可以涵盖单位经营活动的全过程，包括融资、采购、生产、销售、投资、管理等诸多方面，也可以就某些方面实行预算控制。预算方案由董事会制订，组织实施由总经理执行。
（7）风险控制。企业针对每个控制点建立有效的风险管理系统，通过风险预警、风险识别、风险评估、风险分析、风险报告等措施，对财务风险和经营风险进行全面的防范与控制。主要包括筹资风险控制、投资风险控制、信用风险控制、合同风险控制等。
（8）审计控制。审计控制主要是指新型农村集体经济组织的内部审计。内部审计是对会计的控制和再监督。对会计资料进行内部审计，既是内部控制的一个组成部分，又是内部控制的一种特殊形式。内部审计是在一个组织内部对各种经营活动与控制系统的独立评价，以确定既定政策是否得到有效贯彻，建立的标准是否遵循资源的利用规定以及单位的目标是否达到。内部审计的内容十分广泛，一般包括内部财务审计和内部经营管理审计。内部审计对会计资料的监督、审查，不仅是内部控制的有效手段，也是保证会计资料真实、完整的重要措施。
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