蔡元培属于本书上篇所说的“1895届上层士绅”，在1895年前走的是典型的传统士人的道路，而且一帆风顺：26岁成进士，28岁授职翰林院编修。甲午战败使他愤慨莫名，开始涉猎新学、西学书籍，思考中国自强之路。戊戌维新期间，他虽对维新抱着同情态度，但又认为如果不在根本上从培养人才着手，而只靠少数人从上至下来变革，是不足以转变腐败局面的。[28]维新运动失败后，他愤而辞官出京，从此开始了委身教育的时代。刚开始，他所从事的新式教育基本上属于康梁所倡导的兴新学的改良之道。但自他1901年在上海创办爱国女学以来，已倾向于以学校为培养革命力量的基地。[29]尤其是他1902年参加创办的中国教育会更成为一个重要的革命团体。当时中国教育会内部存在着激烈和温和两派，激烈派主张以学校为革命秘密机关，温和派主张纯粹办教育，培养国民。[30]而一生性格平和的蔡元培那时却是激烈派的代表。所以，蔡元培当时虽然身在教育会中，尚未尽全力于教育。
蔡元培“教育救国”思想的重新确立以及“学术至上”的理念的真正形成，是在他留学德国的时候。他一生三赴德国留学，对其影响最大的是他第一次赴德，即1907年7月到1911年11月在莱比锡大学的学习。德国大学对学术自由、科学方法和专业研究的强调深深地打动了蔡元培。[31]民国成立，蔡元培就任教育总长后，即在其教育纲领性的文章《对于新教育之意见》中提出“教育有二大别：曰隶属于政治者，曰超轶乎政治者。专制时代（兼立宪而含专制性质者言之），教育家循政府方针以标准教育，常为纯粹之隶属政治者。共和时代，教育家得立于人民之地位以定标准，乃得有超轶政治之教育”。[32]他所谈的独立于政治的新教育内含了他对新学术的意见。他在北京大学1912年的开学仪式上即强调北大首先要致力于学术研究。[33]不过，蔡元培在教育总长位置上任期甚短，他关于新教育、新学术的想法真正得以铺展开来，还在他1917年就任北京大学校长之后了。
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[1] 王国维：《沈乙庵先生七十寿序》，载氏著《观堂集林（外二种）》，河北教育出版社2003年版，第574页。
[2] 刘师培：《清儒得失论》，载李妙根编《刘师培论学论政》，复旦大学出版社1990年版，第125页。
[3] 如梁启超在《清代学术概论》（上海古籍出版社1998年版，第30页）所言，“无考证学则是无清学也”。
[4] 钱穆：《国史新论》，生活·读书·新知三联书店2001年版，第169页。
[5] 干春松：《制度化儒家及其解体》，中国人民大学出版社2003年版，第17—26页。
[6] 杨念群：《儒学地域化的近代形态》，第59、89页。
[7] 钱穆：《国史大纲》下卷，商务印书馆1994年版，第856—859页。朱维铮认为，清廷是为了便于控制汉族士大夫，故意放任作为理学对立物的汉学的发展，使清朝呈现出术与学双水分流的图景，但思想领域的这种分裂对于构筑种种反现状思潮的堤防却很不利（《求索真文明》，上海古籍出版社1996年版，第9页）。实际上，清廷虽然为巩固统治而有意识地放任经学的分裂，但这种分裂实际上加剧了民间与官方的紧张，这是其统治术的一个意外后果。
[8] 艾尔曼：《从理学到朴学》，赵刚译，江苏人民出版社1995年版，第60—98页。
[9] 罗志田：《权势转移：近代中国的思想、社会与学术》，第18—81页。
[10] 余英时：《重寻胡适历程》，广西师范大学出版社2004年版，第157—220页。
[11] 罗志田：《权势转移：近代中国的思想、社会与学术》，第191—193页。
[12] 蔡元培：《我在教育界的经验》，载《蔡元培全集》第8卷，第508页。
[13] 参见关晓红：《晚清学部研究》，广东教育出版社2000年版，第309—374页。
[14] 任鸿隽：《建立学界论》，载氏著《科学救国之梦》，第7页。
[15] 蔡元培：《普通教育暂行办法通令》，载《蔡元培全集》第2卷，第7页。废止经科的《大学令》是在蔡元培辞职后的1912年10月颁布的，但从蔡元培的自述来看，这个大学令是由蔡元培主持起草的。《我在教育界的经验》，载《蔡元培全集》第8卷，第509页。
[16] 蔡元培：《我在教育界的经验》，载《蔡元培全集》第8卷，第509页；《1900年以来教育之进步》，载《蔡元培全集》第2卷，第369页。废除经科的社会背景十分复杂。从思想层面看，诸子思想的再发现，清末的今古文之争，西学的传入，以及经学面对世变得束手无策，都造成了经学地位的动摇。从制度上看，科举制度的废除，使经学顿失其社会基础。清政权的结束，更切断了长期以来经学与政治的紧密联系（参见陈以爱：《中国现代学术研究机构的兴起》，第193页）。蔡元培只是完成了废除经科的临门一脚。
[17] 左玉河：《从四部之学到七科之学》，上海书店出版社2004年版，第199页。
[18] 蔡元培：《全国临时教育会议开会词》，载《蔡元培全集》第2卷，第179页。
[19] 蔡元培：《北京大学成立第二十五年纪念会开会词》，载《蔡元培全集》第4卷，第833—834页。
[20] 任达：《新政革命与日本》，李仲贤译，江苏人民出版社1998年版，第159页。
[21] 芮玛丽：《同治中兴》，房德邻等译，中国社会科学出版社2002年版，第76页。
[22] 陈以爱：《中国现代学术研究机构的兴起》，第49页。
[23] 王国维：《〈国学丛刊〉序》，载氏著《观堂集林（外二种）》，第700页。
[24] 魏定熙：《北京大学与中国政治文化》，第104—138页。
[25] 梁启超：《莅北京大学校欢迎会演说辞》，载《饮冰室合集》第4册，文集之二十九，第38页。
[26] 陈以爱：《中国现代学术研究机构的兴起》，第2—12页。
[27] 章太炎：《訄书·清儒》，载《章太炎全集》第3卷，上海人民出版社1984年版，第158页。
[28] 高平叔：《蔡元培年谱长编》上册，人民教育出版社1999年版，第133页。
[29] 蔡元培：《我在教育界的经验》，载《蔡元培全集》第8卷，第507页。
[30] 桑兵：《清末新知识界的社团与活动》，第200—201页。
[31] 关于德国古典大学观对蔡元培的思想所产生的重要影响，参见陈洪捷：《德国古典大学观及其对中国大学的影响》，北京大学出版社2002年版，第107—166页。
[32] 蔡元培：《对于新教育之意见》，载《蔡元培全集》第2卷，第9页。
[33] 《大学校开学见闻》，《教育杂志》，第4卷第4号，1912年。
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