蔡元培的兼容并包准则是为了把大学构建为现代学术的中心，或者说，是要把大学构建为一个独立的学术场域。但是，要使这个场域独立存在，势必要与其他场域划清界限。妨碍学术场域独立的一大障碍则是教师的兼职化，尤其是官吏在大学的兼职。在蔡元培当教育部长时就把兼差称为“旧日恶习”，因为“人才各有专长，精力不可分用，专责始克有功，兼任不免两败”，因此，他要求担任校务者须开去兼差。[48]蔡元培在就职北大校长的演说中谈到过去的大学之弊时又谈道：“现在我国精于政法者，多入政界，专任教授者甚少，故聘请教员，不得不聘请兼职之人，亦属不得已之举。”[49]蔡元培整顿北大的关键并不仅仅是广聘人才，而且是要使他们从此在大学扎下根来，“进大学者，乃为终其身于讲学事业”。[50]因此，蔡元培在实行兼容并包政策的同时，开始了对教师兼差的整顿，以促使教师队伍的专职化和学术研究的职业化。
1917年1月，他刚上任就发布了北大教员任课钟点的通告：要求本校专任教员不得再兼任他校教科；官吏不得为专任教员；兼任教员如在本校一周上12小时的课，在其他学校兼课不得超过8小时；教员请假过多，学校将扣其薪金甚至辞退。[51]1922年2月，由于实际上难以完全消除校外兼职的情况，[52]北大专任教师在外不得兼职的规定不得不略有松动。蔡元培主持的北大评议会规定：凡教授在校外非教育机关兼职，必须改任讲师或以教授名义支讲师薪（不享受教授的所有权利）；而教授在他校兼课者，必须先得本校承认并限制钟点。[53]在同年10月3日的北大评议会上，到外校兼课的钟点具体限定在每周6个小时。不少与会者还嫌限制太多，蔡元培非常罕见地发了火，不准大家再讨论此事。[54]由此可见他对教师专任化问题的重视。
大学教师专职化的目的是使大学既与政治脱钩，又与实业脱钩。尤其是官吏不得为专任教师这一条，封闭了学生毕业后通过官师的援引去做官的渠道，又斩断了专任教师与官场的连接枢纽，堵塞了官员以官场的逻辑来污染大学的逻辑的通道，大学由此从原来的官僚养习所被导向为具有全新的知识/权力的场域。
在基本解决了教师队伍的专任化问题后，又如何使其可能潜心学问、专研学理、相互促进呢？蔡元培主要采取了三种方式：
1．建立专门的学术研究机构
蔡元培在任教育总长时就提出大学应设研究所。到北大后，为了把北京大学改造为纯粹的学术研究机关，建立专门的研究所是其非常关键的一个环节。北大在蔡元培任职的当年就建立了文科研究所、理科研究所和法科研究所，但当时的研究所由各系分设，不仅经验全无、资源不足、人才缺乏，而且在组织上颇为散漫，有些系竟毫无成绩。蔡元培1920年从欧洲考察回来后决心吸取教训，重新组织研究机构。在他的主持下，北大很快先后公布了《北京大学研究所简章》和《北京大学研究所组织大纲提案》，准备把原来的研究所改组为统一的北京大学研究所，并由他亲任所长，下设国学、外国文学、社会科学研究所和自然科学四门。[55]由于当时“整理国故”的口号得到许多北大教授的响应，所以，国学一门进展最快。1922年1月，北京大学国学门成立，这是在中国现代大学中最早以欧美研究机构为模式建立起来的研究所，也是在“整理国故”口号提出后第一个以国学研究为范围而成立的学术团体，还是在“学术独立”的呼声下第一个与欧美学术抗衡的国学研究“根据地”。这个全新的学术机构的建立充分体现了现代学术研究机构的体制化、专门化和组织化趋势，由此带动了整个中国专门学术研究机构的勃兴。因为已有论者对此机构做了详尽的研究，故本篇在此从略。[56]
2．开拓学术出版和学术交流的制度化渠道
自从印刷术发明以来，学术研究的结果总是要通过学术著述的发表来体现的。即使是所谓“述而不作”，“述”本身也是著述的一种形式。正如一位外国学者所指出的，只有分清书写体文化与印刷体文化的不同特点，才能更准确地理解西方“中世纪”和“近代”这两个概念的内涵。[57]同样也可以说，印刷技术在11世纪的出现是中国从所谓“中世”跨越到“近世”的一个重要标志。[58]可以进一步追问的是，如果从学术传承的角度来说，在印刷体文化出现之后，近世学术与现代学术的关键差别又在哪里呢？在近世，学术基本上没有成为一种专门的职业，所以学术著述带有很强的私人性特点。如清代通行的研究方式是札记体著作和信函，因为“清儒既不喜欢宋明人聚徒讲学，又非如今之欧美有种种学会学校为聚集讲习之所，则其交换知识之机会，自不免缺乏。其赖以补之者，则函札也”。[59]大学的兴起，使学术研究第一次有可能成为一个共同体的职业。为此，也必然带来学术著述和交流方式的巨大变化。蔡元培为北大开拓了学术出版和交流的两条制度化渠道：
一条渠道是学术期刊。在蔡元培治校前，期刊有四类：官方公报、教学参考、通俗期刊、评论期刊（旧派提倡国粹，新派评论文化）。[60]纯学术期刊甚为少见。两份国内正规的纯学术期刊几乎是同时出现的：一份是由海外留学生主办的《科学》杂志，该刊虽于1914年即创办，但直到1918年才将编辑部迁回国内；另一份就是由蔡元培所直接推动的《北京大学月刊》，该刊于1918年开始筹办，1919年正式出刊。蔡元培在亲自撰写的发刊词中说明，创办该刊是为了促进学术研究，打破抱残守缺的陋见，展现大学之所以为大的学术气象。[61]在刊物的组织上，形成了研究所主任和编辑的两级审稿制度，有利于制度化地评价、辨析和筛选学术论文。[62]此后，北大又创办了《国学季刊》等刊，使学术期刊进一步向学科化方向延伸。
另一条渠道则是建立大学与出版社制度化的联系。比起学术论文来，学术著作的出版更为重要。商务印书馆是中国近代最早、也最重要的出版机构。蔡元培与张元济是多年的至交，而蔡元培个人与商务的交谊早在1902年就开始了，并持续终身。蔡元培就任北大校长后，非常重视在大学与出版社之间搭建制度化的联系。1918年7月，张元济来京，蔡元培在北大专门为他举行了欢迎会，并具体商定了北大与商务合作的内容。同年10月，《北京大学丛书》开始由商务出版。胡适的《中国哲学史大纲》（上）、梁漱溟的《印度哲学概论》等十余部在各学科中具有开拓性的学术著作均在此列。1920年春，蔡元培、胡适与蒋梦麟又与商务达成协议，开始出版由北大教授撰写的《二十世纪丛书》（后改名为“世界丛书”），该丛书共收25种。[63]《北京大学丛书》和《二十世纪丛书》将北京大学学者的研究成果以整体的面貌呈现给世人，使大学这个学术共同体有了更具象的表征。
3．倡导学术社团的建立
办学校与兴学会早在维新变法时期就是连在一起的。蔡元培在大学内部也提倡社团、学会的广泛建立，因为这类学术社团对于提高学术研究的兴趣、促进学术交流的开展、凝聚学术研究的队伍、打造学术共同体的方向有着非常积极的作用。
正是通过以上这些措施，北京大学的学术研究风气前所未有地被激发了出来。蒋梦麟的一段话很可以作为当时北京大学的写照：
为学问而学问的精神蓬勃一时。保守派、维新派和激进派都同样有就争一日之短长。背后拖着长辫，心理眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谑。教室里，座谈会上，社交场合里，到处讨论着知识、文化、家庭、社会关系和政治制度等等问题。这情形很像中国先秦时代，或者古希腊苏格拉底和亚里士多德时代的重演。[64]
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