蔡元培之所以在1922年提出教育独立的主张，一个非常重要的背景是大学的教育经费到那时已经越来越难以及时、足额地发放。北大作为国立大学，政府拨款是办学经费的最主要来源。1920年，北大的年预算为707800元，其中，教育部拨款为628800元，学费71500元，住宿费为7500元。[21]北大的这笔政府拨款尽管在政府的总开支中仅仅是一个零头，却屡屡被拖延挤占。蔡元培1919年后的几次请辞就多与争取大学经费有关。当时，蔡元培并非单枪匹马地行动。自从“五四运动”后，北京各国立大专院校常常协同行动。尤其是在1920年到1923年的历次讨薪风潮中更是共担艰危，并肩战斗。“北京国立八校”在共同争取基本经济保障的艰难斗争中被打造成了一个统一的北京学界，这其中的领头人正是身为北大校长的蔡元培。
1919年12月底到1920年1月，因为拖欠薪水，北京国立八校教师决定罢教，[22]蔡元培疏通未果，决定会同北京其他大专校长辞职，各校教师罢教，最后迫使当局让步。[23]
1921年3月，蔡元培在国外访问，北大再次爆发了索薪运动。
1922年8月，蔡元培又一次联合北京其他国立大学校长一同请辞。当时政府积欠北京国立八所大学的教育经费均在5个月以上，当校方代表到政府索薪时，不是横受侮辱，就是被空言塞责。蔡元培等八校校长坚持如果在开学前不发给各校三个月的经费，则一并辞职。虽然政府反复劝阻和敷衍，蔡元培等人仍坚持不松口。此次斗争最后以八校的部分胜利告终：政府最后拨给两个月费用，并答应在当年9月底以前再发半个月。[24]
1923年4月，北京国立八校再次爆发欠薪危机，八校教职工代表会同被欠薪的教育部部员一起向教育部长索薪。这时，蔡元培已经在当年年初因为对教育总长彭允彝的抗议而先行请辞。在索薪危机爆发后，蔡元培意识到这样的索薪或请辞并不是解决问题的根本办法，他认为不能把办教育的最后希望寄托在濒临崩溃破产的政府上，根本之计是谋划大学独立的良策。因此，平素温和的蔡元培在此关头提出了一个彻底解决的主张：“对于北大及其他北京国立各校之根本救济，鄙意宜与北京政府划断直接关系，而别组董事会以经营之。”“北大校务，以诸教授为中心。大学教授由本校聘请，与北京政府无直接关系，但使经费有着，尽可独立进行。”然而，使偌大的国立大学脱离“国立”，如何能使经费有着呢？蔡元培提出国立八校可脱离与北京当局的关系，另组董事会，由董事会来筹措资金。在董事会成立前，另想应急之法。如北大每年办学经费70多万，可先由学生每人筹300元，以2500个学生总计则可得75万元。[25]民间是否有能力支撑起北京大学这样的国立大学，尚且成问题，而让学生筹款维持，就更近于空想了。1922年10月，北大仅仅因为准备在学生中增收一元多的讲义费就引来了学潮，现在更不用说靠学生来维持整个大学的运转了。早在1920年7月，北京大学评议会就通过了募款规章，向民间筹款。[26]蔡元培1920年底到1921年8月出国，一个重要目的就是在海外筹款。但是，要求得北京大学在办学上的完全独立，无论是就当时的政治形势，还是民间经济实力而言，都是难以做到的。不要说完全靠民间筹款办学不可能，即使蔡元培在1927年政权交接之时所提出的让国家教育经费与军政各费完全分开、独立拨付的提案也无法获得通过。[27]
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