高校现代化治理改革必须遵循一定的原则，从总的原则来说必须要做到“三个有利于”，即有利于经济发展、有利于实现大学本质功能（有利于人才培养、有利于科学研究、有利于服务社会）、有利于资源配置。从具体做法来看必须要做到“一个平衡”，即共性与个性的平衡：规律性与多样性相结合、稳定性与灵活性相结合、方向性与多样性相结合。
一、高校现代化治理改革的“三个有利于”原则
（一）有利于坚守高校的本质
高校的本质是什么，这个学术界还没有统一的观点，比较有代表性的是：从高校的运行角度分析认为高校的本质是学术自由，即高校的一切都是围绕学术自由展开，高校应有独立的思想，自由发展。曾任柏林大学校长的费希特是这一观点的典型代表，他认为大学要追求“独立探索真理，不计较功利，为学术而学术”、大学要有“教的自由和学的自由”[8]。从高校的组成要素看，有的学者认为高校就是人的集合，主要是教授的集合，例如梅贻琦认为“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，大师之谓也。”[9]有的学者认为高校是多种组织的集合。从多元发展的角度，很多学者认为高校是多元的，无法用一种本质去进行概括。以上学者的分析都各有道理，而且对当前的高校治理现代化改革也都具有借鉴意义。高校的本质是学术自由，体现了从成立之初到现在高校发展的重点；高校的本质是人和机构的集合，可以让我们在高校改革中做到以认为本；高校是多元的，可以让我们从多角度分析高校的发展。但是三个观点在我国的高校治理现代化改革的背景下也有各自的缺陷，过分强调学术自由有可能让高校发展脱离社会现实；只强调高校内部的人和机构容易导致高校在改革过程中忽视我国经济、政治等的外部环境；从多元的本质看待高校又失去了改革的重心。因此，为了能够更好地指导高校治理现代化改革，我们可以从高校的功能角度界定高校的本质。
高校产生之初，一些教师致力于为社会培养精英，于是高校有了最初的人才培养的功能。随着近代科学的发展，高校利用自身拥有精英的优势开始进行科学研究，高校的科研的功能出现。到了当代又强调高校的开放性，高校的服务社会功能开始显现。高校的功能就是这样随着社会的发展不断调整，但是科学研究与社会服务功能实际上都在人才培养的目标下衍生出来，高校的核心功能仍然是人才培养。如弗来克斯纳认为，“大学是学问的中心，致力于保存知识，增进系统的知识，并在中学之上培养人才。”蔡元培认为大学要“教授高深学问，养成硕学闳材。”[10]可见高校功能就是高校要实现的目标，任何改革都应围绕这三个目标，尤其是人才培养的目标展开。育人才是高校的本质，我国部分高校的改革偏离了这一本质，盲目追随市场的脚步，忘记了教师和学生才是学校的主体，其改革必将是失败的。
（二）有利于经济发展
我国经济进入转型的新时期，当前产业结构调整以及建设创新型国家是我国经济发展的重点。由于高等教育相对的封闭性和滞后性，因此在发展过程中落后于经济调整，这导致高校在发展过程中出现资金不足、适应性不强等问题，因此要进行高校现代化治理改革必须从经济调整的情况入手，从有利于经济发展的原则出发。
首先，高校改革必须和产业结构调整相适应。产业结构调整必然对人才的需求和人才知识结构要求发生变化，高校改革必须感应到这种变化，调整人才培养的模式、创新人才培养机制，做到整个高等教育都是以市场需求为导向的，高校所培养的人才是符合社会需要的，从而实现高校价值，促进高校的可持续发展；适应社会发展的人才需求，促进创新型国家建设。
其次，高校改革必须具有市场思维。无论是高校内部改革还是外部关系的调整，都需要具有市场思维。一方面，政府应给高校更多的自主权，充分发挥市场在高校资源配置中的作用，在国家资源投入有限的情况下，高校应从自身优势出发，实行产学研结合，引入社会与市场资金为高校发展服务。另一方面，高校内部的人事、劳动、分配等制度的改革也必须要讲究效率，健全激励机制、完善评价体系，在学校内部运用市场手段营造尊重知识的氛围，提高教师的积极性。通过改革，促进科技与经济的结合，为我国经济发展服务。
（三）有利于资源配置
高等教育的资源配置可以分成两个层次：宏观层次的教育资源配置是指教育资源如何在不同地区、不同高校的分配；微观的教育资源配置是指高校内部如何合理分配和利用资源。无论从哪个层次来说，我国的教育资源都是有限的，因此高等教育的资源配置是否合理对于高校发展意义重大、对高等教育事业发展至关重要，甚至会影响到我国社会的发展进程。而资源配置无非是两种方式，市场方式和计划方式，两个方式各有优缺点。
计划配置资源从宏观上能够保证高等教育资源的配置从国家整体利益出发，将高校发展与国家总体发展相协调；从微观上能够保证高校集中人力、物力、财力进行重点建设。但是计划配置资源容易限制社会、市场和高校在高等教育发展中的积极性。计划配置高等教育资源容易出现高校发展筹资渠道单一、资源浪费现象严重、高校人员活力不足等问题。市场配置资源能够实现教育投入的多元化、激发社会、市场参与高校管理的积极性、提高高校资源利用率，增强高校发展的活力。但是市场配置资源容易出现资源分散、忽视高校发展的主导功能、不能保证公平等问题。综上所述，高校发展的资源配置必须将计划与市场完美结合，充分发挥二者的长处，既要改变计划经济时代的一切以计划为主，也要矫正改革开放以后高校发展的产业化趋势。高校治理现代化的改革也必须从有利于资源配置的角度出发，保证各项改革在国家宏观调控下市场的基础性作用。
二、高校治理现代化改革的“一个平衡”原则——共性与个性的平衡
高校作为特殊的社会组织，其类型多样，既有公立高校，又有民办高校；既有省属高校，又有归属教育部的、市属的高校；既有单科性高校，又有综合性高校。高校治理现代化的改革需要在符合我国教育发展规律的基础上针对不同类型的高校采用不同的方法。因此必须把握高校治理现代化改革的共性与个性的尺度，在二者之间寻求一种平衡。
（一）规律性与实践性相结合
高校现代化治理改革必须符合高等教育发展的规律，世界高等教育在发展过程中呈现一定的规律，例如李霞等人就在文章中提到“高等教育的发展有其自身的规律，人们总是不断地探求其规律。专才教育和通才教育相结合；注重对学生学习能力的培养；坚持高质量要求，实行淘汰制，这三个就是高等教育发展的规律，掌握这些规律以期能够有针对性地掌握整个高教良性发展的主线索。”[11]西方国家在发展过程中根据高等教育发展规律摸索出了适应他们社会发展的高等教育管理模式，我们也应该在治理理论、新公共管理理论等先进理论的指导下制定符合我国高等教育发展规律的方针、政策，以避免高校治理现代化改革出现偏颇。
教育问题并不是独立存在的，它必须和政治问题、经济问题、文化等问题共同存在，因此我国的高等教育发展规模，发展模式也必须与社会发展状况相适应。在实践中，高等教育必须为政治、经济和社会发展服务，高校教育必然会随着政治、经济和社会发展而进行调整、增强适应性。在遵循高等教育发展客观规律的基础上，适应时代的发展，并积极推进历史前进，这才是高校治理现代化改革需要追求的目标。
（二）稳定性与灵活性相结合
高校现代化治理改革必须形成常态，因为任何一项改革都是建立在深入的调查研究和充分论证的基础上的，都是具有科学依据的。我国进行高校现代化治理改革是符合我国政治、经济、社会发展要求的，是符合高等教育发展规律的，因此在实践中必须坚持把这项改革进行到底，从而解决我国高校发展中遇到的各种难题。当然在改革的过程中，我们也会遇到各种各样的问题，改革的具体措施必须随着客观情况的变化进行适当的调整。高校治理现代化改革若缺乏稳定性，必然会造成混乱，影响高等教育的发展；若缺少灵活性也难以满足社会发展的需求，影响改革的效果。
（三）方向性与多样性相结合
高校现代化治理改革必须符合我国社会主义的办学方向，必须坚持党的领导。要在全国形成高校治理现代化改革的氛围、要有统一的高校治理现代化改革的规划。高校不能盲目地发展，必须是从整体利益出发，符合我国创新社会治理体制的要求，坚持我国社会主义市场经济的发展方向。高校现代化治理改革的方向是任何时候、任何高校都必须严格遵守的。但各高校可以根据自身的情况，进行多样化的尝试。例如“浙江大学城市学院尝试美国西点军校管理模式、民办高校尝试ISO管理”等。只有在国家“掌舵”的基础上，各个高校用不同的方法朝一个方向“划桨”，才能创造出具有个性的高校，培养社会所需的优秀人才。
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