1917—1942年是协和历史上的第一个黄金时代。设定高标准需要雄心，而坚持高标准，更需要勇气和智慧。
1920年4月间，洛克菲勒基金会召开了“盖内农庄会议”，在这次重要会议上，对协和医学院的教育方针进行了激烈讨论。当时，北京协和医学院第一任校长麦克林，已经开始担忧：对于协和财务上的过分关注，可能会引导洛氏驻华医社降低建校标准，不再是当初设定的“世界一流”，而是一个强调数量重于质量、几乎不提科研的平庸医学院。年轻的校长直言，像这样的医学机构，对他没有任何吸引力。
为了向基金会进一步强调坚持高标准的重要性，年轻的校长起草了协和医学院的科学宗旨，最后在这次会议上获得了通过，包括三条：一、可与欧美最优秀的医学院相媲美的高水平的医学教育；二、提供科学研究的机会；三、现代医学和公共卫生知识的传播。
虽然在会后不久，麦克林因为希望在美国继续从事医学专业而辞职，但在离开协和之前，他仍在用自己的智慧坚持着协和的办学标准。协和的“拒绝沦为平庸”的坚持，不只是几个人的努力。在他辞职之后，董事会决定让胡恒德担任代理校长。此前胡恒德已在年轻校长去美国服兵役期间，代理校长任务。纵观胡恒德对协和医学院的贡献，可能最重要的就是，在这段对于协和而言极其重要的起步阶段，他总是能不计个人得失地接受来自董事会的任何不确定、不明朗的任命。如果没有他，很难想象如何度过那些起步阶段的困难、不确定和危机。后来，他成为正式的校长。
1924年，洛克菲勒基金会就成立以来的十年进行总结，对协和医学院一定要建立在坚实、独立的基础上谋求发展的观点给予肯定，这与1921—1924年中国动荡的政局，形成了鲜明对比。
1928年，顾临作为代理校长。到1934年，开始出现一些危机。这一年，纽约方面已经开始意识到在洛克菲勒基金会、洛氏驻华医社、协和之间职责不清、管理混乱，希望已在美国芝加哥大学任教的胡恒德前往中国，去进行一项关于CMB-RF-PUMC（洛氏驻华医社-洛克菲勒基金会-北京协和医学院）的组织机构的研究。芝加哥大学给了胡恒德一年的假期。
抗战爆发后，协和面临着随时被关闭的危险。尽管如此，在日军管制协和之前，因为每一任管理者的坚持，协和一直在实践“世界一流”标准。在日军管制协和之后，医学院及医院均停办，协和大夫纷纷另找出路，有条件的美国医护人员不得已离开中国。
在这段纷乱时期，幸运的是协和图书馆、病案室完好无损。当时的协和图书馆中，除了西医课本外还有一批传统中医的藏书。这些书籍被复制在微型胶片上，至今仍珍藏在美国国会图书馆里。当时的日本少佐松桥堡，战前曾到过协和这家亚洲最大的医学图书馆，知道它对于科学有多么重要，所以未加破坏。当他奉命到病案室销毁病历时，在病案室主任王贤星的坚决反对下，也居然同意保留。
到了1945年夏，已看到美国飞机掠过北平上空，身陷囹圄的医生们深受鼓舞。胡恒德这一年被释放出狱，他迅速视察了协和，医学院的结构尚未破坏，但校舍已脏乱不堪，许多可移动的设备已难觅踪影，发电厂设备需要彻底更换。胡恒德去纽约向董事会提交了报告，这成了规划协和复校的第一步。
1946年春，洛克菲勒基金会做出一个决定：派考察团去战后的中国，了解一下在这个经历过八年抗战的国家，医疗卫生是什么情形。考察团由洛克菲勒基金会医学科学部主任、哈佛大学医学院院长、协和医学院外科教授娄克斯等组成。他们在中国行程两个多月，访问了北平、上海、南京、张家口、成都、重庆等地。
他们审视的远东局势是：战后中国经济萧条，农田荒芜，铁路中断，城市破烂……但这也许是在中国继续开展医学教育的机会。因为抗战使得大批百姓背井离乡，冲淡了穷家难舍的乡土观念；国语和英语教学的推广，打破了封锁的地方主义；科学逐渐占上风，西方文明开始渗透。从1936年到1946年，中国的物价水平上涨了四五倍，但中国以农为主的国家性质，将有助于其经济的恢复和巩固，从长远看前景还算乐观。1946年的洛克菲勒考察团主要成员：洛克菲勒基金会医学科学部主任Alan Gregg，协和医学院外科教授娄克斯（Harold H．Loucks），哈佛大学医学院院长Sydney Burwell。他们行程两个多月，访问了北平、上海、南京等地，以审视远东局势，了解八年抗战后的中国医疗卫生
当时的中国大学，则存在着普遍的管理问题：对中央政府的权威有很强的依赖，一些学校的领导缺乏管理经验，财政上缺乏稳定的来源……医学院也一样，每三万七千五百人中才有一名医生。战争破坏了医学院的校舍和仪器设备，学校经费不足。而中国医学教育发展的最大障碍是缺乏合格的教师，在当时的二十八所医学院校中，只有不到一千名教师。
董事会对中国情况再次进行了评估，认为当时中国所需的医学援助过于庞大，这会耗尽任何一个私人基金会的全部资金。四亿五千万人的医疗需求和恶性通货膨胀、硬性规定的汇兑率，使得在中国的资金投入效率，会大打折扣，必须用有限的资金投入，换来相对更大、更持久的效果。而基金会希望在中国扶持医学教育、预防医学，这个目标已通过协和医学院实现了一部分。截至那时，协和医学院虽然仅培养了一百七十八名护士，三百五十名医师和三千多名进修生，但已以“小、精、尖”闻名于世。协和已成为中国医学专业教育高质量的象征，“协和人”也成为医术、医德双重高峰的典范。抗战后，为争取和平调解国共两党的分歧，军事调处执行部就设立在协和医学院。当时中国迫切需要的是医学教育，而基金会应集中力量，重振“协和医学院”的威名，这将是一个明智和经济之举。洛克菲勒基金会对充当桥梁与试验田的协和医学院，寄予了无限期望，期待它能产生新的历史意义。
1946年1月至1947年5月，设在协和医学院内的军事调处执行部。左起，中共代表叶剑英、美方代表马歇尔、国民党代表郑介民
像第一个黄金时代一样，协和不希望降格为“通用标准”的牺牲品。基金会坚持：教学的质量高于一切，这比扩大招生或者增加短期培训班都要重要。医学生能否走完八年的求学道路，很大程度由学生的品格和能力决定。医学院的教员应当专职，从制度上保证他们全身心地投入教学和临床工作，不得在院外开业，不允许从院内病人身上接受好处。继续邀请国外医学教育家担任客座教授，基金会将恢复一年一度的拨款。当时管理协和财务的最大困难是外汇汇率的不稳定，在协和建立之初不到一个银元可换一美元，到了40年代要用两千四百八十元纸币换一美元。对这段时期的协和来说，计划和预算是每个月的工作，这是美国医学教育中从未有过的开支状况。“世界上没有任何医学院的预算像协和医学院的预算那么复杂。”
李宗恩被任命为第一次协和复校后的新校长，他一回到北京，便马上着手筹办这一耗时费力的复校任务。李宗恩此前曾在协和医学院任教十四年，1937年越过多道军事防线来到中国西南，在贵阳筹建了贵阳医学院并担任院长。
北京协和医学院正式复校开课时，人体解剖学是靠从北京大学“借来”的两具尸体开课的，显微解剖学幻灯片则是从散落在楼内各个地方的杂物堆中找回的。复校后的协和，像一块磁石吸引了散落在各地的协和人重新回家，他们的归来使得协和迎来了历史上的“白银时代”。
聂毓禅带着五十名学生和教师，离开成都经过一千九百公里的跋涉，回到北京，开始为秋季重开协和的护理课做准备。
林巧稚1948年5月回到协和妇产科。
1948年秋，张孝骞从湘雅重返协和，担任协和医院的内科主任。展现在他眼前的协和，除了绿色琉璃瓦下的建筑群依旧，人员设备都已残缺不齐。内科只有十五张病床，各实验室的仪器设备空空如也。他和内科副主任一起，到各个库房仔细查找可用的设备，把已经拆散的仪器拼凑起来继续使用。
1949年北平解放，因协和医学院的情况特殊没有被新政府立即接管。学校的美国高级职员回国述职。
1950年协和医学院和护校均招收了二十五名新生。校舍外部重新刷漆，订了全年的购煤合同，购买并安装两台新锅炉的计划已提交董事会。六十万美元的下一年度拨款已获认可，包括官方要求的将工资总额的2％拨给新成立的医学院工会。
这年11月，中国参加了朝鲜战争。当时正在美国的四位协和美国职员，取消了回北京的船票，辞去了在协和的职务。娄克斯在给李宗恩的信中说：“美国人从你们中间销声匿迹，或许正是塞翁失马安知非福。”美国财政部正式冻结了所有与中国有关的金融业务以及与中国有关的银行账户。娄克斯在美国寻找着给协和汇款特别许可证的可能。1951年1月，李宗恩给洛克菲勒基金会洛氏驻华医社发去电报：“1月20日本院收归国有。”这是来自协和的最后的直接通话，合作自此戛然而止。1951年1月20日，协和医学院、协和医院由中央人民政府教育部和卫生部全部接管，仍由李宗恩担任校长，学校的组织结构和规章制度不变。经费由教育部拨，教职工原职原薪，学生可领人民助学金，校名改为“中国协和医学院”，协和医院定名“北京协和医院”。
1946年9月6日，护校学生回到协和，前排中间是聂毓禅和胡适
1949年10月9日，是协和师生回家的那天。这是协和第一次复校团圆
这一天距离小洛克菲勒第一次来中国参加协和的开幕典礼，差不多是三十年的时间。他写信给一位朋友，“我们不应认为这将意味着，这所学校的用武之地提前终止了，其实不过是换了一种管理而已……让我们希望、祈祷和相信，所有一切必将有最完美的结果”。
1952年一份来自政务院政文字119号的命令决定了协和移交军委：“为加强国防建设，决定自1952年1月1日起，中国协和医学院划归中国人民革命军事委员会建制。”1952年，全国护理教育被纳入中专学校，协和的高级护校停止招生，改为中文授课。那个曾经让聂毓禅来去颠簸共四个月的迁徙办学，并没有能保住协和护校。多年后，聂毓禅回忆起来，仍觉遗憾：“我对每个运动虽都不甚理解，但我重视它们的意义，也从中吸取到不少教益。唯独对取消全国唯一的高级护理教育，我百思不解，深感痛心。我国的护理事业在医学界本是薄弱的一环，不但人数不足，质量更跟不上需要。本来我希望在接管协和护校后，能在培养高级护理人才方面做出一点贡献，效劳祖国。在大动荡的岁月里，无论什么情况，都没能动摇我坚定的意志。谁能料到我十年的挣扎却成泡影，高级护校竟断送在我的手中，实为终身憾事。”
这样的命运很快也落到医学院身上。1953年协和医学院停招医学生，改为“为全军培养高级师资和提高部队医务干部水平”，向干部进修学院过渡。1957年，协和二度停办。
协和，依旧是一个“激动人心的故事”。在新政府对协和的调整中，把协和当成一个“人才库”，曾抽调出不少骨干去协和之外建立新的医疗机构。当时任协和医院内科主任的张孝骞担心，这样的调整对保存协和整体及日后发展考虑不够，是“拔萝卜”而非“割韭菜”，破坏了技术队伍的结构和完整，不利于“高级医学人才”的培养。对协和医学院1953年停止招生，张孝骞也一直持有不同意见。他认为新政府领导下的中国，仍然需要一所较长学制和高水平的医学院，致力于培养高水平的医、教、研人才。虽然在当时，由于协和的历史背景，不少人害怕再提老协和，怕被扣上“崇尚资本主义医学制度”的帽子。
1957年11月25日，卫生部正式通知：中国协和医学院与中国医学科学院合并，称中国医学科学院，附属医院称北京协和医院，受中国医学科学院领导。1933届协和毕业生黄家驷被任命为院长。这一年，张孝骞毅然向中央上书，建议恢复协和长学制医学生教育。
“建国以来，由于国家的迫切需要，医学教育不得不照顾数量，缩短年限，因而降低了质量，这是一时的权宜，原是迫不得已的。其中主要的缺点是在错误地强调了全国医学教育的一致性，没有在某些具备条件的医学院为国家培养一部分质量较高的医学生。这个错误的影响，在医学科学研究亟待开展的今日表现得特别明显。现在医学院学制仍为五年制，而且医预课程极不充实，生物、物理、化学三门课的总时数只有五百零四学时。在基础医学和临床医学方面，由于学生人数过多，师资、设备、病床都感缺乏，教学也很不够理想。”
他极力主张，从速开办几处年限较长、学生人数较少、基础课程较好、教学质量较高的医学教育中心。在这样的前提下，他进而分析了协和医学院的状况，认为协和虽然在短期内脱离了医学生教育，还是具备了恢复这项工作的有利条件：多年的教学经验与教学方法，还没有遗忘；教学组织与较高级教学人员，还没有完全拆散；不少教学设备，还是原封未动。“因此协和还是可能作为一个名副其实的医学院。更重要的一点是，协和不像其他医学院，没有负担着成千的医学生，因而可以很快地辟为比较小型的医学院，以适应部分提高医教质量的要求。”他建议协和早迈一步，尽快招收医学生。
协和教务处组织全院进行讨论，临床科室一致赞成，但终因基础科室更愿意搞科研出成绩，反对浪费过多的时间在教学上而否决。直到1959年提出“普及与提高相结合”，张孝骞的教育思想才逐步为人们所理解。这一年，以原协和医学院为基础，恢复了八年制的医学院，命名为“中国医科大学”。卫生部委托医科院党委负责筹建和领导，提出了一个特殊的领导体制：一个领导班子（党委），一套组织机构，两块牌子，两个任务（简称“一一二二”）。校长为中国医学科学院院长黄家驷，张孝骞是副校长之一。复校后的三年医预班学习，安排在北京大学生物系。解剖、生理、生化等需要的显微镜和实验设备，一个学生一套。人体解剖两个人一组，每组一具尸体。进入临床后，每位学生一副听诊器、一套血常规化验用具。
1985年6月5日，张孝骞在日记中记载：“下午参加医大和医院更名仪式，医大为中国协和医大，医院为协和医院。会上谈协和的优势和贡献。回忆1951年接受协和时我与部分教授联名上书及1957年建议恢复招收医学生以及为此而二三十年中受的批判，不禁感慨系之！”
60年代初期的协和是“解放接收后的最好时期”，也是协和的第二个黄金时代。直至1966年发生“文化大革命”，教学停止，1970年奉命停办。在这段黄金时代，推出了《医院工作41条》，总结出了“三基三严”的协和文化，此外还有著名的协和“三宝”。协和医院根据培养医学生的需要，也进行了调整和整顿，致力于技术队伍的合理配置和结构完整，并根据新形势恢复了部分正规医疗制度。从张孝骞1985年7月18日的日记中可以看到他对这段时期的评价：“……医院在60年代初起始有所整顿，可以说是解放接收后医院的最好时期，现在科内领导和骨干主要是该时期培养出来的。由于积重难返，目前内科还远远没有恢复到60年代前半段的程度。”
今日协和内科主任沈悌，在参加2006年由协和医大学生会发起的“协和校友沙龙”时，说到了1959年复校后协和第二个黄金时代的情况。他是1959年复校后的第一批学生之一。主持人问沈悌：“您上学的年代——上个世纪60年代对我们已经是非常遥远的年代了，今天我们所见只是协和的房子、教授的黑白照片，已无从感受老协和校园的氛围。您能不能给我们讲一讲学生生活给您留下的最深刻感受以及您印象最深的教授？”
沈悌回答：
小时候不知道什么是学术，只知道协和医院的医生是高级的。发烧了要找诸福棠看，眼睛有病要找张晓楼看，印象中这些优秀的医生都出自协和。等我们考了协和后，头三年在北大，是另外一个天地，北大的学术气氛和文化给我很深的印象。后来跟你们一样回到协和，协和宫殿式的小楼、花园至今很漂亮，小而精巧。国家很重视1959年复校第一年，开学典礼在小礼堂，黄家驷校长亲自请吃饭。
在基础课上我们开始领略协和的风采。开始是解剖学，解剖的第一堂课由张鋆教授讲。他是中国解剖界的第一人，当时已快有八十岁的高龄，不仅知识渊博，最拿手的是双手画解剖图。后来各位老教授都给我们讲课，觉得能听到很荣幸。“文化大革命”当中的基础课上，教解剖的张炳常老师人比较胖，外号叫胖胖，是美国在华国共合作军调部翻译，住在你们现在宿舍的五楼。我和张老师是上下铺。这位老师后来去管毛主席纪念堂了。
临床上的老师就太多了。给我印象深的，如外科吴蔚然教授，北京医院院长。他讲肛肠疾病，从直肠齿状线开始，讲到肛瘘的形成，一步一步地从解剖到临床，讲得特别清楚，所以我们的记忆特别深。协和的医生不仅水平高，而且绝大多数都是非常优秀的老师，循循善诱，能够深入浅出，讲课特别生动。
第二次复校后的协和教学大楼，内部的建筑设计：教室、实验室、学生宿舍、食堂……都是黄家驷按照老协和标准设计的。只要有一点偏差，就会提：“这点没协和严，那点没协和细。”他亲自选聘老协和毕业生、长期在老协和工作的教授担任医大的教研室主任，自己参加胸外科讲课。1964—1966年间，教育长章央芬带头和学生同吃、同住、同劳动，与学生打成一片。
协和第二次复校。1959年9月5日在协和礼堂举行了第一届开学典礼，六十五名一年级新生、二十九名四年级插班生分别进入医预科和校本部
1960年，周恩来签署的黄家驷校长任命书。当时的协和，叫作“中国医科大学”
协和的第二次复校堪称第二个黄金时期。1962年冬天，黄家驷校长（二排右二）与八年制医预科学生在校门口合影
“文革”后恢复高考，黄家驷院长与高等教育部部长协商，希望从长远看，继续办八年学制医学院。“文革”后再次恢复协和医大，张孝骞也是积极推动者之一。1979年国家批示，恢复“中国首都医科大学”，设医学专业学制八年，医预科在北京大学。六年后改名为“中国协和医科大学”，恢复高级护理教育。在关系中断长达二十八年后，协和与美国的洛氏驻华医社重新建立了联系。洛氏驻华医社于1980年拨给协和一百五十五万美元，五十五万专门用于更换协和老建筑中的旧管道。黄家驷会见了约翰斯·霍普金斯医学院的院长，恢复了两所学校之间的联系。1987年9月，协和七十年校庆，一本叫作《话说老协和》的书出版。一位参加编辑的北京市政协文史办公室的工作人员回忆说：“1985年前后我们大胆地把征集北京协和医学院的史料列入工作计划。用‘大胆’二字，是因为在当时的条件下，人们的思想还没有今天这样解放。记得有一位领导同志就曾经很‘那个’地跟我们说：你们敢碰协和这个题目，胆子不小啊！”这个学校的背景和历史曾让人讳言，虽然它培养出来的医生照亮了中国医学天空。
1981年黄家驷（左六）接待来访的约翰斯·霍普金斯大学医学院的代表团
回顾协和九十年的历史，除了坎坷曲折，还有光荣和梦想。在人们面前，它展现的是一种顽强的生命力的延续，是几代人演绎的传奇。
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