疾病的早期诊断

蛋白质组学研究在疾病诊断，尤其是在癌症的早期诊断中具有重要意义。目前已经对多种癌症进行了研究，如肝癌、肺癌、卵巢癌、结直肠癌、前列腺癌等。由于肝癌的早期诊断治疗有助于提高治愈率和术后生存率，因此寻找用于早期诊断的理想标记物和相关蛋白也备受关注，而蛋白质组技术的应用拓展了肝癌病变过程中关键蛋白质分子的筛选。如Ou等通过对人类肝癌细胞系29个异常蛋白斑点的nESI-MS/MS鉴定，发现了部分肝癌相关蛋白，包括磷酸酪氨酸磷酸酶激活物、RNA结合蛋白调节亚基、复制蛋白和N-乙酰神经氨酸磷酸合成酶。

肺癌蛋白质组学研究主要集中于诊断和分型，包括筛选肺癌分型的关键蛋白质分子、寻找用于肺癌早期诊断的分泌蛋白以及预测预后的相关蛋白、建立肺癌蛋白质表达数据库等方面。如Hirano等对57例原发性腺癌病例标本分析发现80.7%和91.2%的病例分别表达TA01和TA02多肽，而转移腺癌病例没有发现TA01和TA02，提示TA01和TA02高表达对原发性肺部腺癌组织学分型诊断及原发性、转移性腺癌的鉴别诊断意义较大。

Stulik等通过对结直肠癌组织、癌前病变组织及正常结肠黏膜组织的比较蛋白质组学分析，发现癌变组织中有57种蛋白质的表达量显著增加或降低。用生物质谱对其中的18种蛋白质进行鉴定，有9种蛋白质在癌前及癌变组织有显著改变，提示这些指标可用于结直肠癌的早期诊断；另有9种蛋白质仅在癌变组织中表达增加，也可作为特异性诊断指标。

CA125作为传统的卵巢癌的诊断指标，存在灵敏度低、特异性不强的缺陷。目前，利用蛋白质组研究技术可以有效地寻找卵巢癌理想的生物标记物。Petricoin EF等应用新的蛋白质芯片系获得卵巢癌特异指纹图，并通过盲法检测个体，结果50例卵巢癌全部被检出，该法筛查卵巢癌患者灵敏度达100%，特异性达95%，阳性预测值为94%，远优于CA125。

目前临床上多采用游离PSA和总PSA的比值来诊断前列腺癌，这在诊断特异性上比单纯PSA提高25%～35%，使得前列腺癌和良性前列腺增生的区别诊断更为准确，但这一现象的分子水平机制尚未阐述清楚。Charrier等利用蛋白质组学技术对这一现象的可能原因进行了分析，并且Alaiya等对来自前列腺增生和前列腺癌患者的组织细胞进行对比分析，发现9种蛋白在前列腺癌中显著增加，而原肌球蛋白-1、原肌球蛋白-2较前列腺增生降低。

蛋白质组学技术对筛查早期诊断癌症的标记物的研究虽然蓬勃开展，但是由于存在肿瘤组织的异质性、标本处理后蛋白质种类范围过窄、蛋白质组学技术体系的灵敏度、重复性、通量、自动化等问题，蛋白质组学应用于癌症的早期诊断仍处于研究阶段。