眼耳鼻咽喉口齿唇舌疾病是人类认识最早的疾病种类之一。原始社会人类多是以群居狩猎为生，大声叫喊的机会较多，而且由于饮食多以粗糙食物及动物骨肉为主，所以咽喉、口舌牙齿以及听觉损伤的疾病发生的概率相对较高。
夏商时期人们开始应用龟甲兽骨进行简单的文字记载，甲骨文卜辞中就有“丧明”“疾目”“疾耳”“疾自”（表示鼻病）“疾口”（表示口病）“疾言”（表示言语音声疾病）“疾齿”（表示牙齿疾病）“疾舌”（表示舌病）等有关耳鼻咽喉口齿疾病的记载。据史料记载，殷高宗武丁（公元前1324—前1266年）曾因患咽喉疾病，而由医师主持祭祀过祖宗。
西周至春秋战国时期，有关耳鼻咽喉口腔病的记载在一些诗词作品中逐渐增多。例如《礼记·月令》记载：“季行夏令，则其国大水，冬藏殃败，民多鼽嚏”。《礼记》中尚有“瘖”“聋”的记载等。《周易》有“耳痛”；《周礼》有“九窍之变”；《吕氏春秋·尽数篇》有“形不动则精不流，精不流则气郁，郁处于头为肿为风，处耳则为挶为聋……处鼻则为鼽为窒”；《山海经》有“聋”“嗌痛”等。
据《史记·扁鹊仓公列传》记载：扁鹊“过雒阳，闻周人爱老人，即为耳目痹医”，可以说扁鹊为我国医学史上第一位五官科医生。
长沙马王堆汉墓出土的《五十二病方》记载耳鼻咽喉口腔疾病有：聋、耳疆、鼻肍、嗌痛、益睢、鼻块等。
《黄帝内经》不仅奠定了中医学发展的理论体系，其中关于五官科方面的论述也极为丰富。《黄帝内经》虽无五官科医案记载，但几乎篇篇均涉及五官科方面的内容，其中《灵枢·忧恚无言篇》可以说是五官科的专篇之作。
《黄帝内经》强调人的整体观，在诸多篇目中阐述有关眼、耳、鼻、咽喉、口齿的解剖、生理、病因、病机、临床证候、治疗原则、针刺疗法等。在生理解剖方面，《灵枢·大惑论》：“五脏六腑之精气，皆上注于目而为之精，精之窠为眼。”《黄帝内经》首次从解剖学的角度提出目、眼眶、内眦、外眦、约束、络、白眼、黑眼、瞳子、目系等名称，而对生理功能描述尤为详细。《灵枢·忧恚无言篇》：“咽喉者，水谷之道也；喉咙者，气之所以上下者也；会厌者，音声之户也；口唇者，音声之扇也；舌者，之机也；悬雍者，音声之关也。”
《黄帝内经》从整体观出发，将五官配合五脏以阐述生理功能。《素问·阴阳应象大论》：“心主舌……在窍为舌”“肝主目……在窍为目”“脾主口……在窍为口”“肺主鼻……在窍为鼻”“肺气通于鼻，肺和则鼻能知香臭矣”“肝气通于目，肝和则目能辨五色矣”。
《黄帝内经》论及五官病证30余种，如：目赤、目痛、目似脱、视歧、善泪、耳聋、耳鸣、耳中有脓、耵聍、鼽嚏、鼻衄、鼻渊、喉痹、喉塞、猛疽、口糜、口疮、齿痛、龋齿等。
《黄帝内经》对于五官科疾病的治疗分药物治疗与针刺治疗两种，而以针刺治疗为主。如《灵枢·九针》篇有曰：“病生于咽嗌，治之以百药。”《灵枢·寒热病》篇有曰：“暴瘖气鞭，取扶突与舌本出血；暴聋气蒙，耳目不明，取天牖……暴阐内逆，肝肺相搏，血溢鼻口，取天柱”。《灵枢·厥病》篇有“耳聋无闻，取耳中；耳鸣，取耳前动脉；耳痛不可刺者，耳中有脓；若有干耵聍，耳无闻也。耳聋，取小指、次指爪甲上与肉交者，先取手，后取足。耳鸣，取手中指甲上，左取右，右取左，取小指，先取手，后取足”。《灵枢·杂病》篇有“嗌干，口中热如胶，取足少阴……喉痹不能言，取足阳明；能言，取手阳明……齿痛，不恶清饮，取足阳阴；恶清饮，取手阳阴。聋而不痛者，取足太阳；聋而痛者，取手阳明。衄而不止，衃血流，取足太阳；衃血，取手太阳；不已，刺宛骨下；不已，刺腘中出血”等论述。《黄帝内经》应用针刺治疗耳鼻咽喉口腔疾病的用穴至今仍为临床所常用。
《神农本草经》载药365种，其中论及眼病治疗药物70多种，耳鼻咽喉口腔疾病的药物有50余种。如通窍聪耳治聋的菖蒲、远志、磁石、泽泻、鸡头实；利九窍的细辛、大枣、木通；治头眩痛的防风、菊花；治疗头痛的芎䓖；喉痛口疮的升麻；咽喉肿痛的半夏；喉痹的桂枝、贝母、款冬花、杏仁；辟口臭的紫苏；治口干舌燥的石膏；治疗酒疱齄鼻的栀子等，这些药物大多数至今仍在应用。
东汉时期，张仲景著《伤寒杂病论》，该书有很多地方涉及五官疾病，甚至有专篇论及，如讨论全身疾病中涉及眼部病症，提出“目赤”“目黯”“目不识人”等。在《伤寒论》少阴篇论述少阴咽痛，并进行辨证施治，运用一系列方药进行治疗，如猪肤汤、甘草汤、苦酒汤。在《金匮要略》中，首次描述梅核气及其半夏厚朴汤专用药。张仲景在五官疾病用药制剂上也是多样化，提出了抢救危重病人的滴鼻法、吹鼻法给药，并提出用雄黄、葶苈治龋。据文献记载，张仲景曾著《口齿论》一卷，可惜早已亡佚。
在《史记·扁鹊仓公列传》收载的25个病案中即有口齿疾1例，并且认识到龋齿的发生与“食品而不漱”有关。由此可见，当时已经重视耳鼻咽喉口齿的养护与医案的记载了。
东汉末年名医华佗，“见一人病咽塞，嗜食而不得下”，命其服用大蒜汁，“立吐蛇一枚”而愈。据分析，此患者当属咽部因寄生虫堵塞所致之“吞咽困难”的重症患者。华佗尚著有《中藏经》一书，此书流传较少。但据孙思邈所集之《华佗神方》来看，其中亦不乏耳鼻咽喉口腔科的内容。
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