宋金元时期五官科医案逐渐增多。至北宋元丰年间，太医局将眼科从耳目口齿科中分离出来。从此眼科作为独立学科，并有口齿兼咽喉科。
北宋王怀隐撰《太平圣惠方》，有耳鼻咽喉口齿内容四卷。卷三十二、三十三两卷作为眼科内容，收载眼科病症60余种，治疗眼病方剂达500多首。
《圣济总录》载耳鼻喉科内容12卷，眼科内容12卷，收方760余首。在手术方法上介绍钩、割、针、镰等法。外治法有熨、烙、淋洗等。
宋代陈无择《三因极一病证方论》在眼科方面最早提出“八廓”一词，在病因学方面对五官科影响较大。
宋金名医刘完素不仅是火热论派，其对五官科疾病也颇有研究，其治久患双目失明，远年近月，内外气障，头风昏暗，拳毛倒睫，一切眼疾，用石膏羌活散：羌活、密蒙花、木贼、香白芷、细辛、苋菜子、麻子、川芎、苍术、甘菊花、荆芥穗、黄芩、石膏、藁本、甘草各等份。共研细末，每服一至二钱，食后及临卧用蜜水一盏，或清茶调下，日进三次，至十日渐明，服至二十日大验。刘完素还注意到耳聋与鼻病的关系，首次提出了“耳聋治肺”的观点。
张从正所著之《儒门事亲》详细论述了咽、喉、会厌、舌相互为用，相互配合，共同完成吞咽、呼吸的生理过程，并提出了咽喉之病皆属于“火”的观点。在治疗上，主张“用针出血，最为上策”。《儒门事亲》“目疾头风出血最急说”“喉舌缓急砭药不同解”两篇，分别阐明眼目、口舌、咽喉疾病的病因病机和治疗，并附以医案。如：“泽洲李继之忽病牙痛，皱眉不语。栾景先见之，曰：何不乐之？曰：牙痛。栾曰：曾记张戴人云，阳明经热有余也，宜大下也。乃付舟车丸七十粒，服毕，遇数知交留饮，强饮热酒数杯，药为热饮所发，尽吐之，吐毕而痛止；不三、五日又痛，再服前药百余粒，大下数行乃愈。”说明张从正擅用下法、上病下取的治疗经验。
李东垣长于治疗眼目病，而眼目病中尤长眼内障。其《脾胃论》倡导“脾胃虚则九窍不通”的观点，提出“益气升阳”之法，不仅发展了《黄帝内经》脾不及则九窍不通的理论，而且给虚损性眼耳鼻咽喉口齿疾患的内治法开辟了一个广阔而有效的途径。东垣所著的《兰室秘藏》中就有不少五官科医案，如“一人病翳眼六年，以至遮瞳人，视物不明，有云气之状，因用百黠膏而效。”东垣弟子罗谦甫也有五官科的医案记载。如“一人咽喉间生肉，层层相叠，渐渐肿起，有窍出臭气。用臭橘叶煎服而愈。”（《名医类案》）
元代朱丹溪善于滋阴降火以治五官疾病，如“治一妇，贫而性急，急衄作如注，倦甚，脉浮数，重取大且芤，此阳滞于阴，病虽重可治，急以萱草根入姜汁各半饮之；以四物汤四服觉渴，仍饮以四物十余贴而安。”窦汉卿《疮疡全书》用切开排脓治疗咽喉脓肿；《洪氏集验方》应用压迫颈外动脉止鼻衄。元代危亦林著《世医得效方》，卷十六为“眼科”，其内容分总论、各论、附篇三部分，充实了八廓的内容，列七十二症。
唐孙思邈著的《银海精微》，为眼科专著，书中论述了五轮八廓理论，记载了大眦赤脉传睛、胬肉攀睛等80余种病症，并附图说明。其中保存了金针拨翳障法的详细记载，书中记载眼科常用药物132种。尤其是用医案说明方剂疗效，如孝感丸（夜明砂、当归、木贼、蝉蜕、黑羊肝）治内障，使一人百日复明，医案疗效确切。
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