PCR污染是由可被引物扩增的外源DNA进入PCR反应体系所致。PCR技术的敏感性极高，极微量的污染即可导致假阳性的产生。PCR污染主要是随机污染，包括PCR反应前污染及反应后污染。
（一）主要污染
1．PCR反应前污染 主要是样品DNA的交叉污染。提取DNA使用的仪器上残留的杂质、DNA或反应管中残留的PCR产物、PCR操作者皮肤或头发等均可引起样品污染。其中PCR产物的污染亦称残留污染，是引起样品交叉污染的主要因素。明胶、DNA聚合酶等PCR反应试剂等均有可能带有杂质DNA，因此亦可导致PCR反应前污染。
2．PCR反应后污染 PCR反应后污染主要来自于PCR产物检测过程，如电源上样、点杂交点样时加样器吸头之间的污染等。
（二）预防措施
进行PCR反应时，采取下列规则有助于防止污染。
（1）如有可能，应在装有紫外灯的层流式工作台内进行PCR反应。凡不用工作台时应打开紫外灯。应使工作台内始终置有PCR专用微量离心机、一次性手套、整套移液器和其他必需品。由于自动移液器的管部是常见的污染源，因此配液和移液时应当使用配有一次性吸头和活塞的正向排液式移液器。所有缓冲液、吸头和离心管使用前必须经过高压消毒处理。
（2）一旦进入PCR反应的专用场所并开始工作，就应戴上新手套，并应勤于更换。
（3）准备专供自己使用的成套试剂，分装为小份，而且最好在靠近工作台的冰箱中设立专门位置来保存。这些试剂不能用于其他用途。配制这些试剂时，要用从未接触过实验室内所用任何DNA的新玻璃用具和移液器。使用后便将这一小份全部废弃，不得重新保存。
（4）装有PCR试剂的微量离心管打开之前，应先在专用工作台内的微量离心机上做瞬时离心（10s），这样可使液体沉积于管底，从而减少污染手套或加样器的机会。
（5）最好在加完所有其他反应成分，包括防止蒸发用的矿物油后，才加模板DNA。将模板加入微量离心管后，盖好离心管并用戴有手套的手指轻轻弹击管侧壁，以混匀液体。再做瞬时离心（10s），使水相和有机相分开。
（6）将模板DNA加入PCR系统时，注意切勿形成喷雾，后者有可能污染别的反应。所有非即用管都应盖严。触摸过模板DNA管后应更换手套。
（7）每一次实验都需要设置严格的对照。阳性对照反应即由少量适当的靶序列参与的PCR。阴性对照是阴性模板或不加模板的PCR。
（8）经常处理仪器设备等潜在的PCR污染源。紫外线照射可以处理试剂或设备上的DNA污染物。因为紫外线可使DNA中相邻的嘧啶碱基形成二聚体，从而使它们失去了作为PCR模板的能力。工作区、微量离心管的非金属表面和PCR仪可用弱漂白粉溶液去除污染。
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