首先，低聚木糖与其他功能性低聚糖相比具有高选择性和高效性。低聚木糖能促进结肠内的双歧杆菌以40倍递增的速度增殖。极微量的摄入即可增加体内的双歧杆菌，每人每天0.7克就有显著效果，连续摄入3周双歧杆菌的比例由8.5%提高到20.2%。如果换用其他的低聚糖类要达到相同效果，低聚异麦芽糖需每日摄入15克，低聚果糖需每日摄入8克，乳果糖需每日摄入5克等，均比低聚木糖高。后者进入大肠后为双歧杆菌提供营养，但是它不会成为对我们身体有害的产气荚膜杆菌和大肠杆菌的食料。这是低聚木糖的最大特点。
其次，木寡糖很难为人体消化酶系统所分解。低聚木糖为非消化性糖，不被唾液、胃液、胰液、肠液中的酶类所分解，可以一直到达大肠。因此，它的能量值几乎为零，既不影响血糖浓度，也不增加血液中胰岛素水平，并且不会形成脂肪沉积，糖尿病患者、肥胖患者和低血糖患者均可放心食用。低聚木糖因为不被虫齿菌分解利用，所以不会引起龋齿。
再者，低聚木糖具有与砂糖性质相似的甜味，但甜度只有砂糖的40%左右。功能性低聚木糖是由植物中提取出来的可溶性糖类，是甜物质的一种，具有安全的食用性。不久的将来，低聚木糖会替代蔗糖成为一种新的低热量的甜调味品，并被广泛应用。同时,低聚木糖不易被人体吸收利用。它可以最大限度地满足担心肥胖而又喜食甜食者的要求。
另外，低聚木糖具有良好的酸、热稳定性。在pH 2.5～8.0条件下，加热1小时几乎没有破坏，在120℃加热1小时仍然很稳定，37℃放置2个月，几乎没有破坏和损失。这说明木寡糖在很宽的pH范围内（几乎覆盖了绝大多数食品体系的pH值）稳定性很好。因此，使用时并不需要担心木寡糖加工或贮藏过程中可能导致有效成分的分解现象，使用起来十分方便，而且可以用于各种食品体系中。已经用低聚木糖开发出的产品有酸乳类制品、口香糖、清凉饮料等。
总之，和其他低聚木糖相比，作为双歧因子，低聚木糖具有使用方便、安全、稳定、经济价值高等特点。低聚木糖稳定的理化性质，对双歧杆菌高效的增殖作用，使其具有广阔的市场前景。
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