1. 过敏反应 头孢菌素可致皮疹、荨麻疹、哮喘、药热、血清病样反应、血管神经性水肿、过敏性休克等。头孢菌素的过敏性休克类似青霉素休克反应。两类药物间呈现不完全的交叉过敏反应。一般地说，对青霉素过敏者有10%～30%对头孢菌素过敏，而对头孢菌素过敏者绝大多数对青霉素过敏，需要警惕。
2. 胃肠道反应和菌群失调 多数头孢菌素可致恶心、呕吐、食欲缺乏等反应。本类药物强力地抑制肠道菌群，可致菌群失调，引起B族维生素和维生素K缺乏。也可引起二重感染，如伪膜性肠炎、念珠菌感染等，尤以第二、三代头孢菌素为甚。
3. 肝毒性 多数头孢菌素大剂量应用可导致氨基转移酶、碱性磷酸酶、血胆红素等值的升高。
4. 造血系统毒性 偶可致红细胞或白细胞减少、血小板减少、嗜酸性细胞增多等。
5. 肾损害 绝大多数的头孢菌素由肾排泄，偶可致血液尿素氮（BUN）、血肌酐值升高，少尿、蛋白尿等。头孢噻啶的肾损害作用最显著。头孢菌素与高效利尿药或氨基糖苷类抗菌药合用，肾损害显著增强。
6. 凝血功能障碍 所有的头孢菌素都可抑制肠道菌群产生维生素K，因此具有潜在的致出血作用。具有硫甲基四氮唑侧链的头孢菌素可在体内干扰维生素K循环，阻碍凝血酶原的合成，扰乱凝血机制，而导致比较明显的出血倾向。在 7位 C原子的取代基中有 COOH基团的头孢菌素有阻抑血小板凝聚的功能，而使出血倾向加重。凝血功能障碍的发生与药物的用量大小、疗程长短直接有关。
7. 与乙醇联合应用产生“双硫仑样反应” 双硫仑抑制乙醛脱氢酶，使饮酒者体内乙醛蓄积产生硫样反应而用于戒酒。含硫甲基四氮唑基团的头孢菌素有类双硫仑的功能。当与乙醇（即使很少量）联合应用时，也可引起体内乙醛蓄积而呈“醉酒状”。用药期间及治疗结束后 72h内应避免摄入含乙醇饮料。
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