HLA基因及其产物具备某些有别于其他真核基因系统的遗传特征。
（一）单元型遗传方式
在HLA复合体中，同一染色体上紧密连锁的等位基因很少发生同源染色体间的交换，构成一个单元型（haplotype）。单元型是指一条染色体上紧密连锁的HLA不同座位等位基因的特定组合。在遗传过程中，HLA单元型作为一个完整的遗传单位由亲代传给子代。通常表型（phenotype）是指某一个体HLA抗原的特异性型别；基因型（genotype）是指HLA基因在体细胞两条染色体上的组合；单元型是指HLA基因在同一条染色体上的组合。细胞内两条同源染色体含两个同源单元型，组成个体的HLA基因型，其编码产物为HLA表型。据估算，人群中HLA单元型数目大于5×108，而表型更难以计数。
人是二倍体（diploid）动物，子代的两个HLA单元型分别来自父母双方。根据HLA单元型遗传方式，家庭成员HLA单元型的型别分布有以下规则：亲代与子代之间则必然有一个单元型相同，也只能有一个单元型相同。在同胞之间有3种可能性：①两个单元型完全相同的概率为25%；②两个单元型完全不同的概率为25%；③有一个单元型相同的概率为50%（图8-3）。这一遗传特点可应用于器官移植供者的选择以及法医中亲子鉴定。
（二）连锁不平衡
HLA复合体各基因座位紧密连锁，但人群中特定HLA座位各等位基因的频率各不相同。等位基因频率是指群体中携带某一等位基因的个体数目与携带该基因座位各等位基因个体数目总和的比例。HLA复合体各等位基因均有其各自的基因频率。随机婚配的群体中，在没有新的突变和自然选择的情况下，后代基因频率可维持不变。在理论上，由于HLA复合体各基因座位紧密连锁，若各座位的等位基因随机组合构成单元型，则某一单元型型别的出现频率应等于组成该单元型各等位基因频率的乘积，但实际上，HLA复合体各等位基因并非完全随机地组成单元型。现已发现，某些等位基因比其他等位基因能更多或更少地连锁在一起，从而出现连锁不平衡（linkage disequilibrium）。连锁不平衡是指在某一群体中，不同座位上某两个等位基因出现在同一条染色体上的频率与预期值之间有明显的差异。连锁不平衡的程度可以由连锁不平衡参数△来表示。例如，在白人中HLA-A1和HLA-B8的基因频率分别为0．275和0．157，若随机组合，则单元型A1-B8的预期频率应为0．275×0．157＝0．043。但在群体中实际所测得的A1-B8单元型频率是0．098，表明A1-B8处于连锁不平衡。实测频率与预期频率间的差值（Δ＝0．098-0．043＝0．055）为连锁不平衡参数。HLA复合体中已发现有50多个等位基因显示连锁不平衡，其产生机制尚不清楚。连锁不平衡的存在更有助于从无血缘关系人群中寻找HLA相匹配的器官移植供者，但却给HLA与疾病关联研究中寻找原发性关联成分带来了麻烦。
图8-3 HLA单元型遗传示意图
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