基因型特异性探针与存在单核苷酸差异的两条序列分别杂交形成的双链分子的热稳定性是不同的，杂交方法根据这一差异来判别不同的SNP位点（图2-3）。基因型检测芯片是一种利用杂交技术特异性分析等位基因型的高通量技术。在高密度芯片上，成千上万与等位基因目标序列互补的特异性寡核苷酸探针被连接到固相载体表面。对于每一个SNP位点，至少有多个探针，相互之间在SNP位点有所区别。在实际检测过程中，包含一个SNP位点每种变异可能的寡核苷酸探针都会被使用。目标序列在扩增中被掺入荧光标记，并与芯片杂交；随后，扫描芯片检测每一个杂交信号强度。目标序列与序列完全匹配的探针结合效率更高，因此释放更强的荧光信号。其他的错配探针则可作为交叉杂交的对照。纯合子样本和杂合子样本之间存在不同的杂交模式。
基因型检测芯片技术是一种高通量检测单核苷酸多态性的技术方法。用平板照相和固相DNA合成等技术可以在1.2cm×1.28cm的阵列中植上26万条寡核苷酸探针链，因此使用芯片技术可以迅速筛选数以千计位点的多态性。例如GeneChip HuSNPTM芯片可检测整个人类基因组中近1 500个SNP位点的多态性。但是基因芯片灵活性极低，很难在一张芯片中添加一个新的SNP位点或取代已有的位点；并且使用成本太高。芯片检测也可能无法区分纯合子和杂合子，以及缺失和插入突变。芯片杂交的敏感性受靶序列影响，包括分子间和分子内部结构，以及重复序列元件的存在等，如何提高敏感性和准确性，降低假阳性率是芯片技术面临的一个重大挑战。尽管存在一些缺点，基因芯片分型技术未来的应用仍将是广泛的，用户定制的中等密度芯片将用于常规诊断筛查或药理学研究。
图2-3 基因芯片分型示意图
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