一套完整的医院信息系统应覆盖医院运行及管理流程的各个方面和各个环节，从而形成以医院信息为基础的一套完整基础流程。它包括以财务核算为主的服务流程，包括分诊挂号系统，收费结算系统，各类医保接口；以患者就诊为主的医疗流程，包括医护工作站、手术麻醉系统、药房系统；以后勤管理为主的管理流程，包括物资、供应、制剂、膳食等辅助系统。
从概念上说，医院信息系统的功能就是利用现代计算机软、硬件技术，建成一个涵盖全院各部门、各科室的数字化医院信息系统，以功能完善和流程优化为核心，加速医院内部各种信息的传递、开发和利用，为医院管理和科学决策提供依据。医院业务对于信息系统的依赖是不容置疑的。
（一）医院信息系统的基本功能
医院信息系统作为一个计算机系统，本质上具有对数据和信息的收集、存储、处理、传递和提供的5个基本功能，满足所有授权用户对信息的需求，满足各种业务处理的功能需求。
1．数据和信息的采集功能 系统必须具备数据和信息的收集功能。
系统中任何处理功能，乃至决策分析无不依赖这些数据资料，如果把系统看作是一个工厂，那么数据资料就是原材料。
原始数据和信息的收集主要是在各项业务处理的第一线，如收费窗口、库房、病房、医技科室等，数据在何处发生，就应该在何处采集，这样才能保证数据的实时性和真实性。
原始数据和信息的采集，根据其性质和形式不同，采集的方法和手段也不同。除了通过键盘录入，还有各种形式的磁卡、IC卡、条形码等。随着大型自动化仪器设备的智能化，实验室系统（LIS）、图像处理系统（PACS）的建设，HIS可从这些仪器的输出端直接将检查结果的数据和图像接收进来。
2．信息的存储功能 系统必须具备存储信息的功能。
医院的数据资料是非常宝贵的资源，甚至是财富。它对医疗、管理、科研和教学都有着不可估量的价值。数据资料中除原始资料外，还包括人和系统对原始数据进行处理后所得到的结果。数据资料不仅当前工作要利用，在今后工作中也要利用，并可进一步对数据资料挖掘分析，有利于医院临床及管理工作的决策支持。
医院的各项业务每天都在产生大量数据，这些数据要保留一定时间，有些则是要永久保留的，所以数据量极其巨大，与日俱增。因此，要高度重视数据资料的存储管理，系统应该具有晚上的存储管理功能、措施和制度。存储信息时，要考虑存储量、信息格式、存储方式、使用方式、安全保密等问题。
3．信息的加工处理功能 系统必须具备对数据的各种加工处理的功能。
对已经收集到的信息进行各种各样的加工处理，以完成系统承担的各项业务，使信息更有意义，更能利用。各个部门，各个子系统对数据加工处理的逻辑功能要求各不相同，而且对加工处理的的性能要求也不相同。各事务处理的第一线，如窗口、病房对加工处理的速度要求较高。
4．信息的传递功能 系统必须具备对信息的传递功能。
HIS是在全院范围的大规模的网络环境上运行的一个整体，各个部门、各个子系统在系统上处理自身的业务，实现自身的功能时，时刻都在为系统提供各种各样的信息，又时刻都从系统得到各种各样的信息，也就是说，系统时时刻刻都在进行着数据信息的传输。
信息的传递问题解决的不好，经常成为系统运行效率的瓶颈。传递信息时，要考虑传递量、传递方式、传递速度等问题。所以信息的传递是与信息的存储、系统的结构结合在一起统筹考虑的。
5．信息的提供功能 系统必须具备向用户提供信息的功能。
医院耗费大量资金，建设信息系统，其目的就是要利用信息系统为各项工作服务。它必须具备提供信息的手段、机制，以供使用者利用，否则它就不能实现其自身的价值。信息系统的服务对象是管理和医院的各项业务，应为医院及其所属各部门提供病人的医疗信息、财务核算信息、行政管理信息和决策分析信息。
信息的种类和服务对象不同，其表达和提供信息的方式也不同。信息表达的方式一般有数字方式、文字方式、表格方式、图形方式、图像方式。信息提供的方式一般有屏幕方式、打印方式、绘图方式、电子文件方式。
信息系统的五个基本功能是一个相辅相成的整体，它们之间的关系如图3-1所示。
图3-1 信息系统的五项基本功能及联系
（二）医院信息系统的业务功能体系
卫生部《医院信息系统基本功能规范》（2002年版）中，根据数据流量、流向及处理过程，将整个医院信息系统按业务功能分为5部分：临床诊疗部分，药品管理部分，经济管理部分，综合管理与统计分析部分，外部接口部分。各部分功能概述如下。
1．临床诊疗部分 临床诊疗部分主要是以患者信息为核心，将整个患者诊疗过程作为主线，医院中所有科室将沿此主线展开工作。随着患者在医院中每一步诊疗活动的进行，产生并处理与患者诊疗有关的各种诊疗数据与信息。整个诊疗活动主要由各种与诊疗有关的工作站来完成，并将这部分临床信息进行整理、处理、汇总、统计、分析等。此部分包括：门诊医师工作站、住院医师工作站、护士工作站、临床检验系统、输血管理系统、医学影像系统、手术室麻醉系统等。
2．药品管理部分 药品管理部分主要包括药品的管理与临床使用。在医院中药品从入库、出库到患者的使用，是一个比较复杂的流程，它贯穿于患者的整个诊疗活动中。这部分主要处理的是与药品有关的所有数据与信息。共分为两部分，一部分是基本部分，包括药库、药房及发药管理；另一部分是临床部分，包括合理用药的各种审核及用药咨询与服务。
3．经济管理部分 经济管理部分属于医院信息系统中最基本的部分，处理整个医院中各有关部门所产生的费用数据，并将这些数据整理、汇总、传输到各自的相关部门，供各级部门分析、使用并为医院的财务与经济收支情况服务。包括门急诊挂号，门诊患者划价收费，住院患者入院、出院、转院及住院收费，物资、设备、财务与经济核算等。
4．综合管理与统计分析部分 综合管理与统计分析部分主要包括病案的统计分析、管理，并将医院中的所有数据汇总、分析、综合处理供领导决策使用，包括病案管理、医疗统计、院长综合查询与分析、患者咨询服务。
5．外部接口部分 随着社会的发展及各项改革的进行，医院信息系统已不是一个独立存在的系统，它必须考虑与社会上相关系统的互联问题。因此，这部分提供了医院信息系统与医疗保险系统、社区医疗系统、远程医疗咨询系统等的接口。
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