自从1997年，Sherman等成功地将HPV检测应用于液基薄层细胞技术之后，扩宽了原位杂交技术（in situ hybridization on cervical cytologic smears）的应用范围，世界各地陆续有很多研究报道。基于液基薄层细胞技术的HPV原位杂交检测的优点在于可以计算阳性细胞核的数目。1998年，Autillo等研究发现，在液基薄层涂片行经典的巴氏染色之后，无需褪色即可进行原位杂交检测。2002年，Samama B等研究还发现，原位杂交技术还可以分辨弥漫性和斑点状信号，游离态的HPV表现为弥漫型，而整合到宿主细胞DNA中的病毒DNA则表现为斑点信号（图7-6）。
随着液基薄层细胞技术不断革新，将原位杂交与免疫细胞化学结合的双重标记法将有着广阔的前景，PCR技术虽然敏感度高，但昂贵的仪器成本和检测费用导致其并不适合应用于普查标本项目。由于原位杂交法仅仅需要50～100个病毒核苷酸拷贝就能呈阳性反应，对于免疫细胞化学阴性反应的细胞标本，可以在其基础上使用原位杂交技术，进一步检测HPV DNA。由于原位杂交法对细胞的要求较高，标本处理不当有可能造成假阳性或假阴性的结果。使用这种双重标记方法的同时也存在一些问题，例如，如果先做原位杂交，在操作过程中，可能会影响抗原物质的抗原性，导致减弱免疫组织化学的染色强度；如果先进行免疫组织化学反应，则靶核酸有可能遭到破坏；因此，对于这种双重标记法在液基薄层细胞学中的应用还需要进行更进一步的研究。在呼吸道标本中病毒的感染更常见，原位杂交技术更能发挥重要作用，这方面的工作尚待积极开展。
图7-6 原位杂交技术可分辨弥漫性和斑点状信号
A．在低级别鳞状上皮内病变中大多为弥漫性信号；B．在浸润癌，只观测到斑点状信号
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